PDB-6iwi: Crystal structure of PDE5A in complex with a novel inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6iwi

タイトル

Crystal structure of PDE5A in complex with a novel inhibitor

要素

cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase

キーワード

HYDROLASE / PDE5A / Inhibitor / Complex structure

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of oocyte development / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of cardiac muscle contraction / oocyte development / RHOBTB1 GTPase cycle / relaxation of cardiac muscle / cGMP catabolic process / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / cGMP effects ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.155 Å

データ登録者

Zhang, X.L. / Xu, Y.C.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Pharmacokinetics-Driven Optimization of 4(3 H)-Pyrimidinones as Phosphodiesterase Type 5 Inhibitors Leading to TPN171, a Clinical Candidate for the Treatment of Pulmonary Arterial Hypertension.
著者: Wang, Z. / Jiang, X. / Zhang, X. / Tian, G. / Yang, R. / Wu, J. / Zou, X. / Liu, Z. / Yang, X. / Wu, C. / Shi, J. / Li, J. / Suo, J. / Wang, Y. / Zhang, R. / Xu, Z. / Gong, X. / He, Y. / Zhu, ...

履歴

登録	2018年12月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月23日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6iwi.ent.gz	100.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6iwi_validation.pdf.gz	689 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6iwi_full_validation.pdf.gz	690.3 KB	表示
XML形式データ	6iwi_validation.xml.gz	13.8 KB	表示
CIF形式データ	6iwi_validation.cif.gz	19.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/6iwi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/6iwi	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	2w3i-d 3kg7-5 4guz-2 5e1v-1 3b2r-2 5e1v-2 4oko-1 3kg7-4 1pbn-d 4pnp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (17) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase

ヘテロ分子

40.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.748, 74.748, 132.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase / Phosphodiesterase type 5 / cGMP-binding cGMP-specific phosphodiesterase / CGB-PDE 分子量: 40091.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE5A, PDE5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O76074, 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-B0C / N-[3-(4,5-diethyl-6-oxo-1,6-dihydropyrimidin-2-yl)-4-propoxyphenyl]-2-(4-methylpiperazin-1-yl)acetamide 分子量: 441.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₅N₅O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.68 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M MgSO4, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 23729 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.9 % / B_iso Wilson estimate: 22.94 Å² / R_merge(I) obs: 0.13 / R_pim(I) all: 0.031 / R_rim(I) all: 0.134 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 449327

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.15-2.19	17.5	2.303	1200	0.754	0.56	2.371	0.776	99.9
2.19-2.23	18		1139	0.716			1.129	99.9
2.23-2.27	18.1	1.435	1156	0.728	0.344	1.476	2.207	100
2.27-2.32	18.8	2.169	1170	0.929	0.506	2.228	0.83	100
2.32-2.37	19.2	1.258	1166	0.926	0.291	1.291	0.792	100
2.37-2.42	18.5	1.047	1167	0.932	0.247	1.077	0.799	100
2.42-2.48	18.2	0.864	1181	0.961	0.207	0.889	0.793	100
2.48-2.55	18.8	0.634	1153	0.971	0.148	0.651	0.831	100
2.55-2.62	20.2	0.529	1161	0.983	0.119	0.542	0.822	100
2.62-2.71	20.1	0.421	1178	0.988	0.095	0.432	0.837	100
2.71-2.81	20	0.319	1182	0.99	0.072	0.327	0.85	100
2.81-2.92	20.1	0.243	1175	0.992	0.055	0.249	0.861	100
2.92-3.05	19.5	0.198	1175	0.995	0.046	0.203	0.888	100
3.05-3.21	18.2	0.138	1195	0.996	0.033	0.142	0.941	100
3.21-3.41	19.2	0.11	1193	0.997	0.026	0.113	0.99	100
3.41-3.68	20.1	0.102	1184	0.997	0.024	0.105	1.304	100
3.68-4.05	19.9	0.082	1196	0.998	0.019	0.084	1.129	100
4.05-4.63	18.3	0.072	1224	0.998	0.017	0.074	1.097	100
4.63-5.83	18.8	0.067	1226	0.998	0.016	0.069	1.041	100
5.83-50	17.4	0.06	1308	0.998	0.015	0.062	0.955	99.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	6.73 Å	36.39 Å
Translation	6.73 Å	36.39 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER	2.6.1	位相決定
PHENIX	1.12_2829	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.155→36.393 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.34

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2265	1080	4.83 %
R_work	0.1854	-	-
obs	0.1874	22358	94.23 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 88.54 Å² / B_iso mean: 29.395 Å² / B_iso min: 7.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.155→36.393 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2281	0	34	146	2461
B_iso mean	-	-	27.36	36.75	-
残基数	-	-	-	-	290

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	2358
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.435	3195
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.034	368
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	404
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.748	1429

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1548-2.2528	0.2988	83	0.2999	1685	1768	61
2.2528-2.3716	0.3391	117	0.244	2604	2721	93
2.3716-2.5201	0.2731	146	0.2149	2748	2894	100
2.5201-2.7146	0.2488	161	0.1986	2768	2929	100
2.7146-2.9877	0.2576	138	0.1961	2829	2967	100
2.9877-3.4198	0.2268	134	0.1847	2826	2960	100
3.4198-4.3074	0.1665	147	0.1544	2837	2984	100
4.3074-36.3986	0.2047	154	0.1572	2981	3135	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0005	0.0015	-0.0009	0.0068	0.001	0.0046	0.004	0.006	0.0028	-0.022	0.0098	-0.0059	-0.013	-0.0022	-0.0003	0.2446	-0.0872	0.0636	0.2047	0.0633	0.1458	28.1799	-12.201	-13.2947
2	0.0042	0.0049	-0.0003	0.0049	0.0005	0.0007	-0.0078	0.0165	-0.0047	-0.0071	0.0106	-0.0254	-0.0149	0.0101	0.0146	0.2188	-0.141	0.0544	0.1128	-0.0057	0.0969	33.8933	-14.2879	-3.6404
3	0.011	0.0125	0.006	0.0149	0.0063	0.0028	-0.0078	0.0317	-0.0242	-0.0375	0.03	-0.0206	0.0008	-0.0139	0.01	0.1808	-0.0957	-0.0056	0.1192	0.005	0.0907	25.764	-23.6284	-11.5806
4	0.0164	0.0215	0.0096	0.0294	0.0102	0.0071	0.0307	-0.0022	-0.0582	0.0007	0.0207	-0.0322	0.0163	-0.0036	0.093	0.1019	-0.1649	-0.0103	0.0203	0.0016	0.0666	28.1131	-22.8328	3.0105
5	0.0018	0.0012	-0.0003	0.0087	-0.0033	0.0032	-0.002	0.0017	0.01	-0.0056	0.0047	0.0375	0.0026	-0.0119	0.0071	0.1571	-0.1615	-0.0041	0.1894	0.0063	0.1287	17.1452	-28.7894	-2.5769
6	0.0028	0.0005	-0.0012	0.0047	-0.0001	0.0004	0.0072	0.0016	-0.0128	0.0091	-0.0027	0.0022	0.0027	0.0014	0.0074	0.1681	-0.1428	-0.0177	0.0514	-0.0061	0.091	23.4801	-36.2592	-0.8598
7	0.0007	-0.0014	-0.0006	0.0014	-0.0013	0.0012	0.0422	0.0063	-0.0244	0.0239	0.0358	-0.018	0.0257	0.0173	-0	0.2953	-0.0525	-0.1137	0.1446	0.0253	0.2063	36.3009	-37.7443	15.2016
8	0.0088	-0.0041	-0.0096	0.0164	0.0054	0.0123	0.0248	-0.0059	-0.021	-0.0007	0.008	-0.0016	0.0128	0.0133	0.0217	0.1734	-0.0779	-0.0764	0.0505	0.0054	0.1163	34.2562	-29.4512	9.0564
9	0.0016	0.002	0.0025	0.0038	0.0042	0.006	-0.0093	-0.0028	0.0052	0.0126	-0.0112	-0.0052	-0.0084	-0.0012	-0.0112	0.1578	-0.0609	-0.0083	0.057	-0.0029	0.0999	29.3531	-9.3288	15.931
10	0.0007	0.0003	0.0004	-0	0	0.0016	0.0203	-0.0093	-0.0048	0.0198	0.0076	-0.0068	-0.0014	-0.0054	0	0.2841	-0.0667	-0.084	0.1688	0.014	0.1502	31.7621	-14.9658	24.0383
11	0.0048	-0.002	-0.0029	0.0007	0.0011	0.0015	0.0055	-0.0016	-0.0082	0.006	0.002	-0.0101	0.0039	0.0119	-0.0008	0.1513	-0.0086	-0.1194	0.1116	-0.0008	0.163	41.273	-28.4557	14.3579
12	0.0018	-0.0025	-0.0021	0.0126	0.0075	0.0137	0.0034	-0.0029	-0.0116	0.0311	-0.0077	-0.0228	-0.0231	0.0148	0.0107	0.1897	-0.0406	-0.1137	0.1927	-0.0566	0.198	42.6953	-15.7365	19.0649

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 536 through 554 )	A	536 - 554
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 555 through 581 )	A	555 - 581
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 582 through 604 )	A	582 - 604
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 605 through 679 )	A	605 - 679
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 680 through 705 )	A	680 - 705
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 706 through 723 )	A	706 - 723
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 724 through 748 )	A	724 - 748
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 749 through 771 )	A	749 - 771
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 772 through 788 )	A	772 - 788
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 789 through 823 )	A	789 - 823
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 824 through 836 )	A	824 - 836
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 837 through 860 )	A	837 - 860

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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