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万見
- PDB-6ize: Dimeric human TCTP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ize
タイトルDimeric human TCTP
要素Translationally-controlled tumor protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / alpha/beta fold / dimer / disulfide bond
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cytoplasmic microtubule / multivesicular body / response to virus / intracellular calcium ion homeostasis / spindle pole / calcium ion transport / regulation of apoptotic process / calcium ion binding / negative regulation of apoptotic process ...negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cytoplasmic microtubule / multivesicular body / response to virus / intracellular calcium ion homeostasis / spindle pole / calcium ion transport / regulation of apoptotic process / calcium ion binding / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translationally controlled tumor protein (TCTP) domain signature 1. / Translationally controlled tumour protein, conserved site / Translationally controlled tumor protein (TCTP) domain signature 2. / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / Translationally controlled tumour protein / Translationally controlled tumour protein (TCTP) domain / Translationally controlled tumour protein / Translationally controlled tumor protein (TCTP) domain profile. / Mss4/translationally controlled tumour-associated TCTP / Mss4-like superfamily ...Translationally controlled tumor protein (TCTP) domain signature 1. / Translationally controlled tumour protein, conserved site / Translationally controlled tumor protein (TCTP) domain signature 2. / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / Translationally controlled tumour protein / Translationally controlled tumour protein (TCTP) domain / Translationally controlled tumour protein / Translationally controlled tumor protein (TCTP) domain profile. / Mss4/translationally controlled tumour-associated TCTP / Mss4-like superfamily / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Translationally-controlled tumor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Shin, D.H. / Kim, M.S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dimeric human TCTP
著者: Shin, D.H. / Kim, M.S.
履歴
登録2018年12月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translationally-controlled tumor protein
B: Translationally-controlled tumor protein
C: Translationally-controlled tumor protein
D: Translationally-controlled tumor protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,4774
ポリマ－78,4774
非ポリマー00
水2,882160
1
A: Translationally-controlled tumor protein
B: Translationally-controlled tumor protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2392
ポリマ－39,2392
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1340 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area14730 Å2
手法PISA
2
C: Translationally-controlled tumor protein
D: Translationally-controlled tumor protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2392
ポリマ－39,2392
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1360 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area14420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.772, 55.772, 195.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質
Translationally-controlled tumor protein / TCTP / Fortilin / Histamine-releasing factor / HRF / p23


分子量: 19619.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TPT1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13693
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.61 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M ammonium acetate, 25 % (w/v) PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→55.72 Å / Num. obs: 29992 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.3 % / Net I/σ(I): 25.6
反射 シェル解像度: 2.29→2.37 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
pointlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.29→32.051 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 33.89
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2731 1857 6.19 %
Rwork0.215 --
obs0.2187 29992 92.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→32.051 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4684 0 0 160 4844
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0124774
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3176384
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.511850
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057676
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007812
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1493-2.20740.32421170.2721659X-RAY DIFFRACTION73
2.2074-2.27230.36871160.28071903X-RAY DIFFRACTION81
2.2723-2.34560.3781390.28582043X-RAY DIFFRACTION87
2.3456-2.42940.33231290.26272143X-RAY DIFFRACTION92
2.4294-2.52670.32991460.27632211X-RAY DIFFRACTION94
2.5267-2.64160.33231380.26312216X-RAY DIFFRACTION95
2.6416-2.78080.3481520.27122255X-RAY DIFFRACTION97
2.7808-2.95490.33621510.24872283X-RAY DIFFRACTION98
2.9549-3.18290.30031470.2342285X-RAY DIFFRACTION98
3.1829-3.50280.29071560.21682323X-RAY DIFFRACTION100
3.5028-4.00890.24951640.19422314X-RAY DIFFRACTION99
4.0089-5.04760.22751490.16412251X-RAY DIFFRACTION96
5.0476-32.05450.21871530.1962249X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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