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- PDB-6iu6: Crystal structure of cytoplasmic metal binding domain with nickel ions -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iu6
タイトルCrystal structure of cytoplasmic metal binding domain with nickel ions
要素VIT1
キーワードMETAL TRANSPORT / membrane protein
機能・相同性NICKEL (II) ION
機能・相同性情報
生物種Eucalyptus grandis (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kato, T. / Nishizawa, T. / Yamashita, K. / Kumazaki, K. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of plant vacuolar iron transporter VIT1.
著者: Kato, T. / Kumazaki, K. / Wada, M. / Taniguchi, R. / Nakane, T. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Ishitani, R. / Ito, K. / Nishizawa, T. / Nureki, O.
履歴
登録2018年11月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author
改定 1.22019年2月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32019年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VIT1
B: VIT1
C: VIT1
D: VIT1
E: VIT1
F: VIT1
H: VIT1
I: VIT1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,92742
ポリマ－72,8508
非ポリマー2,07634
水1448
1
A: VIT1
B: VIT1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,08116
ポリマ－18,2132
非ポリマー86914
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2470 Å2
ΔGint-164 kcal/mol
Surface area9110 Å2
手法PISA
2
C: VIT1
D: VIT1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4476
ポリマ－18,2132
非ポリマー2354
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2320 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area8970 Å2
手法PISA
3
E: VIT1
F: VIT1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,94414
ポリマ－18,2132
非ポリマー73112
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2290 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area9300 Å2
手法PISA
4
H: VIT1
I: VIT1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4546
ポリマ－18,2132
非ポリマー2414
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2290 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area8820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.744, 84.744, 97.398
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質
VIT1


分子量: 9106.312 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Eucalyptus grandis (植物) / プラスミド: modified pE-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3)
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物...
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.62 % / Mosaicity: 0.16 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 21-23% PEG600, 0.1 M HEPES pH7.0 and 0.001-0.003 M zinc cloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1.485 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月23日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.485 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.753
11K, H, -L20.247
反射解像度: 2.9→42.372 Å / Num. obs: 17355 / % possible obs: 99.9885 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.9918 / Rmerge(I) obs: 0.1259 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 7.7505 / Num. measured all: 8962 / Scaling rejects: 625
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured obsNum. unique obsCC1/2Net I/σ(I) obs
2.9-3.003999.8874.99490.306883117680.8873.4761
3.0039-3.12411005.10610.264890517440.90954.3071
3.1241-3.26621005.29110.2223918017350.94055.5521
3.2662-3.43841005.23170.1866892017050.95457.3127
3.4384-3.65371005.01450.1727867017290.95668.2265
3.6537-3.93561005.13590.1528892117370.96748.8726
3.9356-4.33131005.30020.1358918017320.97599.6405
4.3313-4.95721005.07410.1238890017540.97539.8846
4.9572-6.24241005.31320.123907517080.975710.0015
6.2424-42.37651005.1870.0984904117430.990210.3266

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232精密化
Aimless0.5.15データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6IU5

6iu5


解像度: 2.9→42.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 12.808 / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2113 798 4.6 %RANDOM
Rwork0.1448 ---
obs0.1477 16557 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 162.9 Å2 / Biso mean: 66.441 Å2 / Biso min: 23.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.47 Å20 Å20 Å2
2--5.47 Å20 Å2
3----10.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→42.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4716 0 34 8 4758
Biso mean--71.08 44.65 -
残基数----585
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0134818
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174469
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7541.6556503
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.321.58110390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5595577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.68922.517294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.8915854
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.1511539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2593
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025399
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02990
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 72 -
Rwork0.223 1206 -
all-1278 -
obs--99.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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