[日本語] English
万見
- PDB-6itx: Structure of the C-terminal head domain of the avian adenovirus E... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6itx
タイトルStructure of the C-terminal head domain of the avian adenovirus EDSV fiber
要素Fiber protein繊維状タンパク質
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / avian adenovirus / fiber protein (繊維状タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / カプシド / 細胞接着 / symbiont entry into host cell / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能
Fiber protein 1, C-terminal domain / Fiber protein 1, C-terminal / Fiber protein, C-terminal domain superfamily / C-terminal head domain of the fowl adenovirus type 1 long fibre / Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
グルタミン / 繊維状タンパク質 / 繊維状タンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Duck adenovirus 1 (ウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Wei, Q. / Song, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
中国
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2019
タイトル: Unravelling the receptor binding property of egg drop syndrome virus (EDSV) from the crystal structure of EDSV fiber head.
著者: Song, Y. / Wei, Q. / Liu, Y. / Feng, H. / Chen, Y. / Wang, Y. / Bai, Y. / Xing, G. / Deng, R. / Zhang, G.
履歴
登録2018年11月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fiber protein
B: Fiber protein
D: Fiber protein
C: Fiber protein
E: Fiber protein
F: Fiber protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,81716
ポリマ－192,6066
非ポリマー1,21110
水4,594255
1
A: Fiber protein
B: Fiber protein
C: Fiber protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,7877
ポリマ－96,3033
非ポリマー4844
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6400 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area24750 Å2
手法PISA
2
D: Fiber protein
E: Fiber protein
F: Fiber protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,0299
ポリマ－96,3033
非ポリマー7276
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7090 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area25450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.515, 63.236, 165.806
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.540, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Fiber protein / 繊維状タンパク質 / EDSV fiber


分子量: 32100.943 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Duck adenovirus 1 (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: S4TZM6, UniProt: O11424*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-GLN / GLUTAMINE / グルタミン / グルタミン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 146.144 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10N2O3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.92 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 0.2M Potassium sulfate, 15% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 285 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→30 Å / Num. obs: 57643 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 46.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.131 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.75-2.85.70.47328300.8990.2150.5210.96399.6
2.8-2.855.90.41428240.9310.1840.4540.97599.4
2.85-2.96.40.39928800.9440.1690.4340.99699.6
2.9-2.966.70.37428260.9560.1560.4060.95599.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
AMoRE位相決定
精密化解像度: 2.75→29.882 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.28
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2316 2902 5.08 %
Rwork0.1922 --
obs0.1943 57130 98.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 122.8 Å2 / Biso mean: 46.6149 Å2 / Biso min: 13.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.75→29.882 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9920 0 70 255 10245
Biso mean--64.16 41.91 -
残基数----1313
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00810272
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00314086
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551599
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071816
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4085866
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7377-2.78250.34121010.23362015211678
2.7825-2.83050.29281340.2242419255394
2.8305-2.88190.28721230.21962557268097
2.8819-2.93730.31211270.22782610273799
2.9373-2.99720.29751450.23482585273099
2.9972-3.06230.26021550.224725542709100
3.0623-3.13340.27161500.211726182768100
3.1334-3.21170.24161500.197225642714100
3.2117-3.29850.23181370.196626492786100
3.2985-3.39540.25711170.197325922709100
3.3954-3.50480.25721330.18842635276899
3.5048-3.62990.23491390.19092570270999
3.6299-3.77490.21551310.182126402771100
3.7749-3.94640.22571580.177726442802100
3.9464-4.15390.21440.169825802724100
4.1539-4.41340.15271380.156926372775100
4.4134-4.75290.20821330.158626382771100
4.7529-5.22890.1871600.161326252785100
5.2289-5.98030.23291490.186626492798100
5.9803-7.51470.26481290.209326912820100
7.5147-29.8840.24151490.231727562905100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る