PDB-6its: The citrate-bound trimer of chemoreceptor MCP2201 ligand binding ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6its

タイトル

The citrate-bound trimer of chemoreceptor MCP2201 ligand binding domain

要素

Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer

キーワード

SIGNALING PROTEIN / methyl-accepting chemotaxis protein / four helix bundle / dicarboxylic organic acid binding

機能・相同性

機能・相同性情報

chemotaxis / transmembrane signaling receptor activity / signal transduction / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Comamonas testosteroni (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.501 Å

データ登録者

Hong, Y. / Li, D.F.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2019
タイトル: The ligand-binding domain of a chemoreceptor from Comamonas testosteroni has a previously unknown homotrimeric structure.
著者: Hong, Y. / Huang, Z. / Guo, L. / Ni, B. / Jiang, C.Y. / Li, X.J. / Hou, Y.J. / Yang, W.S. / Wang, D.C. / Zhulin, I.B. / Liu, S.J. / Li, D.F.

履歴

登録	2018年11月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年12月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月10日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年9月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6its.cif.gz	130.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6its.ent.gz	101.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6its.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6its_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6its_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6its_validation.xml.gz	14.3 KB	表示
CIF形式データ	6its_validation.cif.gz	18.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/6its ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/6its	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5xuaC 5xubSC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5xub-1 5xub-2 5nhk-d 3iml-2 4uxj-2 3l9d-d 4uxi-1 4uxj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (8) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer

B: Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer

ヘテロ分子

36.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer

ヘテロ分子

A: Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer

ヘテロ分子

A: Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization, analytical ultracentrifugation assay, cross-linking, TMEA crosslinking assay of full length of MCP2201 mutant F96C
55 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer

ヘテロ分子

B: Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer

ヘテロ分子

B: Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.860, 48.860, 376.152
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-411- HOH
2	1	A-424- HOH
3	1	A-426- HOH
4	1	B-414- HOH
5	1	B-425- HOH
6	1	B-428- HOH
7	1	B-430- HOH

#1: タンパク質	Methyl-accepting chemotaxis sensory transducer 分子量: 18138.564 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Comamonas testosteroni (strain CNB-2) (バクテリア) 株: CNB-2 / 遺伝子: CtCNB1_2201 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: D0IVL9
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.36 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4 詳細: 0.1 M SODIUM CITRATE PH 4.4, 14% PEG400, 13% ETHYLENE GLYCOL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97907 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97907 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→42.05 Å / Num. obs: 11135 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 32.6 Å² / CC_1/2: 0.987 / R_merge(I) obs: 0.126 / R_pim(I) all: 0.075 / R_rim(I) all: 0.148 / Net I/σ(I): 6.6
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.557 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1226 / CC_1/2: 0.762 / R_pim(I) all: 0.353 / R_rim(I) all: 0.663 / % possible all: 92.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5XUB

5xub

解像度: 2.501→42.049 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 25.59

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2446	1085	10.11 %	Random
R_work	0.1843	-	-	-
obs	0.1902	10730	92.28 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.501→42.049 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2231	0	26	60	2317

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2273
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.019	3077
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	27.154	865
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	375
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	397

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5006-2.6144	0.2866	125	0.2371	1111	X-RAY DIFFRACTION	85
2.6144-2.7522	0.2621	121	0.2125	1100	X-RAY DIFFRACTION	83
2.7522-2.9246	0.2738	128	0.2085	1136	X-RAY DIFFRACTION	88
2.9246-3.1504	0.3036	130	0.2072	1171	X-RAY DIFFRACTION	90
3.1504-3.4673	0.2284	145	0.193	1243	X-RAY DIFFRACTION	96
3.4673-3.9687	0.2341	144	0.1671	1275	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9687-4.9988	0.2044	143	0.1511	1316	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9988-42.0545	0.2554	149	0.1923	1293	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5722	0.4724	1.7326	3.1715	2.8109	5.2571	-0.2877	0.6999	-0.0189	-0.6119	0.3388	-0.1342	-0.2608	1.4349	-0.2798	0.3673	-0.0524	0.0189	0.5669	-0.0543	0.5964	-10.5018	23.4907	-35.4238
2	3.441	-0.1525	1.0493	2.454	0.4986	8.2491	-0.3808	0.2778	0.8961	-0.4862	-0.1872	-0.3383	-0.4898	0.2088	0.5005	0.3561	-0.0125	-0.0563	0.2888	0.0955	0.5746	-7.3123	34.4101	-26.4909
3	2.4994	0.1969	3.0706	2.2766	2.0177	6.3859	-0.7202	0.1036	1.1585	-0.5168	-0.287	0.5073	-1.0541	-0.0456	0.5838	0.3716	-0.0165	-0.074	0.3361	-0.0142	0.586	-19.8209	33.5397	-29.5805
4	7.3973	4.1073	6.0261	5.3472	4.9682	9.4997	-0.3032	-0.6097	0.5416	0.8153	-0.0958	0.4248	-0.0507	-0.8748	0.7546	0.3579	0.0813	-0.0576	0.5767	-0.1777	0.5873	-18.4125	34.1076	-9.8192
5	4.2518	0.0023	1.043	5.2582	2.3124	7.1201	0.223	0.6178	-0.134	-0.9076	-0.3027	-0.2517	0.5327	-0.1249	0.0819	0.3937	0.0668	0.0626	0.2897	0.0786	0.3178	-18.885	18.9735	-40.1986
6	1.3529	-1.2509	-2.2017	3.041	3.1657	4.241	1.6215	0.1242	-0.9098	0.1548	0.081	0.2846	-0.3256	-0.8944	-0.6615	1.237	-0.0763	-0.0318	1.3324	0.1342	0.9778	3.6726	40.1544	50.5443
7	1.3159	1.9955	3.3921	2.0173	4.9954	8.2144	0.2968	0.017	-0.3677	0.7374	0.0115	-0.122	1.5903	0.9716	-0.5925	0.3827	0.0535	-0.0306	0.2858	-0.0198	0.4839	-2.9448	39.4235	26.1646
8	2.9234	0.4276	1.8389	5.0715	3.1899	3.1268	-0.1628	-0.207	-0.6117	0.4577	-0.3861	0.193	0.7149	-0.1342	0.6575	0.3204	-0.0348	0.016	0.2323	0.0462	0.4473	-9.001	31.8322	23.2021
9	2.9597	3.2692	2.4992	7.1239	8.2965	7.0694	0.1489	-0.2721	-0.0313	0.536	-0.5945	0.7082	0.6345	-1.0651	0.7476	0.3716	0.021	0.0174	0.2981	-0.0659	0.4818	-14.53	43.0497	25.6673
10	5.8468	2.1063	3.4283	8.328	4.2911	9.7313	0.0072	0.7465	-0.5174	-1.0627	-0.8406	1.075	-0.304	-0.9858	0.815	0.4414	0.1067	-0.1364	0.4482	-0.1653	0.5192	-14.7765	40.2332	5.72
11	5.0149	0.2033	2.5934	4.5115	2.1649	6.5659	-0.2759	-0.7384	0.1246	0.7404	-0.1118	0.0411	-0.1628	0.5102	0.2452	0.4014	-0.0057	0.0373	0.4222	0.0691	0.2969	-1.4142	49.1236	36.2702

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 53 through 87 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 88 through 117 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 118 through 151 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 152 through 164 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 165 through 199 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 54 through 59 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 60 through 87 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 88 through 118 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 119 through 150 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 151 through 164 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 165 through 199 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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