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万見
- PDB-6haf: Pyruvate oxidase variant E59Q from L. plantarum in complex with p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6haf
タイトルPyruvate oxidase variant E59Q from L. plantarum in complex with phosphate
要素Pyruvate oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / CARBANION / STRUCTURE ACTIVITY RELATIONSHIP / OXIDATION-REDUCTION / UMPOLUNG / THIAMINE DIPHOSPHATE / REACTION INTERMEDIATE / FLAVIN ADENINE DINUCLEOTIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate oxidase / pyruvate oxidase activity / thiamine pyrophosphate binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Pyruvate oxidase / : / : / : / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain ...Pyruvate oxidase / : / : / : / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / : / PHOSPHATE ION / THIAMINE DIPHOSPHATE / Pyruvate oxidase / Pyruvate oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus plantarum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Funk, L.M. / Sautner, V. / Tittmann, K.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationFOR 1296/TP3 ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Low-barrier hydrogen bonds in enzyme cooperativity.
著者: Dai, S. / Funk, L.M. / von Pappenheim, F.R. / Sautner, V. / Paulikat, M. / Schroder, B. / Uranga, J. / Mata, R.A. / Tittmann, K.
履歴
登録2018年8月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02021年8月4日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate oxidase
B: Pyruvate oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,25524
ポリマ－132,4122
非ポリマー3,84422
水26,9501496
1
A: Pyruvate oxidase
B: Pyruvate oxidase
ヘテロ分子

A: Pyruvate oxidase
B: Pyruvate oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)272,51048
ポリマ－264,8234
非ポリマー7,68744
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area38740 Å2
ΔGint-254 kcal/mol
Surface area69750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.180, 154.350, 165.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-204-

ARG

21B-204-

ARG

31A-702-

K

41B-702-

K

51A-1137-

HOH

61B-1086-

HOH

71B-1175-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Pyruvate oxidase


分子量: 66205.812 Da / 分子数: 2 / 変異: E59Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus plantarum (バクテリア)
遺伝子: spxB, C4O30_12890, CUR48_03890 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1A0DLW4, UniProt: P37063*PLUS

-
非ポリマー , 7種, 1518分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸


分子量: 425.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1496 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.21 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1.5 M ammonium sulfate, 200 mM phosphate, 0.1 mM thiamine diphosphate, 1 mM magnesium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.82656 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.82656 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→48.359 Å / Num. obs: 369535 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.746 % / Biso Wilson estimate: 9.72 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rrim(I) all: 0.106 / Χ2: 0.954 / Net I/σ(I): 10.09
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.3-1.44.7840.6962.12732340.7420.78399.9
1.4-1.54.7320.4673.13551260.860.52699.9
1.5-1.74.6550.2755.06750720.9380.31199.9
1.7-2.84.7970.08714.121284260.9950.09899.8
2.8-3.354.8470.04428.01155770.9980.04999.9
3.35-3.94.5310.03534.0479780.9980.03999
3.9-4.453.9660.03134.0844900.9980.03598.1
4.45-144.9890.03435.8592980.9990.03899.7
14-174.1280.03137.631480.9970.036100
17-502.8230.02629.521860.9990.0395.9
48.359-50

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化解像度: 1.3→48.359 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.02
Rfactor反射数%反射
Rfree0.156 18475 5 %
Rwork0.1342 --
obs0.1353 369497 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 1.3 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso max: 55.1 Å2 / Biso mean: 13.5906 Å2 / Biso min: 5.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→48.359 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9040 0 354 1556 10950
Biso mean--16.95 24.84 -
残基数----1170
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01110226
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.48314018
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0911521
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091869
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2433850
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.3-1.31480.25656130.23241162912242100
1.3148-1.33020.24076120.23131161012222100
1.3302-1.34650.25096120.22511163112243100
1.3465-1.36350.24786120.22491162712239100
1.3635-1.38150.24526150.21431167912294100
1.3815-1.40040.25736110.21221161812229100
1.4004-1.42040.22986140.20321166612280100
1.4204-1.44160.23786140.19841166812282100
1.4416-1.46410.21646110.1881160112212100
1.4641-1.48810.20476150.17641168412299100
1.4881-1.51380.20346130.17271166312276100
1.5138-1.54130.19086120.16671162712239100
1.5413-1.5710.19116170.15821171912336100
1.571-1.6030.17866110.1521161112222100
1.603-1.63790.18466140.15011167512289100
1.6379-1.6760.17986150.14261169812313100
1.676-1.71790.16146140.13661165712271100
1.7179-1.76440.17556150.13541169012305100
1.7644-1.81630.15476160.12561170412320100
1.8163-1.87490.1476160.12171170612322100
1.8749-1.94190.13766150.11581169212307100
1.9419-2.01970.13416170.11431170412321100
2.0197-2.11160.13746160.10931170812324100
2.1116-2.22290.13016130.1074116491226299
2.2229-2.36220.12626180.10241175112369100
2.3622-2.54460.12586200.1061177112391100
2.5446-2.80060.12896220.11131181212434100
2.8006-3.20580.12776230.11611184212465100
3.2058-4.03860.1266220.1151118111243399
4.0386-48.3920.13696370.1272121191275699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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