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- PDB-6ix8: The structure of LepI C52A in complex with SAM and its substrate ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ix8
タイトルThe structure of LepI C52A in complex with SAM and its substrate analogue
要素O-methyltransferase lepI
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Leporin / SAM / O-methyltransferase / Pericyclase
機能・相同性
機能・相同性情報


O-methyltransferase activity / secondary metabolite biosynthetic process / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methylation / protein dimerization activity
類似検索 - 分子機能
Plant methyltransferase dimerisation / O-methyltransferase dimerisation domain / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase COMT-type / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-B3O / S-ADENOSYLMETHIONINE / O-methyltransferase lepI
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus flavus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.659 Å
データ登録者Cai, Y. / Ohashi, M. / Hai, Y. / Tang, Y. / Zhou, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesXDB20000000 中国
引用ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural basis for stereoselective dehydration and hydrogen-bonding catalysis by the SAM-dependent pericyclase LepI.
著者: Cai, Y. / Hai, Y. / Ohashi, M. / Jamieson, C.S. / Garcia-Borras, M. / Houk, K.N. / Zhou, J. / Tang, Y.
履歴
登録2018年12月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22019年9月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: O-methyltransferase lepI
B: O-methyltransferase lepI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,90518
ポリマ－90,9192
非ポリマー1,98616
水12,412689
1
A: O-methyltransferase lepI
B: O-methyltransferase lepI
ヘテロ分子

A: O-methyltransferase lepI
B: O-methyltransferase lepI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,81036
ポリマ－181,8384
非ポリマー3,97232
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area25260 Å2
ΔGint-275 kcal/mol
Surface area59290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.800, 62.562, 113.836
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.34, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 O-methyltransferase lepI / Leporins biosynthesis protein I


分子量: 45459.621 Da / 分子数: 2 / 変異: C52A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aspergillus flavus (strain ATCC 200026 / FGSC A1120 / NRRL 3357 / JCM 12722 / SRRC 167) (カビ)
株: ATCC 200026 / FGSC A1120 / NRRL 3357 / JCM 12722 / SRRC 167
遺伝子: lepI, AFLA_066940 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B8NJH3, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの

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非ポリマー , 7種, 705分子

#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-B3O / (1R,2R,4aS,8S,8aR)-2,8-dimethyl-5'-phenyl-4a,5,6,7,8,8a-hexahydro-2H,2'H-spiro[naphthalene-1,3'-pyridine]-2',4'(1'H)-dione


分子量: 335.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H25NO2
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 689 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.32 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M ammonium chloride, 0.1M MES(pH 6), 20%(w/v) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.658→50 Å / Num. obs: 122483 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 25.8
反射 シェル解像度: 1.658→1.69 Å / Rmerge(I) obs: 1.072 / Num. unique obs: 4777 / CC1/2: 0.731

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX1.12_2829位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6IX3

6ix3


解像度: 1.659→28.802 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1972 5905 5.03 %
Rwork0.1677 --
obs0.1692 117502 95.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.659→28.802 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6108 0 131 689 6928
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0186586
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4969002
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.0565465
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0941006
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011176
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6588-1.67760.27721140.24372310X-RAY DIFFRACTION60
1.6776-1.69730.25581420.22872787X-RAY DIFFRACTION72
1.6973-1.7180.28291510.22473047X-RAY DIFFRACTION80
1.718-1.73980.2531800.22363333X-RAY DIFFRACTION85
1.7398-1.76270.24132140.21833488X-RAY DIFFRACTION90
1.7627-1.78680.24952170.20983546X-RAY DIFFRACTION92
1.7868-1.81230.25622020.20433669X-RAY DIFFRACTION96
1.8123-1.83940.22262260.19183733X-RAY DIFFRACTION96
1.8394-1.86810.22952340.18753793X-RAY DIFFRACTION99
1.8681-1.89880.22812020.18743822X-RAY DIFFRACTION99
1.8988-1.93150.23441890.18753878X-RAY DIFFRACTION99
1.9315-1.96660.21292090.18133866X-RAY DIFFRACTION99
1.9666-2.00440.2221840.18193871X-RAY DIFFRACTION100
2.0044-2.04530.20251960.17473871X-RAY DIFFRACTION100
2.0453-2.08980.20432060.16743881X-RAY DIFFRACTION100
2.0898-2.13840.18181900.16683876X-RAY DIFFRACTION100
2.1384-2.19180.20621920.16343895X-RAY DIFFRACTION100
2.1918-2.25110.22712120.16253899X-RAY DIFFRACTION100
2.2511-2.31730.19912120.16353884X-RAY DIFFRACTION100
2.3173-2.39210.19162020.16023893X-RAY DIFFRACTION100
2.3921-2.47750.18841900.15993903X-RAY DIFFRACTION100
2.4775-2.57660.20422070.16073872X-RAY DIFFRACTION100
2.5766-2.69380.20041790.16643944X-RAY DIFFRACTION100
2.6938-2.83570.21911860.16673909X-RAY DIFFRACTION100
2.8357-3.01320.17682040.16163919X-RAY DIFFRACTION100
3.0132-3.24560.17362310.16633880X-RAY DIFFRACTION100
3.2456-3.57170.20371940.16483920X-RAY DIFFRACTION100
3.5717-4.08720.16192120.15053938X-RAY DIFFRACTION100
4.0872-5.14470.15661800.13653962X-RAY DIFFRACTION100
5.1447-28.80620.16092480.15674008X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -34.1338 Å / Origin y: -18.1989 Å / Origin z: 26.0453 Å
111213212223313233
T0.0461 Å2-0.0028 Å2-0.0019 Å2-0.0227 Å20.0202 Å2--0.0357 Å2
L0.4778 °2-0.2209 °20.0336 °2-0.1749 °20.0064 °2--0.1953 °2
S-0.0259 Å °0.0716 Å °0.0167 Å °0.0205 Å °-0.0102 Å °-0.0021 Å °-0.0114 Å °-0.0161 Å °-0.0264 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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