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万見
- PDB-6iu5: Crystal structure of cytoplasmic metal binding domain with zinc ions -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iu5
タイトルCrystal structure of cytoplasmic metal binding domain with zinc ions
要素VIT1
キーワードMETAL TRANSPORT / membrane protein
生物種Eucalyptus grandis (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Kato, T. / Nishizawa, T. / Yamashita, K. / Kumazaki, K. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of plant vacuolar iron transporter VIT1.
著者: Kato, T. / Kumazaki, K. / Wada, M. / Taniguchi, R. / Nakane, T. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Ishitani, R. / Ito, K. / Nishizawa, T. / Nureki, O.
履歴
登録2018年11月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author
改定 1.22019年2月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32019年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VIT1
B: VIT1
C: VIT1
D: VIT1
E: VIT1
F: VIT1
H: VIT1
I: VIT1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,82941
ポリマ－72,8508
非ポリマー1,97933
水3,855214
1
A: VIT1
B: VIT1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,06816
ポリマ－18,2132
非ポリマー85614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2430 Å2
ΔGint-224 kcal/mol
Surface area9110 Å2
手法PISA
2
C: VIT1
D: VIT1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3795
ポリマ－18,2132
非ポリマー1663
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2170 Å2
ΔGint-221 kcal/mol
Surface area8950 Å2
手法PISA
3
E: VIT1
F: VIT1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,93814
ポリマ－18,2132
非ポリマー72512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2340 Å2
ΔGint-206 kcal/mol
Surface area9270 Å2
手法PISA
4
H: VIT1
I: VIT1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4446
ポリマ－18,2132
非ポリマー2324
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2250 Å2
ΔGint-199 kcal/mol
Surface area8880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.942, 84.942, 98.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質
VIT1


分子量: 9106.312 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Eucalyptus grandis (植物) / プラスミド: modified pE-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3)
#2: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細The accession number of Eucalyptus grandis VIT1 is XP_010066557.1 in NCBI database.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.19 % / Mosaicity: 0.07 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 21-23% PEG600, 0.1 M HEPES pH7.0 and 0.001-0.003 M zinc cloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1.282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月23日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→42.4712 Å / Num. obs: 37519 / % possible obs: 99.7978 % / 冗長度: 4.1795 % / CC1/2: 0.9902 / Rmerge(I) obs: 0.1445 / Rpim(I) all: 0.0797 / Rrim(I) all: 0.1654 / Net I/σ(I): 5.5282 / Num. measured all: 316698 / Scaling rejects: 570
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured obsNum. unique obsCC1/2Net I/σ(I) obs
2.25-2.330499.0963.71161.191383337270.38590.9053
2.3304-2.423799.46744.25730.87021590137350.6271.36
2.4237-2.53499.84064.20420.64031579537570.70271.7957
2.534-2.667699.67974.13360.47531543937350.78322.3258
2.6676-2.834799.97344.2430.33621597537650.88053.3301
2.8347-3.053599.94674.23130.25051588037530.92234.5159
3.0535-3.360799.97354.14950.18481562737660.95766.4613
3.3607-3.84671004.32230.13381625237600.97510.0284
3.8467-4.84531004.26710.11171602337550.982111.656
4.8453-42.47881004.27160.10511608737660.989412.8067

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232精密化
Aimless0.5.32データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.25→42.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 9.351 / SU ML: 0.212 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.252 / ESU R Free: 0.213 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25002 1757 4.7 %RANDOM
Rwork0.19757 ---
obs0.19993 35762 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 54.551 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.46 Å2-0.23 Å2-0 Å2
2---0.46 Å2-0 Å2
3---1.49 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.25→42.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4716 0 33 214 4963
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0134818
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174469
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5891.6556503
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3251.58110390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4585577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.58522.517294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.27415854
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.6561539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2593
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025399
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02990
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.8555.5162332
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.8555.5152331
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.7428.2492901
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.7418.2512902
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.6186.0972486
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.6176.0982487
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.0848.8933603
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 135 -
Rwork0.344 2607 -
obs--98.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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