PDB-6ite: Crystal structure of group A Streptococcal surface dehydrogenase (SDH)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ite

タイトル

Crystal structure of group A Streptococcal surface dehydrogenase (SDH)

要素

Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / dehydrogenase / glycolysis / Streptococcus pyogenes

機能・相同性

機能・相同性情報

NADH regeneration / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / protease binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.739 Å

データ登録者

Yuan, C. / Li, R. / Huang, M.D.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2019
タイトル: Structural determination of group A Streptococcal surface dehydrogenase and characterization of its interaction with urokinase-type plasminogen activator receptor.
著者: Li, R. / Liang, C. / Jiang, L. / Yuan, C. / Huang, M.

履歴

登録	2018年11月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ite.cif.gz	545.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ite.ent.gz	450.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ite.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ite_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ite_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	6ite_validation.xml.gz	61.3 KB	表示
CIF形式データ	6ite_validation.cif.gz	88.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/6ite ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/6ite	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3lvfS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3b20-1 3b20-2 3doc-d 2d2i-2 3l0d-2 2d2i-1 1nbo-1 1rm3-1 3k2b-1 1jn0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (10)

登録構造単位

P: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

Q: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

R: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

O: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

151 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	135.427, 82.781, 148.921
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.05, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	P-669- HOH

#1: タンパク質	Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase / GAPDH / NAD-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase / Plasmin receptor / Plasminogen- ...GAPDH / NAD-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase / Plasmin receptor / Plasminogen-binding protein 分子量: 36827.516 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) 遺伝子: gap, gapA, plr / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0C0G6, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating)
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.61 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: ammonium sulfate, Tris-HCl pH 7.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.739→44.58 Å / Num. obs: 164661 / % possible obs: 99.69 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 34.7
反射シェル	解像度: 1.74→1.8 Å / R_merge(I) obs: 0.405 / Num. unique obs: 16379

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
Blu-Ice		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
Coot		モデル構築
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3LVF

3lvf

解像度: 1.739→44.58 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1812	8269	5.02 %
R_work	0.142	-	-
obs	0.1439	164636	99.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.739→44.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10184	0	206	1100	11490

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	10591
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.814	14398
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.468	7936
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	1671
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1857

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7386-1.7584	0.2457	283	0.1943	5053	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7584-1.7791	0.2578	277	0.1813	5122	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7791-1.8007	0.2179	289	0.1693	5258	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8007-1.8235	0.2273	247	0.1734	5143	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8235-1.8475	0.2364	274	0.1643	5276	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8475-1.8728	0.2067	271	0.1484	5152	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8728-1.8996	0.1978	296	0.1393	5155	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8996-1.928	0.2099	270	0.1397	5234	X-RAY DIFFRACTION	100
1.928-1.9581	0.168	273	0.1383	5180	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9581-1.9902	0.1854	248	0.1408	5263	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9902-2.0245	0.1988	273	0.1458	5188	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0245-2.0613	0.196	282	0.1351	5164	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0613-2.101	0.1812	264	0.1338	5261	X-RAY DIFFRACTION	100
2.101-2.1438	0.1885	288	0.1348	5243	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1438-2.1905	0.1924	275	0.1324	5161	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1905-2.2414	0.185	269	0.1284	5218	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2414-2.2975	0.1817	290	0.1261	5226	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2975-2.3596	0.1794	303	0.1295	5169	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3596-2.429	0.1848	265	0.1337	5232	X-RAY DIFFRACTION	100
2.429-2.5074	0.1872	292	0.1373	5212	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5074-2.597	0.1993	255	0.1494	5240	X-RAY DIFFRACTION	100
2.597-2.701	0.1851	281	0.1449	5208	X-RAY DIFFRACTION	100
2.701-2.8239	0.1887	299	0.1435	5241	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8239-2.9727	0.1946	273	0.1509	5223	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9727-3.1589	0.1729	264	0.1507	5268	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1589-3.4028	0.1679	295	0.1432	5223	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4028-3.745	0.1648	252	0.1402	5260	X-RAY DIFFRACTION	100
3.745-4.2866	0.1666	271	0.1274	5264	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2866-5.3992	0.1476	265	0.127	5271	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3992-44.5944	0.1903	285	0.1664	5259	X-RAY DIFFRACTION	97

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)