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- PDB-6itj: Crystal structure of FGFR1 kinase domain in complex with compound 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6itj
タイトルCrystal structure of FGFR1 kinase domain in complex with compound 3
要素Fibroblast growth factor receptor 1
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / protein kinase / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by FGFR1 amplification mutants / negative regulation of fibroblast growth factor production / positive regulation of mitotic cell cycle DNA replication / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Signaling by plasma membrane FGFR1 fusions / diphosphate metabolic process / regulation of phosphate transport / regulation of lateral mesodermal cell fate specification / FGFR1c and Klotho ligand binding and activation / vitamin D3 metabolic process ...Signaling by FGFR1 amplification mutants / negative regulation of fibroblast growth factor production / positive regulation of mitotic cell cycle DNA replication / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Signaling by plasma membrane FGFR1 fusions / diphosphate metabolic process / regulation of phosphate transport / regulation of lateral mesodermal cell fate specification / FGFR1c and Klotho ligand binding and activation / vitamin D3 metabolic process / cementum mineralization / positive regulation of MAPKKK cascade by fibroblast growth factor receptor signaling pathway / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / receptor-receptor interaction / response to sodium phosphate / auditory receptor cell development / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in orbitofrontal cortex development / ventricular zone neuroblast division / Epithelial-Mesenchymal Transition (EMT) during gastrulation / chordate embryonic development / positive regulation of parathyroid hormone secretion / mesenchymal cell proliferation / paraxial mesoderm development / regulation of postsynaptic density assembly / FGFR1b ligand binding and activation / Signaling by activated point mutants of FGFR1 / FGFR1c ligand binding and activation / organ induction / Downstream signaling of activated FGFR1 / branching involved in salivary gland morphogenesis / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / positive regulation of phospholipase activity / lung-associated mesenchyme development / cell projection assembly / outer ear morphogenesis / embryonic limb morphogenesis / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / skeletal system morphogenesis / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / middle ear morphogenesis / ureteric bud development / cardiac muscle cell proliferation / inner ear morphogenesis / phosphatidylinositol-mediated signaling / PI-3K cascade:FGFR1 / midbrain development / positive regulation of stem cell proliferation / Formation of paraxial mesoderm / fibroblast growth factor binding / regulation of cell differentiation / PI3K Cascade / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / epithelial to mesenchymal transition / chondrocyte differentiation / calcium ion homeostasis / SHC-mediated cascade:FGFR1 / cell maturation / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / FRS-mediated FGFR1 signaling / Signaling by FGFR1 in disease / NCAM signaling for neurite out-growth / positive regulation of MAP kinase activity / positive regulation of neuron differentiation / SH2 domain binding / Signal transduction by L1 / stem cell proliferation / skeletal system development / positive regulation of cell differentiation / stem cell differentiation / sensory perception of sound / Negative regulation of FGFR1 signaling / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of neuron projection development / neuron migration / neuron projection development / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / MAPK cascade / cell migration / PIP3 activates AKT signaling / heparin binding
類似検索 - 分子機能
Fibroblast growth factor receptor 1, catalytic domain / Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...Fibroblast growth factor receptor 1, catalytic domain / Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Immunoglobulin-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AXU / Fibroblast growth factor receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.994 Å
データ登録者Xu, Y. / Liu, Q.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Discovery and Development of a Series of Pyrazolo[3,4-d]pyridazinone Compounds as the Novel Covalent Fibroblast Growth Factor Receptor Inhibitors by the Rational Drug Design.
著者: Wang, Y. / Dai, Y. / Wu, X. / Li, F. / Liu, B. / Li, C. / Liu, Q. / Zhou, Y. / Wang, B. / Zhu, M. / Cui, R. / Tan, X. / Xiong, Z. / Liu, J. / Tan, M. / Xu, Y. / Geng, M. / Jiang, H. / Liu, H. / Ai, J. / Zheng, M.
履歴
登録2018年11月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibroblast growth factor receptor 1
B: Fibroblast growth factor receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,8994
ポリマ－70,1572
非ポリマー7432
水4,288238
1
A: Fibroblast growth factor receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4502
ポリマ－35,0781
非ポリマー3711
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Fibroblast growth factor receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4502
ポリマ－35,0781
非ポリマー3711
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)209.628, 58.603, 65.709
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.490, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Fibroblast growth factor receptor 1 / FGFR-1 / Basic fibroblast growth factor receptor 1 / bFGF-R-1


分子量: 35078.285 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 458-765 / 変異: C488A, C584S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGFR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11362, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-AXU / 4-azanyl-3-(3,5-dimethyl-1-benzofuran-2-yl)-2-phenyl-6~{H}-pyrazolo[3,4-d]pyridazin-7-one


分子量: 371.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H17N5O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.17 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 0.3M (NH4)2SO4, 15-20% PEG10000, 5% EG

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 51283 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 25.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 0.869 / Net I/σ(I): 6 / Num. measured all: 175256
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2-2.033.50.6625320.8190.4150.7810.80297.6
2.03-2.073.50.60324810.8230.3750.7120.80997.5
2.07-2.113.50.48925260.8980.3040.5770.80997.5
2.11-2.153.50.43425370.8950.2710.5130.82198.1
2.15-2.23.50.39825400.9270.2490.4710.83898.3
2.2-2.253.40.34525360.8860.2170.4090.98498.3
2.25-2.313.40.32725030.9170.2090.3890.97798.4
2.31-2.373.10.22225800.9570.1490.2680.93998.7
2.37-2.443.20.18625640.9650.1220.2240.94398.6
2.44-2.523.40.16525360.9730.1040.1950.96898.8
2.52-2.613.60.15125490.9720.0930.1780.99398.8
2.61-2.713.60.12525580.9790.0780.1480.9399
2.71-2.843.50.10725890.9820.0670.1270.97199.1
2.84-2.993.50.0925680.9860.0570.1070.93199
2.99-3.173.40.07725650.9880.0490.0920.88899.2
3.17-3.423.10.06426010.9890.0440.0780.91999.3
3.42-3.763.30.0625900.9920.0380.0710.97299.5
3.76-4.313.60.0526150.9930.0310.0590.77899.5
4.31-5.433.40.04626230.9930.0290.0550.65799.4
5.43-503.30.03926900.9950.0250.0470.47199.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.98 Å40.2 Å
Translation6.98 Å40.2 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZSA

4zsa


解像度: 1.994→40.202 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2437 2316 5.15 %
Rwork0.1992 42695 -
obs0.2014 45011 86.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 77.76 Å2 / Biso mean: 29.8482 Å2 / Biso min: 11.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.994→40.202 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4552 0 56 238 4846
Biso mean--25.31 30.61 -
残基数----583
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074712
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9356384
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054698
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006812
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.0853396
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9936-2.03420.2843710.24891504157552
2.0342-2.07850.3121090.22831739184861
2.0785-2.12680.25481020.22291927202966
2.1268-2.180.2861940.22612018211270
2.18-2.23890.28391110.23662086219772
2.2389-2.30480.27431370.24332193233077
2.3048-2.37920.27161400.21772508264886
2.3792-2.46420.30251360.21732595273190
2.4642-2.56290.24891600.21992847300798
2.5629-2.67950.27721520.22312887303999
2.6795-2.82070.26481670.21942851301899
2.8207-2.99740.24471630.22292880304399
2.9974-3.22870.24611690.21722886305599
3.2287-3.55350.22871440.19892898304299
3.5535-4.06730.22761520.17112935308799
4.0673-5.12270.20831650.15472926309199
5.1227-40.20970.2141440.1823015315999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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