PDB-6izp: Solution structure of the complex of naphthyridine carbamate dime...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 6izp

タイトル

Solution structure of the complex of naphthyridine carbamate dimer and an RNA with UGGAA-UGGAA pentad

要素

RNA (29-MER)

キーワード

RNA / SCA31 / UGGAA repeat / small molecule / drug

機能・相同性

Chem-B2R / RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Nagano, K. / Shibata, T. / Nakatani, K. / Kawai, G.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Small molecule targeting r(UGGAA)n disrupts RNA foci and alleviates disease phenotype in Drosophila model
著者: Shibata, T. / Nagano, K. / Ueyama, M. / Ninomiya, K. / Hirose, T. / Nagai, Y. / Ishikawa, K. / Kawai, G. / Nakatani, K.

履歴

登録	2018年12月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年1月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6izp.cif.gz	210.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6izp.ent.gz	174.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6izp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6izp_validation.pdf.gz	485.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6izp_full_validation.pdf.gz	521.7 KB	表示
XML形式データ	6izp_validation.xml.gz	17.1 KB	表示
CIF形式データ	6izp_validation.cif.gz	23.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/6izp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/6izp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5uzt-d 1r4e-d 6u8f-d 6u7z-d 2k96-d 4pcj-d 4fnj-d 4j2c-2 2m8k-d 2jxv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 36227Solution structure of the complex of naphthyridine carbamate dimer and an RNA with UGGAA-UGGAA pentad

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (1)
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リボスイッチ (Riboswitches)
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転移RNA (Transfer RNA)
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アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (1)
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アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
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自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
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低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
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セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA (29-MER)

ヘテロ分子

10.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: mass spectrometry

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: RNA鎖	RNA (29-MER) 分子量: 9326.556 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物	ChemComp-B2R / 3-[3-[(7-methyl-1,8-naphthyridin-2-yl)carbamoyloxy]propylamino]propyl ~{N}-(7-methyl-1,8-naphthyridin-2-yl)carbamate / Naphthyridine Carbamate Dimer / ビス[N-(7-メチル-1,8-ナフチリジン-2-イル)カルバミド酸]イミノビス(1,3-プロパンジイル) 分子量: 503.553 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₂₉N₇O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#1: RNA鎖

RNA (29-MER)

分子量: 9326.556 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成)

Homo sapiens (ヒト)

#2: 化合物

ChemComp-B2R / 3-[3-[(7-methyl-1,8-naphthyridin-2-yl)carbamoyloxy]propylamino]propyl ~{N}-(7-methyl-1,8-naphthyridin-2-yl)carbamate / Naphthyridine Carbamate Dimer / ビス[N-(7-メチル-1,8-ナフチリジン-2-イル)カルバミド酸]イミノビス(1,3-プロパンジイル)

分子量: 503.553 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₂₉N₇O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細

タイプ: solution / 内容: 75 uM RNA (29-MER), 150 uM NCD, 95% H2O/5% D2O / 詳細: 1:2 complex / Label: RNA-ligand complex / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
75 uM	RNA (29-MER)	none	1
150 uM	NCD	none	1

試料状態

詳細: 20 mM sodium phosphate buffer (pH 6.9) with 100 mM NaCl
イオン強度: 100 mM NaCl Not defined / Label: conditions_1 / pH: 6.9 Not defined / 圧: 1 atm / 温度: 288 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS	1.3	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化
CNS	1.3	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	structure calculation
Sparky	3	Goddard	chemical shift assignment
Sparky	3	Goddard	peak picking

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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