PDB-6izd: Crystal structure of the chromosome-encoded beta-lactamase mutant...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6izd

タイトル

Crystal structure of the chromosome-encoded beta-lactamase mutant R168H/M221I of Vibrio parahaemolyticus

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / Vibrio / beta-lactamase

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Ma, Q. / Li, P.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Biochimie / 年: 2020
タイトル: Structural analysis of the CARB beta-lactamase from Vibrio parahaemolyticus facilitates application of the beta-lactam/ beta-lactamase inhibitor therapy.
著者: Li, P. / Liu, C. / Li, B. / Ma, Q.

履歴

登録	2018年12月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月15日	Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _entity.pdbx_mutation / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene ..._entity.pdbx_mutation / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.2	2021年9月22日	Group: Database references / Refinement description カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / software Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6izd.cif.gz	123.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6izd.ent.gz	93.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6izd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6izd_validation.pdf.gz	429.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6izd_full_validation.pdf.gz	429.8 KB	表示
XML形式データ	6izd_validation.xml.gz	13.6 KB	表示
CIF形式データ	6izd_validation.cif.gz	19.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/6izd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/6izd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6izcC 1g68S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6d7i-d 7k2x-6 6cyn-3 3g34-2 7k2y-d 2y91-2 5fao-2 4xtw-2 6b1y-2 5u53-d 1yms-2 6w34-2 5k09-15 1iys-d 5zg6-1 6cyu-d 3g30-d 6h2h-2 6c78-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

30.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.598, 60.425, 101.616
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 30056.008 Da / 分子数: 1 / 変異: R168H, M221I / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ) 遺伝子: BS585_07485, CGJ02_01605 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3E1IK87, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.68 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 10 mg/ml protein in 10 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM DTT was mixed with 2 M Ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate/ Citric acid pH 5.0 in 1:1 volume ratio

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97774 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97774 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.599→60.423 Å / Num. obs: 46039 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / B_iso Wilson estimate: 26.05 Å² / CC_1/2: 1 / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.068 / R_sym value: 0.065 / Net I/σ(I): 21.3
反射シェル	解像度: 1.599→1.605 Å / 冗長度: 12.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 445 / CC_1/2: 0.812 / R_pim(I) all: 0.27 / R_rim(I) all: 0.954 / R_sym value: 0.914 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
autoPROC	1.0.4	データスケーリング
MOLREP	11.4.05	位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1G68

1g68

解像度: 1.6→23.43 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / R_factor R_free error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.079 / SU R_free Blow DPI: 0.076 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.073

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.204	2260	4.92 %	RANDOM
R_work	0.188	-	-	-
obs	0.189	45908	100 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.87 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3674 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.5145 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.1471 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.6→23.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2043	0	12	236	2291

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	2102	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1	2847	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		765	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		58	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		301	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		2102	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.6
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	16.31
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		286	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		2703	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.64 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.256	159	4.71 %
R_work	0.214	3216	-
all	0.216	3375	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -6.2053 Å / Origin y: 17.5942 Å / Origin z: -12.6628 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0923 Å²	-0.028 Å²	-0.0069 Å²	-	-0.0574 Å²	-0.0071 Å²	-	-	-0.0926 Å²
L	1.2694 °²	-0.0643 °²	-0.4282 °²	-	0.8348 °²	-0.7619 °²	-	-	1.6646 °²
S	-0.1261 Å °	0.226 Å °	-0.0048 Å °	-0.0059 Å °	0.0313 Å °	-0.0325 Å °	-0.0443 Å °	-0.1047 Å °	0.0948 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: { A|* }

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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