PDB-6itx: Structure of the C-terminal head domain of the avian adenovirus E...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6itx

タイトル

Structure of the C-terminal head domain of the avian adenovirus EDSV fiber

要素

Fiber protein

キーワード

CELL ADHESION / avian adenovirus / fiber protein

機能・相同性

機能・相同性情報

adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / virion component / cell adhesion / symbiont entry into host cell / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Duck adenovirus 1 (ウイルス)

手法

X線回折 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Wei, Q. / Song, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2019
タイトル: Unravelling the receptor binding property of egg drop syndrome virus (EDSV) from the crystal structure of EDSV fiber head.
著者: Song, Y. / Wei, Q. / Liu, Y. / Feng, H. / Chen, Y. / Wang, Y. / Bai, Y. / Xing, G. / Deng, R. / Zhang, G.

履歴

登録	2018年11月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6itx.cif.gz	265.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6itx.ent.gz	211.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6itx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6itx_validation.pdf.gz	527.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6itx_full_validation.pdf.gz	545.7 KB	表示
XML形式データ	6itx_validation.xml.gz	49.2 KB	表示
CIF形式データ	6itx_validation.cif.gz	67.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/6itx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/6itx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6fjq-1 3vf2-d 1jw9-1 4i4j-2 3vf4-d 4n69-1 3rgn-d 3ver-d 4i4j-1 4n69-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Fiber protein

B: Fiber protein

D: Fiber protein

C: Fiber protein

E: Fiber protein

F: Fiber protein

ヘテロ分子

194 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fiber protein

B: Fiber protein

C: Fiber protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
96.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Fiber protein

E: Fiber protein

F: Fiber protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
97 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.515, 63.236, 165.806
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.540, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Fiber protein / EDSV fiber 分子量: 32100.943 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Duck adenovirus 1 (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: S4TZM6, UniProt: O11424*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GLN / GLUTAMINE / グルタミンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 146.144 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₀N₂O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.92 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 0.2M Potassium sulfate, 15% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 285 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 0.987 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.987 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.75→30 Å / Num. obs: 57643 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 46.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.121 / R_pim(I) all: 0.051 / R_rim(I) all: 0.131 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I): 5.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.75-2.8	5.7	0.473	2830	0.899	0.215	0.521	0.963	99.6
2.8-2.85	5.9	0.414	2824	0.931	0.184	0.454	0.975	99.4
2.85-2.9	6.4	0.399	2880	0.944	0.169	0.434	0.996	99.6
2.9-2.96	6.7	0.374	2826	0.956	0.156	0.406	0.955	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
AMoRE		位相決定

精密化

解像度: 2.75→29.882 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.28

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2316	2902	5.08 %
R_work	0.1922	-	-
obs	0.1943	57130	98.33 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 122.8 Å² / B_iso mean: 46.6149 Å² / B_iso min: 13.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.75→29.882 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9920	0	70	255	10245
B_iso mean	-	-	64.16	41.91	-
残基数	-	-	-	-	1313

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	10272
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.003	14086
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	1599
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1816
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.408	5866

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.7377-2.7825	0.3412	101	0.2336	2015	2116	78
2.7825-2.8305	0.2928	134	0.224	2419	2553	94
2.8305-2.8819	0.2872	123	0.2196	2557	2680	97
2.8819-2.9373	0.3121	127	0.2278	2610	2737	99
2.9373-2.9972	0.2975	145	0.2348	2585	2730	99
2.9972-3.0623	0.2602	155	0.2247	2554	2709	100
3.0623-3.1334	0.2716	150	0.2117	2618	2768	100
3.1334-3.2117	0.2416	150	0.1972	2564	2714	100
3.2117-3.2985	0.2318	137	0.1966	2649	2786	100
3.2985-3.3954	0.2571	117	0.1973	2592	2709	100
3.3954-3.5048	0.2572	133	0.1884	2635	2768	99
3.5048-3.6299	0.2349	139	0.1909	2570	2709	99
3.6299-3.7749	0.2155	131	0.1821	2640	2771	100
3.7749-3.9464	0.2257	158	0.1777	2644	2802	100
3.9464-4.1539	0.2	144	0.1698	2580	2724	100
4.1539-4.4134	0.1527	138	0.1569	2637	2775	100
4.4134-4.7529	0.2082	133	0.1586	2638	2771	100
4.7529-5.2289	0.187	160	0.1613	2625	2785	100
5.2289-5.9803	0.2329	149	0.1866	2649	2798	100
5.9803-7.5147	0.2648	129	0.2093	2691	2820	100
7.5147-29.884	0.2415	149	0.2317	2756	2905	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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