PDB-6j1q: Crystal structure of Candida Antarctica Lipase B mutant - RS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6j1q

タイトル

Crystal structure of Candida Antarctica Lipase B mutant - RS

要素

Lipase B

キーワード

HYDROLASE / CALB

機能・相同性

機能・相同性情報

triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudozyma antarctica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Cen, Y.X. / Zhou, J.H. / Wu, Q.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: Stereodivergent Protein Engineering of a Lipase To Access All Possible Stereoisomers of Chiral Esters with Two Stereocenters.
著者: Xu, J. / Cen, Y. / Singh, W. / Fan, J. / Wu, L. / Lin, X. / Zhou, J. / Huang, M. / Reetz, M.T. / Wu, Q.

履歴

登録	2018年12月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年1月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6j1q.cif.gz	273.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6j1q.ent.gz	219.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6j1q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6j1q_validation.pdf.gz	484.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6j1q_full_validation.pdf.gz	488.2 KB	表示
XML形式データ	6j1q_validation.xml.gz	30.2 KB	表示
CIF形式データ	6j1q_validation.cif.gz	45.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/6j1q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/6j1q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6j1pC 6j1rC 6j1sC 6j1tC 1tcaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5gv5-4 5gv5-7 1lbs-1 4k6g-1 5gv5-8 1lbt-2 1tca-d 1lbs-2 5gv5-6 6j1p-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lipase B

B: Lipase B

ヘテロ分子

68.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lipase B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
34.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Lipase B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.530, 80.449, 72.588
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.56, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Lipase B / CALB 分子量: 33241.480 Da / 分子数: 2 / 変異: T57A, A89T, W104A, I189V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudozyma antarctica (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P41365, triacylglycerol lipase

-
非ポリマー , 7種, 593分子

#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 569 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.28 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M ammonium sulfate 0.1 M HEPES 7.0 16% PEG 4000 10% isopropanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97775 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97775 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 69637 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 29.7
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 3322

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1TCA

1tca

解像度: 1.6→46.125 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.81 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1732	3456	5.04 %
R_work	0.1489	-	-
obs	0.1501	68591	98.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→46.125 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4633	0	145	569	5347

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4964
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.026	6798
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.2	3001
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	780
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	886

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5999-1.6219	0.2333	88	0.1979	2103	X-RAY DIFFRACTION	79
1.6219-1.645	0.2145	120	0.1935	2325	X-RAY DIFFRACTION	87
1.645-1.6696	0.2111	118	0.195	2458	X-RAY DIFFRACTION	93
1.6696-1.6957	0.2113	133	0.1886	2568	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6957-1.7235	0.2237	135	0.1874	2680	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7235-1.7532	0.23	141	0.1835	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7532-1.7851	0.2064	160	0.1655	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7851-1.8194	0.1988	129	0.1647	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8194-1.8566	0.1937	141	0.161	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8566-1.8969	0.192	163	0.1554	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8969-1.9411	0.1829	130	0.1493	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9411-1.9896	0.1689	135	0.1486	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9896-2.0434	0.1908	133	0.1451	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0434-2.1035	0.1742	140	0.1441	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1035-2.1714	0.1602	126	0.1402	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1714-2.249	0.169	146	0.1387	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.249-2.3391	0.1685	134	0.1373	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3391-2.4455	0.1687	154	0.1436	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4455-2.5744	0.1519	120	0.1434	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5744-2.7357	0.1734	148	0.1454	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7357-2.9469	0.1812	141	0.1521	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9469-3.2434	0.1765	151	0.1526	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2434-3.7126	0.1713	165	0.1363	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7126-4.6767	0.1361	151	0.1227	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6767-46.1445	0.1562	154	0.1562	2701	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 34.9718 Å / Origin y: 0.4834 Å / Origin z: 2.9038 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0742 Å²	-0.0051 Å²	0.0219 Å²	-	0.0851 Å²	-0.0024 Å²	-	-	0.0933 Å²
L	0.4057 °²	-0.2208 °²	0.4713 °²	-	0.2821 °²	-0.2949 °²	-	-	0.726 °²
S	0.0408 Å °	0.0563 Å °	-0.0221 Å °	-0.0312 Å °	-0.0102 Å °	0.0455 Å °	0.0405 Å °	0.0647 Å °	-0.027 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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