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万見
- PDB-6ith: Structure of the transmembrane domain of syndecan 2 in micelles -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ith
タイトルStructure of the transmembrane domain of syndecan 2 in micelles
要素Syndecan-2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / DPC / micelles
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective B3GALT6 causes EDSP2 and SEMDJL1 / Defective B4GALT7 causes EDS, progeroid type / Defective B3GAT3 causes JDSSDHD / Defective EXT2 causes exostoses 2 / Defective EXT1 causes exostoses 1, TRPS2 and CHDS / A tetrasaccharide linker sequence is required for GAG synthesis / HS-GAG biosynthesis / HS-GAG degradation / dendrite morphogenesis / regulation of dendrite morphogenesis ...Defective B3GALT6 causes EDSP2 and SEMDJL1 / Defective B4GALT7 causes EDS, progeroid type / Defective B3GAT3 causes JDSSDHD / Defective EXT2 causes exostoses 2 / Defective EXT1 causes exostoses 1, TRPS2 and CHDS / A tetrasaccharide linker sequence is required for GAG synthesis / HS-GAG biosynthesis / HS-GAG degradation / dendrite morphogenesis / regulation of dendrite morphogenesis / Syndecan interactions / RSV-host interactions / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / Retinoid metabolism and transport / EPHB-mediated forward signaling / lysosomal lumen / PDZ domain binding / Cell surface interactions at the vascular wall / Post-translational protein phosphorylation / Golgi lumen / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cell migration / : / Attachment and Entry / endoplasmic reticulum lumen / cell surface / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Syndecan / Syndecan, conserved site / Syndecans signature. / Syndecan/Neurexin domain / Syndecan domain / Neurexin/syndecan/glycophorin C / putative band 4.1 homologues' binding motif
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Li, Q. / Ng, H.Q. / Kang, C.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2019
タイトル: Secondary structure and topology of the transmembrane domain of Syndecan-2 in detergent micelles.
著者: Li, Q. / Ng, H.Q. / Kang, C.
履歴
登録2018年11月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Syndecan-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,7161
ポリマ－4,7161
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area3850 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Syndecan-2 / SYND2 / Fibroglycan / Heparan sulfate proteoglycan core protein / HSPG


分子量: 4715.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SDC2, HSPG1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P34741

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic2NOESY
121isotropic23D HN(CA)CB
131isotropic22D 1H-15N HSQC
141isotropic12D 1H-15N HSQC
151isotropic23D HNCO
161isotropic2HN(CO)CACB
171isotropic23D HNCA
181isotropic23D HBHA(CO)NH
192isotropic12D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
micelle120 mM sodium phosphate, 5 % w/v DPC, 1 mM DTT, 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SCN2, 90% H2O/10% D2O20 mM Sodium phosphate, pH6.5, 5% DPC and 1 mM DTT.13C15N90% H2O/10% D2O
micelle220 mM sodium phosphate, 5 % DPC, 1 mM DTT, 0.5 mM [U-99% 15N] SCN2, 100% D2O20 mM Sodium phosphate, pH6.5, 5% DPC and 1 mM DTT in D2O.15N100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
5 % w/vDPCnatural abundance1
1 mMDTTnatural abundance1
0.5 mMSCN2[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMsodium phosphatenatural abundance2
5 %DPCnatural abundance2
1 mMDTTnatural abundance2
0.5 mMSCN2[U-99% 15N]2
試料状態詳細: 0.5 mM in 20 mM Sodium phosphate, pH6.5, 5% DPC and 1 mM DTT.
イオン強度: 20 mM / Ionic strength err: 0.2 / Label: 13C15N / pH: 6.5 / PH err: 0.1 / 圧: AMBIENT atm / 温度: 313 K / Temperature err: 0.1

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
NMRView3.97Johnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
AUREMOLBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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