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- PDB-6ive: Molecular structure of a thermostable and a Zinc ion binding gamm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ive
タイトルMolecular structure of a thermostable and a Zinc ion binding gamma-class carbonic anhydrase
要素Ferripyochelin-binding protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Gamma-class carbonic anhydrase Metal binding protein
機能・相同性Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Hexapeptide repeat / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Mainly Beta / PHOSPHATE ION / Ferripyochelin-binding protein
機能・相同性情報
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wang, W.M. / Wang, H.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China21601112, 21671125 中国
引用ジャーナル: Biometals / 年: 2019
タイトル: Molecular structure of thermostable and zinc-ion-binding gamma-class carbonic anhydrases.
著者: Wang, W. / Zhang, Y. / Wang, L. / Jing, Q. / Wang, X. / Xi, X. / Zhao, X. / Wang, H.
履歴
登録2018年12月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferripyochelin-binding protein
B: Ferripyochelin-binding protein
C: Ferripyochelin-binding protein
D: Ferripyochelin-binding protein
E: Ferripyochelin-binding protein
F: Ferripyochelin-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,82518
ポリマ－104,8636
非ポリマー96212
水7,062392
1
A: Ferripyochelin-binding protein
B: Ferripyochelin-binding protein
C: Ferripyochelin-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9139
ポリマ－52,4313
非ポリマー4816
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8050 Å2
ΔGint-181 kcal/mol
Surface area16630 Å2
手法PISA
2
D: Ferripyochelin-binding protein
E: Ferripyochelin-binding protein
F: Ferripyochelin-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9139
ポリマ－52,4313
非ポリマー4816
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7900 Å2
ΔGint-181 kcal/mol
Surface area16650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.687, 69.232, 83.334
Angle α, β, γ (deg.)75.22, 74.39, 89.20
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Ferripyochelin-binding protein


分子量: 17477.125 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: TTHA1879 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SH51
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.74 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 200mM tripotassium orthophosphate (pH 8.9), 19% (wt/vol) PEG 3350, 5% (vol/vol) glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97861 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97861 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 44102 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.196 / Rrim(I) all: 0.196 / Χ2: 0.665 / Net I/av σ(I): 7.83 / Net I/σ(I): 7.83
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / CC1/2: 0.848 / Χ2: 0.522 / % possible all: 92.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4N27

4n27


解像度: 2.3→46.809 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 23.28
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 2001 4.55 %
Rwork0.1811 --
obs0.183 44018 96.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.809 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7250 0 36 392 7678
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037454
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.64310206
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5024372
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541155
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051369
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2878-2.34510.27211370.22842671X-RAY DIFFRACTION87
2.3451-2.40850.30031290.21653028X-RAY DIFFRACTION96
2.4085-2.47930.23411470.21022985X-RAY DIFFRACTION96
2.4793-2.55930.25871480.21223042X-RAY DIFFRACTION97
2.5593-2.65080.27691380.21362969X-RAY DIFFRACTION97
2.6508-2.75690.24091510.20433032X-RAY DIFFRACTION96
2.7569-2.88240.241400.20993038X-RAY DIFFRACTION97
2.8824-3.03430.23691510.19463021X-RAY DIFFRACTION97
3.0343-3.22440.24841420.2053010X-RAY DIFFRACTION97
3.2244-3.47330.28231430.18793083X-RAY DIFFRACTION98
3.4733-3.82270.21721460.16953039X-RAY DIFFRACTION98
3.8227-4.37550.17911430.14513051X-RAY DIFFRACTION98
4.3755-5.51120.15191400.14133023X-RAY DIFFRACTION97
5.5112-46.81930.18591460.16033025X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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