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- PDB-6iyh: X-ray sequence and high resolution crystal structure of Persian s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iyh
タイトルX-ray sequence and high resolution crystal structure of Persian sturgeon methemoglobin
要素
  • Alpha chain
  • Beta chain
キーワードOXYGEN BINDING/TRANSPORT PROTEIN / methemoglobin / heme / iron containing / oxygen-carrying / OXYGEN BINDING-TRANSPORT PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hemoglobin complex / oxygen carrier activity / oxygen binding / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / S-1,2-PROPANEDIOL / Alpha chain / Beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Acipenser persicus (魚類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Seyedarabi, A.
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2019
タイトル: Novel X-ray sequences and crystal structures of Persian and Starry sturgeon methemoglobins: Highlighting the role of heme pocket waters in causing autoxidation
著者: Seyedarabi, A. / Ariaeenejad, S. / Moosavi-Movahedi, A.A. / Rayati, S. / Poursasan, N. / Asiaie, N. / Seraj, Z. / Mehraban, F. / Seyedarabi, S.E.
履歴
登録2018年12月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2019年4月10日ID: 5JGG
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _citation.title / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha chain
B: Beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5375
ポリマ－31,2282
非ポリマー1,3093
水6,990388
1
A: Alpha chain
B: Beta chain
ヘテロ分子

A: Alpha chain
B: Beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,07510
ポリマ－62,4574
非ポリマー2,6186
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.890, 62.290, 101.564
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.67, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質 Alpha chain


分子量: 15475.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence is derived from structure / 由来: (天然) Acipenser persicus (魚類) / 参照: UniProt: A0A1X8XL85*PLUS
#2: タンパク質 Beta chain


分子量: 15752.603 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Sequence derived from structure / 由来: (天然) Acipenser persicus (魚類) / 参照: UniProt: A0A1X8XL86*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.75 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5 and 12%(w/v) PEG 20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 1W2B / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→52.97 Å / Num. obs: 34936 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155; 7.0.018精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BOM

3bom


解像度: 1.7→52.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 2.243 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.094 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1956 1802 4.9 %RANDOM
Rwork0.15766 ---
obs0.15957 34936 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 19.137 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.7→52.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2202 0 91 388 2681
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0192381
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022226
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9991.9783272
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.75735104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9725287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.56524.02292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.52615361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.483156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1490.2374
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.022684
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02570
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8291.6231153
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8031.621152
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6182.4271439
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6212.431440
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9291.8921228
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9291.8921228
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.2822.7221834
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.11122.023089
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.1122.0313090
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 135 -
Rwork0.244 2570 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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