PDB-6iwq: Crystal structure of GalNAc-T7 with Mn2+

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6iwq

タイトル

Crystal structure of GalNAc-T7 with Mn2+

要素

N-acetylgalactosaminyltransferase 7

キーワード

TRANSFERASE / Polypeptide N Acetylgalactosaminyltransferase Activity / Transferring Glycosyl Groups / Manganese Ion Binding / Carbohydrate Binding / Metal Ion Binding

機能・相同性

機能・相同性情報

polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase activity / O-glycan processing / O-linked glycosylation of mucins / protein O-linked glycosylation / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / Golgi membrane / Golgi apparatus / extracellular exosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Yu, C. / Yin, Y.X.

引用

ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2019
タイトル: Structural basis of carbohydrate transfer activity of UDP-GalNAc: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 7.
著者: Yu, C. / Liang, L. / Yin, Y.

履歴

登録	2018年12月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6iwq.cif.gz	653.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6iwq.ent.gz	541.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6iwq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6iwq_validation.pdf.gz	519.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6iwq_full_validation.pdf.gz	736 KB	表示
XML形式データ	6iwq_validation.xml.gz	138.3 KB	表示
CIF形式データ	6iwq_validation.cif.gz	184.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/6iwq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/6iwq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6iwrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6iwr-3 6iwr-1 6iwr-2 0907 5whm-d 4o2f-d 3fip-d 0905 1xvp-4 6haf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (5) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (3) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (5) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: N-acetylgalactosaminyltransferase 7

B: N-acetylgalactosaminyltransferase 7

C: N-acetylgalactosaminyltransferase 7

D: N-acetylgalactosaminyltransferase 7

E: N-acetylgalactosaminyltransferase 7

F: N-acetylgalactosaminyltransferase 7

ヘテロ分子

414 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N-acetylgalactosaminyltransferase 7

C: N-acetylgalactosaminyltransferase 7

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
138 kDa, 2 ポリマー
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2

B: N-acetylgalactosaminyltransferase 7

D: N-acetylgalactosaminyltransferase 7

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
138 kDa, 2 ポリマー
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3

E: N-acetylgalactosaminyltransferase 7

ヘテロ分子

F: N-acetylgalactosaminyltransferase 7

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
138 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	137.695, 158.233, 251.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	N-acetylgalactosaminyltransferase 7 / Polypeptide GalNAc transferase 7 / pp-GaNTase 7 / Protein-UDP acetylgalactosaminyltransferase 7 / ...Polypeptide GalNAc transferase 7 / pp-GaNTase 7 / Protein-UDP acetylgalactosaminyltransferase 7 / UDP-GalNAc:polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 7 分子量: 68864.211 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GALNT7 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q86SF2, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1M Lithium sulfate monohydrate, 12%(w/v) Polyethylene glycol 4,000, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 5mM UDP, 5mM MnCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→49.25 Å / Num. obs: 103346 / % possible obs: 89 % / 冗長度: 13.1 % / Net I/σ(I): 9.57
反射シェル	解像度: 2.95→3.055 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2400: ???)	精密化
DENZO		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.95→49.25 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.28

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2389	5175	5.01 %
R_work	0.2251	-	-
obs	0.2258	103299	88.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→49.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	26640	0	6	188	26834

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.023	27444
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.002	37212
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	26.867	10254
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.104	3822
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	4800

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.95-2.9836	0.4284	89	0.3425	1687	X-RAY DIFFRACTION	46
2.9836-3.0186	0.3343	120	0.3326	2247	X-RAY DIFFRACTION	62
3.0186-3.0555	0.3057	116	0.3167	2407	X-RAY DIFFRACTION	66
3.0555-3.0941	0.3273	126	0.3183	2470	X-RAY DIFFRACTION	68
3.0941-3.1348	0.3528	128	0.3119	2578	X-RAY DIFFRACTION	70
3.1348-3.1778	0.3245	137	0.3032	2645	X-RAY DIFFRACTION	73
3.1778-3.2232	0.3279	120	0.2965	2758	X-RAY DIFFRACTION	75
3.2232-3.2713	0.3428	154	0.2931	2797	X-RAY DIFFRACTION	77
3.2713-3.3224	0.3478	151	0.2793	2913	X-RAY DIFFRACTION	80
3.3224-3.3768	0.3253	156	0.28	3026	X-RAY DIFFRACTION	82
3.3768-3.435	0.2758	184	0.2896	3106	X-RAY DIFFRACTION	86
3.435-3.4975	0.296	163	0.2915	3256	X-RAY DIFFRACTION	89
3.4975-3.5647	0.2874	198	0.2637	3414	X-RAY DIFFRACTION	94
3.5647-3.6375	0.2931	161	0.2545	3616	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6375-3.7165	0.2859	194	0.2481	3616	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7165-3.803	0.2464	215	0.2266	3605	X-RAY DIFFRACTION	100
3.803-3.898	0.2387	201	0.2328	3662	X-RAY DIFFRACTION	100
3.898-4.0034	0.2324	187	0.2112	3663	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0034-4.1211	0.2133	220	0.2044	3638	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1211-4.2541	0.186	201	0.2016	3677	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2541-4.406	0.2119	201	0.1827	3685	X-RAY DIFFRACTION	100
4.406-4.5823	0.1955	152	0.1771	3717	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5823-4.7907	0.1881	227	0.1785	3655	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7907-5.043	0.1808	195	0.183	3701	X-RAY DIFFRACTION	100
5.043-5.3586	0.2019	190	0.1949	3700	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3586-5.7718	0.2209	197	0.2125	3708	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7718-6.3516	0.2422	171	0.2253	3767	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3516-7.2681	0.2501	201	0.2155	3745	X-RAY DIFFRACTION	100
7.2681-9.1475	0.1983	207	0.189	3773	X-RAY DIFFRACTION	100
9.1475-49.275	0.1963	213	0.2058	3892	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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