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- PDB-6iy8: DmpR-phenol complex of Pseudomonas putida -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iy8
タイトルDmpR-phenol complex of Pseudomonas putida
要素Positive regulator CapR
キーワードGENE REGULATION / phenol / transcription / DmpR / CapR / ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Activator of aromatic catabolism / Activator of aromatic catabolism / 4-vinyl reductase, 4VR / V4R domain / V4R / Trafficking protein particle complex subunit 3 / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. ...Activator of aromatic catabolism / Activator of aromatic catabolism / 4-vinyl reductase, 4VR / V4R domain / V4R / Trafficking protein particle complex subunit 3 / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / NO signalling/Golgi transport ligand-binding domain superfamily / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Homeobox-like domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHENOL / Positive regulator CapR
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.42 Å
データ登録者Park, K.H. / Woo, E.J.
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Tetrameric architecture of an active phenol-bound form of the AAA+transcriptional regulator DmpR.
著者: Park, K.H. / Kim, S. / Lee, S.J. / Cho, J.E. / Patil, V.V. / Dumbrepatil, A.B. / Song, H.N. / Ahn, W.C. / Joo, C. / Lee, S.G. / Shingler, V. / Woo, E.J.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Structural Analysis of the Phenol-Responsive Sensory Domain of the Transcription Activator PoxR.
著者: Patil, V.V. / Park, K.H. / Lee, S.G. / Woo, E.J.
履歴
登録2018年12月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Positive regulator CapR
B: Positive regulator CapR
C: Positive regulator CapR
D: Positive regulator CapR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,02412
ポリマ－212,3864
非ポリマー6388
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28540 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area80790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)178.636, 129.998, 110.276
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLUGLUARGARG(chain 'A' and (resid 16 through 224 or resid 231...AA16 - 2234 - 211
121GLYGLYGLYGLY(chain 'A' and (resid 16 through 224 or resid 231...AA231219
131TYRTYRTYRTYR(chain 'A' and (resid 16 through 224 or resid 231...AA234222
141GLYGLYMETMET(chain 'A' and (resid 16 through 224 or resid 231...AA237 - 249225 - 237
151ALAALAALAALA(chain 'A' and (resid 16 through 224 or resid 231...AA252 - 315240 - 303
161SERSERASPASP(chain 'A' and (resid 16 through 224 or resid 231...AA318 - 361306 - 349
171THRTHRALAALA(chain 'A' and (resid 16 through 224 or resid 231...AA364 - 405352 - 393
181ARGARGARGARG(chain 'A' and (resid 16 through 224 or resid 231...AA409397
191GLUGLUGLYGLY(chain 'A' and (resid 16 through 224 or resid 231...AA411 - 429399 - 417
1101THRTHRILEILE(chain 'A' and (resid 16 through 224 or resid 231...AA432 - 463420 - 451
1111THRTHRARGARG(chain 'A' and (resid 16 through 224 or resid 231...AA466 - 480454 - 468
2121GLUGLUARGARG(chain 'C' and (resid 16 through 224 or resid 231...CC16 - 2234 - 211
2131GLYGLYGLYGLY(chain 'C' and (resid 16 through 224 or resid 231...CC231219
2141TYRTYRTYRTYR(chain 'C' and (resid 16 through 224 or resid 231...CC234222
2151GLYGLYMETMET(chain 'C' and (resid 16 through 224 or resid 231...CC237 - 249225 - 237
2161ALAALAALAALA(chain 'C' and (resid 16 through 224 or resid 231...CC252 - 315240 - 303
2171SERSERASPASP(chain 'C' and (resid 16 through 224 or resid 231...CC318 - 361306 - 349
2181THRTHRALAALA(chain 'C' and (resid 16 through 224 or resid 231...CC364 - 405352 - 393
2191ARGARGARGARG(chain 'C' and (resid 16 through 224 or resid 231...CC409397
2201GLUGLUGLYGLY(chain 'C' and (resid 16 through 224 or resid 231...CC411 - 429399 - 417
2211THRTHRILEILE(chain 'C' and (resid 16 through 224 or resid 231...CC432 - 463420 - 451
2221THRTHRARGARG(chain 'C' and (resid 16 through 224 or resid 231...CC466 - 480454 - 468
1232THRTHRGLUGLU(chain 'B' and (resid 18 through 35 or resid 37...BB18 - 346 - 22
1242METMETARGARG(chain 'B' and (resid 18 through 35 or resid 37...BB37 - 4925 - 37
1252GLUGLULYSLYS(chain 'B' and (resid 18 through 35 or resid 37...BB51 - 6239 - 50
1262PHEPHEARGARG(chain 'B' and (resid 18 through 35 or resid 37...BB65 - 6753 - 55
1272GLYGLYSERSER(chain 'B' and (resid 18 through 35 or resid 37...BB69 - 8857 - 76
1282ASPASPGLYGLY(chain 'B' and (resid 18 through 35 or resid 37...BB91 - 14279 - 130
1292GLNGLNASNASN(chain 'B' and (resid 18 through 35 or resid 37...BB145 - 225133 - 213
1302TYRTYRTYRTYR(chain 'B' and (resid 18 through 35 or resid 37...BB233 - 234221 - 222
1312GLYGLYALAALA(chain 'B' and (resid 18 through 35 or resid 37...BB237 - 241225 - 229
1322THRTHRILEILE(chain 'B' and (resid 18 through 35 or resid 37...BB244 - 272232 - 260
1332SERSERSERSER(chain 'B' and (resid 18 through 35 or resid 37...BB275 - 340263 - 328
1342ALAALATYRTYR(chain 'B' and (resid 18 through 35 or resid 37...BB343 - 428331 - 416
1352THRTHRTHRTHR(chain 'B' and (resid 18 through 35 or resid 37...BB432 - 466420 - 454
1362SERSERPHEPHE(chain 'B' and (resid 18 through 35 or resid 37...BB471 - 478459 - 466
2372THRTHRGLUGLU(chain 'D' and (resid 18 through 35 or resid 37...DD18 - 346 - 22
2382METMETARGARG(chain 'D' and (resid 18 through 35 or resid 37...DD37 - 4925 - 37
2392GLUGLULYSLYS(chain 'D' and (resid 18 through 35 or resid 37...DD51 - 6239 - 50
2402PHEPHEARGARG(chain 'D' and (resid 18 through 35 or resid 37...DD65 - 6753 - 55
2412GLYGLYSERSER(chain 'D' and (resid 18 through 35 or resid 37...DD69 - 8857 - 76
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2462THRTHRILEILE(chain 'D' and (resid 18 through 35 or resid 37...DD244 - 272232 - 260
2472SERSERSERSER(chain 'D' and (resid 18 through 35 or resid 37...DD275 - 340263 - 328
2482ALAALATYRTYR(chain 'D' and (resid 18 through 35 or resid 37...DD343 - 428331 - 416
2492THRTHRTHRTHR(chain 'D' and (resid 18 through 35 or resid 37...DD432 - 466420 - 454
2502SERSERPHEPHE(chain 'D' and (resid 18 through 35 or resid 37...DD471 - 478459 - 466

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質
Positive regulator CapR


分子量: 53096.512 Da / 分子数: 4 / 変異: C119S, C137S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: Q7WSM9
#2: 化合物
ChemComp-IPH / PHENOL / フェノ-ル


分子量: 94.111 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.29 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 340mM Na/K-tartarate, 80mM Glycine, 3mM AMP-PNP, 10mM phenol

-
データ収集

回折平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.42→30.12 Å / Num. obs: 31309 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 83.09 Å2 / Rsym value: 0.155 / Net I/σ(I): 8.52
反射 シェル解像度: 3.42→9.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.85 / Num. unique obs: 4372

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.42→30.12 Å / SU ML: 0.4638 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.47 / 位相誤差: 32.6639
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2856 3117 9.96 %
Rwork0.2328 28189 -
obs0.2382 31306 88.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 103.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.42→30.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14912 0 0 0 14912
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002815187
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70120473
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04452219
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00542692
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.04729219
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.42-3.470.41061060.3528842X-RAY DIFFRACTION60.11
3.47-3.530.39761040.3217959X-RAY DIFFRACTION67.66
3.53-3.590.34941270.3226974X-RAY DIFFRACTION69.68
3.59-3.660.32991280.27611064X-RAY DIFFRACTION75.4
3.66-3.730.35881200.29431106X-RAY DIFFRACTION77.3
3.73-3.80.32921120.28761185X-RAY DIFFRACTION80.61
3.8-3.890.36931100.27091216X-RAY DIFFRACTION84.3
3.89-3.980.33431250.2681210X-RAY DIFFRACTION85.03
3.98-4.080.31641530.26051285X-RAY DIFFRACTION90.21
4.08-4.180.33171350.25981331X-RAY DIFFRACTION91.68
4.18-4.310.2911420.23351318X-RAY DIFFRACTION93.11
4.31-4.450.24191380.22591385X-RAY DIFFRACTION95.13
4.45-4.60.29441510.21811406X-RAY DIFFRACTION96.29
4.6-4.790.29251570.21691376X-RAY DIFFRACTION96.78
4.79-5.010.26431500.20221431X-RAY DIFFRACTION97.05
5.01-5.270.27841650.21131381X-RAY DIFFRACTION97.29
5.27-5.60.3171650.2431393X-RAY DIFFRACTION97.25
5.6-6.030.3421460.25261431X-RAY DIFFRACTION97.17
6.03-6.630.3041700.24881424X-RAY DIFFRACTION98.21
6.63-7.570.27161460.22521462X-RAY DIFFRACTION98.47
7.57-9.490.22611690.18991496X-RAY DIFFRACTION99.17
9.49-30.120.21661980.18241514X-RAY DIFFRACTION98.67
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -137.811362882 Å / Origin y: 17.8790464333 Å / Origin z: 27.9443292492 Å
111213212223313233
T0.474297777444 Å20.00696032158039 Å2-0.0329916856065 Å2-0.475922962514 Å20.00842646560629 Å2--0.519857325499 Å2
L0.0513970103805 °20.0427970710133 °20.223716229735 °2-0.0622179268592 °2-0.0125331175325 °2--2.14255076361 °2
S0.0631428788384 Å °0.039456406804 Å °0.053277398876 Å °-0.0534129816642 Å °-0.0513976175774 Å °-0.0375499475167 Å °0.196620671265 Å °-0.0630209366885 Å °-0.031602184788 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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