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- PDB-6itx: Structure of the C-terminal head domain of the avian adenovirus E... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6itx | ||||||
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Title | Structure of the C-terminal head domain of the avian adenovirus EDSV fiber | ||||||
![]() | Fiber protein![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() | ||||||
![]() | Wei, Q. / Song, Y. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Unravelling the receptor binding property of egg drop syndrome virus (EDSV) from the crystal structure of EDSV fiber head. Authors: Song, Y. / Wei, Q. / Liu, Y. / Feng, H. / Chen, Y. / Wang, Y. / Bai, Y. / Xing, G. / Deng, R. / Zhang, G. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 265.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 211.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 32100.943 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-GLN / ![]() #3: Chemical | ChemComp-SO4 / ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.86 Å3/Da / Density % sol: 56.92 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293.15 K / Method: evaporation / Details: 0.2M Potassium sulfate, 15% w/v PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 285 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: May 20, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.75→30 Å / Num. obs: 57643 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 46.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.131 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 5.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.75→29.882 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.28
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 122.8 Å2 / Biso mean: 46.6149 Å2 / Biso min: 13.64 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.75→29.882 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21
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