PDB-6iw3: High resolution structure of Dvl2-DIX Y27W/C80S mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6iw3

タイトル

High resolution structure of Dvl2-DIX Y27W/C80S mutant

要素

Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Wnt signalling

機能・相同性

機能・相同性情報

Negative regulation of TCF-dependent signaling by DVL-interacting proteins / convergent extension involved in neural plate elongation / planar cell polarity pathway involved in neural tube closure / cochlea morphogenesis / segment specification / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / non-canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of neuron projection arborization / clathrin-coated endocytic vesicle / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Yamanishi, K. / Shibata, N.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2019
タイトル: High-resolution structure of a Y27W mutant of the Dishevelled2 DIX domain.
著者: Yamanishi, K. / Sin, Y. / Terawaki, S.I. / Higuchi, Y. / Shibata, N.

履歴

登録	2018年12月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年2月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6iw3.cif.gz	52.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6iw3.ent.gz	34.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6iw3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6iw3_validation.pdf.gz	417 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6iw3_full_validation.pdf.gz	417.1 KB	表示
XML形式データ	6iw3_validation.xml.gz	5.9 KB	表示
CIF形式データ	6iw3_validation.cif.gz	7.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/6iw3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/6iw3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4wipS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5gr9-d 5gij-d 5hz3-d 6j09-d 5hyx-d 5jfi-1 5hz0-d 5jfk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (8) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (3) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (3) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (2) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (8)
#88 - 2007年4月
クラスリン (Clathrin)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (3)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (3)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (2)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2

9.31 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2

x 6

登録者が定義した集合体
55.9 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-y,x-y,z+1/3	1
crystal symmetry operation	3_555	-x+y,-x,z+2/3	1
crystal symmetry operation	4_555	-x,-y,z+1/2	1
crystal symmetry operation	5_555	y,-x+y,z+5/6	1
crystal symmetry operation	6_555	x-y,x,z+1/6	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.470, 44.470, 87.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁
Space group name Hall	P6₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: -x,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2 / Dishevelled-2 / DSH homolog 2 分子量: 9311.475 Da / 分子数: 1 / 断片: DIX-domain / 変異: Y27W, C80S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DVL2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O14641
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.79 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20% (w/v) PEG 6000, Tris-HCl pH 8.0, 200 mM lithium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→50 Å / Num. obs: 12127 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.7 % / B_iso Wilson estimate: 36 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.133 / R_rim(I) all: 0.136 / Net I/σ(I): 20.3
反射シェル	解像度: 1.64→1.68 Å / 冗長度: 13.9 % / R_merge(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 873 / CC_1/2: 0.511 / R_rim(I) all: 2.37 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4WIP

4wip

解像度: 1.64→38.5 Å / SU R Cruickshank DPI: 0.116 / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2292	1216	10.03 %
R_work	0.1998	-	-
obs	0.2026	12118	99.88 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→38.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	649	0	0	59	708

LS精密化シェル

解像度: 1.64→1.702 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3308	135	-
R_work	0.3174	1204	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.84264895506	-3.20503597624	-3.983446944	7.68302405556	1.98232857476	8.2144762248	-0.595981172019	-0.163996168757	-0.0846871715018	0.157500084818	0.27216118599	0.104673916033	0.528628646407	0.263661033632	0.254247184477	0.249825695288	-0.0171944583839	-0.0419763646493	0.185124006109	-0.0174849265316	0.296868766857	17.3530849236	-7.94466434839	-8.36713959816
2	1.75866822969	-2.21594372353	0.210214807775	3.71597544147	0.968294577646	3.50409113727	-0.328632961394	0.214769115777	0.169261870786	1.08367068993	-0.393392737728	1.96450988538	-0.354128857836	-1.40304088952	0.697695728258	0.40366572842	-0.0543107776199	0.0578601657956	0.420672038531	-0.121396973341	0.555099345953	4.33478631966	-4.6848182001	-6.41530266024
3	2.17289427318	-0.829334333123	-3.00263621829	7.04126980239	-0.464707127235	8.16582452834	0.0602908075024	0.277717523177	-0.506647996477	-0.315927551969	-0.0405384184662	0.364375438716	0.456182881725	0.480771329963	-0.0432394890877	0.253103391425	0.0223144426462	-0.0514306460867	0.208255170669	-0.0420764323048	0.247634019266	16.2914834334	-9.80716839682	-11.800368423
4	1.12417576904	-1.16218428296	1.90107066564	6.54096317695	0.57731715409	4.43707972687	-0.3989036771	0.944607393321	0.0512013017117	0.302658889475	0.406111411467	-1.36425119605	0.3384850564	1.29039610712	-0.176287020382	0.229420904225	0.0247937274759	0.0296160031054	0.530244324935	-0.0159155097624	0.335402464151	29.4557855589	-5.65733753363	-8.98947289237
5	2.47726180567	2.83046258679	1.29598898033	8.82137792501	1.88155627978	1.67093928677	-0.500312361582	1.02838471001	-0.172121761381	-0.947787309333	0.422023934169	-0.11912274144	0.00518829979237	0.710402761798	0.0921066131933	0.373356174342	-0.0469217547509	0.00495711446921	0.311535787743	0.017254499002	0.242871959961	21.4664949269	-0.241089228526	-13.6622328525
6	8.34319228295	1.98681070334	3.13402068746	2.18934937485	2.75689672746	4.8616082654	-0.526412146376	1.22785299168	0.271976185815	-1.45736729423	1.19403900376	0.896318290886	-1.44505388664	-1.5287776367	-0.525837620978	0.690580004371	-0.155812492314	-0.0584947148141	0.668142076107	0.126250526303	0.550462591132	13.3928108889	2.75578847039	-16.9997601974
7	5.06568458977	-2.39562927098	-2.20095096857	3.60078157223	0.857370627422	2.17356270148	-0.308452544619	-0.581160724669	0.214287705701	0.849075740128	0.296072945473	-0.115141232877	-1.14331034974	0.429611356621	0.0550053285887	0.465271291993	0.0107772618767	-0.0391563705317	0.22688218533	0.0131416087674	0.24781305737	17.9205354187	2.42315850891	3.64471572346
8	4.55632043468	-0.249960055783	0.820697090963	2.61266942498	-0.731555305344	5.08792839049	-0.207881619253	0.0912481776845	0.277434308135	-0.271958982161	0.133853521817	-0.56105812008	-0.281295545125	0.452374886971	0.0779083302598	0.232956317406	-0.0341952179406	-0.0403496666894	0.226339439553	0.00324386767114	0.228928050475	24.9714091957	-0.24107426705	-4.4972726085
9	4.26216757506	-2.76677305867	1.69691614855	2.10254255239	-1.22618733982	7.12136697534	0.0106159236901	0.55675823327	-0.233142751502	-0.465726713347	-0.155088184548	0.433585746272	-0.156698767545	-0.0151911855403	-0.00937166862004	0.224668143785	-0.000118980167237	-0.0466387844877	0.154792013921	-0.0070750816695	0.275740490672	13.5274489199	-1.38133905726	-5.24727908033

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 12 through 20 )	A	12 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 21 through 26 )	A	21 - 26
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 27 through 31 )	A	27 - 31
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 32 through 39 )	A	32 - 39
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 40 through 46 )	A	40 - 46
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 47 through 53 )	A	47 - 53
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 54 through 70 )	A	54 - 70
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 71 through 83 )	A	71 - 83
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 84 through 92 )	A	84 - 92

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)