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万見
- PDB-6iva: Crystal structure of the S. typhimurium oxaloacetate decarboxylas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iva
タイトルCrystal structure of the S. typhimurium oxaloacetate decarboxylase beta-gamma sub-complex
要素
  • Oxaloacetate decarboxylase beta chain
  • Probable oxaloacetate decarboxylase gamma chain
キーワードMEMBRANE PROTEIN / decarboxylase sodium pump / biotin-dependent decarboxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxaloacetate decarboxylase (Na+ extruding) / decarboxylation-driven active transmembrane transporter activity / sodium ion transmembrane transporter activity / oxaloacetate decarboxylase activity / sodium ion export across plasma membrane / sodium ion transport / lyase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Na+-transporting methylmalonyl-CoA/oxaloacetate decarboxylase, beta subunit / Sodium ion-translocating decarboxylase / Oxaloacetate decarboxylase, gamma chain / Na+-transporting oxaloacetate decarboxylase beta subunit / Oxaloacetate decarboxylase, gamma chain
類似検索 - ドメイン・相同性
Oxaloacetate decarboxylase beta chain / Probable oxaloacetate decarboxylase gamma chain / Oxaloacetate decarboxylase gamma chain 2 / Oxaloacetate decarboxylase beta chain 1
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica I (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.403 Å
データ登録者Xu, X. / Xiang, S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31570743 中国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Structural insights into sodium transport by the oxaloacetate decarboxylase sodium pump.
著者: Xin Xu / Huigang Shi / Xiaowen Gong / Pu Chen / Ying Gao / Xinzheng Zhang / Song Xiang /
要旨: The oxaloacetate decarboxylase sodium pump (OAD) is a unique primary-active transporter that utilizes the free energy derived from oxaloacetate decarboxylation for sodium transport across the cell ...The oxaloacetate decarboxylase sodium pump (OAD) is a unique primary-active transporter that utilizes the free energy derived from oxaloacetate decarboxylation for sodium transport across the cell membrane. It is composed of 3 subunits: the α subunit catalyzes carboxyl-transfer from oxaloacetate to biotin, the membrane integrated β subunit catalyzes the subsequent carboxyl-biotin decarboxylation and the coupled sodium transport, the γ subunit interacts with the α and β subunits and stabilizes the OAD complex. We present here structure of the OAD βγ sub-complex. The structure revealed that the β and γ subunits form a βγ hetero-hexamer with extensive interactions between the subunits and shed light on the OAD holo-enzyme assembly. Structure-guided functional studies provided insights into the sodium binding sites in the β subunit and the coupling between carboxyl-biotin decarboxylation and sodium transport by the OAD β subunit.
履歴
登録2018年12月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxaloacetate decarboxylase beta chain
B: Probable oxaloacetate decarboxylase gamma chain
C: Oxaloacetate decarboxylase beta chain
D: Probable oxaloacetate decarboxylase gamma chain
E: Oxaloacetate decarboxylase beta chain
F: Probable oxaloacetate decarboxylase gamma chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,1976
ポリマ－168,1976
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18640 Å2
ΔGint-242 kcal/mol
Surface area51110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.471, 198.083, 241.745
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Oxaloacetate decarboxylase beta chain


分子量: 44928.801 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica I (サルモネラ菌)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A0F7JAV8, UniProt: Q8ZRY4*PLUS, oxaloacetate decarboxylase (Na+ extruding)
#2: タンパク質 Probable oxaloacetate decarboxylase gamma chain


分子量: 11137.029 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica I (サルモネラ菌)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A0F7JC72, UniProt: Q03032*PLUS, oxaloacetate decarboxylase (Na+ extruding)
配列の詳細Authors state that this confluence may be a natural occurring mutation that happen to exist in the ...Authors state that this confluence may be a natural occurring mutation that happen to exist in the genomic DNA they used.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.84 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M sodium chloride, 0.1 M lithium sulfate, 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 25% PEG1000 and 0.125% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.4→50 Å / Num. obs: 16715 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 14.99
反射 シェル解像度: 4.4→4.48 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.52 / Num. unique obs: 834 / CC1/2: 0.549

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6IWW

6iww


解像度: 4.403→42.191 Å / SU ML: 0.74 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 45.14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3356 804 4.84 %
Rwork0.3096 --
obs0.3108 16615 99.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.403→42.191 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10122 0 0 0 10122
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00310293
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71713977
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.3996150
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441749
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071737
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.4027-4.67820.39091330.40492577X-RAY DIFFRACTION98
4.6782-5.03880.36791150.36232603X-RAY DIFFRACTION99
5.0388-5.54490.43441490.37222587X-RAY DIFFRACTION100
5.5449-6.34490.36121360.37262645X-RAY DIFFRACTION100
6.3449-7.98510.3081260.31312665X-RAY DIFFRACTION100
7.9851-42.19260.30511450.25972734X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.07690.58952.3192.4935-1.69112.0294-0.22810.42680.1272-0.48870.2281-0.3364-0.24131.03680.00662.1935-0.00260.23621.63190.26661.86066.0874-38.797319.8208
22.05480.1089-2.07881.8209-1.69163.2550.75840.43540.79560.5118-0.7032-0.45810.736-0.5893-0.00583.01521.2783-0.41475.0283-0.48621.845616.8801-55.934816.3815
33.88241.14160.5075-0.14490.32725.70170.2453-0.80551.92690.18240.11090.8142-1.8105-0.50710.00032.22240.52170.02672.7103-0.15172.6174-27.1627-24.175735.0824
41.16481.4437-0.09527.65342.05033.98910.08112.41911.32521.8683-2.2061-0.73970.15611.6167-5.46042.34851.50470.10753.8381.91981.9464-17.7488-6.425632.2803
50.0047-0.3002-0.17422.2245-0.7498.07810.34120.2191-0.7719-0.1572-0.10580.28761.3978-2.13880.00012.38-0.2484-0.17122.4160.10282.2134-21.911-63.039632.8003
61.2691.03130.82743.75563.05673.16541.2859-1.35431.78450.8136-0.8757-1.1343-1.0376-0.1285-0.01012.6033-1.09330.41573.03971.32884.1801-39.5915-64.015942.6716
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 13 through 432)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 2 through 43)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 13 through 432)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 2 through 43)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 13 through 432)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 2 through 43)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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