[English] 日本語
Yorodumi- PDB-6iu5: Crystal structure of cytoplasmic metal binding domain with zinc ions -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6iu5 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of cytoplasmic metal binding domain with zinc ions | ||||||
Components | VIT1 | ||||||
Keywords | METAL TRANSPORT / membrane protein | ||||||
Biological species | Eucalyptus grandis (rose gum) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.25 Å | ||||||
Authors | Kato, T. / Nishizawa, T. / Yamashita, K. / Kumazaki, K. / Ishitani, R. / Nureki, O. | ||||||
Citation | Journal: Nat Plants / Year: 2019 Title: Crystal structure of plant vacuolar iron transporter VIT1. Authors: Kato, T. / Kumazaki, K. / Wada, M. / Taniguchi, R. / Nakane, T. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Ishitani, R. / Ito, K. / Nishizawa, T. / Nureki, O. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6iu5.cif.gz | 139.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6iu5.ent.gz | 108.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6iu5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6iu5_validation.pdf.gz | 482.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6iu5_full_validation.pdf.gz | 486.3 KB | Display | |
Data in XML | 6iu5_validation.xml.gz | 23.7 KB | Display | |
Data in CIF | 6iu5_validation.cif.gz | 35.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/6iu5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/6iu5 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6iu3C 6iu4C 6iu6C 6iu8C 6iu9C C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | |
Experimental dataset #1 | Data reference: 10.5281/zenodo.2532134 / Data set type: diffraction image data / Metadata reference: 10.5281/zenodo.2532134 |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
4 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 9106.312 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Eucalyptus grandis (rose gum) / Plasmid: modified pE-SUMO / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta2 (DE3) #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | The accession number of Eucalyptus grandis VIT1 is XP_010066557.1 in NCBI database. | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.81 Å3/Da / Density % sol: 56.19 % / Mosaicity: 0.07 ° |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 21-23% PEG600, 0.1 M HEPES pH7.0 and 0.001-0.003 M zinc cloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL41XU / Wavelength: 1.282 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: May 23, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.282 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.25→42.4712 Å / Num. obs: 37519 / % possible obs: 99.7978 % / Redundancy: 4.1795 % / CC1/2: 0.9902 / Rmerge(I) obs: 0.1445 / Rpim(I) all: 0.0797 / Rrim(I) all: 0.1654 / Net I/σ(I): 5.5282 / Num. measured all: 316698 / Scaling rejects: 570 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.25→42.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 9.351 / SU ML: 0.212 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.252 / ESU R Free: 0.213 / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 54.551 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.25→42.51 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
|