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- PDB-6izc: Crystal structure of the chromosome-encoded beta-lactamase of Vib... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6izc
タイトルCrystal structure of the chromosome-encoded beta-lactamase of Vibrio parahaemolyticus
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / Vibrio / beta-lactamase
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Ma, Q. / Li, P.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
1000 talent program 中国
Chinese Academy of Sciences100 talent program 中国
引用ジャーナル: Biochimie / 年: 2020
タイトル: Structural analysis of the CARB beta-lactamase from Vibrio parahaemolyticus facilitates application of the beta-lactam/ beta-lactamase inhibitor therapy.
著者: Li, P. / Liu, C. / Li, B. / Ma, Q.
履歴
登録2018年12月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月15日Group: Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / struct_ref ...entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _struct_ref.db_code ..._entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.22021年9月22日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / software
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0478
ポリマ－60,1862
非ポリマー8616
水10,881604
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6205
ポリマ－30,0931
非ポリマー5264
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area210 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area11730 Å2
手法PISA
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4273
ポリマ－30,0931
非ポリマー3342
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.467, 97.741, 65.008
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.36, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 30093.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
遺伝子: BS585_07485, CGJ02_01605 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3E1IK87, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 604 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 5 mg/ml in 10 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, and 1 mM DTT was mixed with 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 4.2, and 34% polyethylene glycol monomethyl ether 2000 (w/v) in 1:1 volume ratio.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.549→97.749 Å / Num. obs: 71621 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 16.65 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.078 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 1.549→1.555 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 619 / CC1/2: 0.86 / Rpim(I) all: 0.228 / Rrim(I) all: 0.567 / Rsym value: 0.517 / % possible all: 82.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
autoPROC1.0.4データスケーリング
MOLREP11.4.05位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1G68

1g68


解像度: 1.55→54.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.082 / SU Rfree Blow DPI: 0.079 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.077
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.189 3439 4.81 %RANDOM
Rwork0.164 ---
obs0.165 71479 97.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 18.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.2415 Å20 Å20.0212 Å2
2--0.3052 Å20 Å2
3---1.9363 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.17 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.55→54.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4138 0 52 604 4794
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014299HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.025818HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1592SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes121HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes615HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4299HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.63
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.62
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion580SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5709SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2 224 4.6 %
Rwork0.186 4649 -
all0.187 4873 -
obs--91.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.39950.1063-0.1720.3766-0.10870.6499-0.0276-0.0005-0.0047-0.01510.02440.01770.0807-0.00820.0031-0.04650.0078-0.0011-0.0490.001-0.0676-4.8645-0.27071.192
20.3822-0.10480.15590.3042-0.20271.0237-0.01760.0011-0.00270.030.0310.0187-0.1326-0.017-0.0134-0.0276-0.0081-0.0032-0.06410.0017-0.0731-5.6741-29.634930.9186
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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