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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6isk | ||||||
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タイトル | SnoaL-like cyclase XimE | ||||||
要素 | XimE, SnoaL-like domain protein | ||||||
キーワード | LYASE / Snoal-like cyclase | ||||||
機能・相同性 | SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / NTF2-like domain superfamily / MALONIC ACID / XimE 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces xiamenensis 318 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.77 Å | ||||||
データ登録者 | He, B. / Zhou, T. / Bu, X. / Weng, J. / Xu, J. / Lin, S. / Zheng, J. / Zhao, Y. / Xu, M. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2019 タイトル: Enzymatic Pyran Formation Involved in Xiamenmycin Biosynthesis 著者: He, B. / Zhou, T. / Bu, X. / Weng, J. / Xu, J. / Lin, S. / Zheng, J. / Zhao, Y. / Xu, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6isk.cif.gz | 62 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6isk.ent.gz | 44.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6isk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6isk_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6isk_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6isk_validation.xml.gz | 11.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6isk_validation.cif.gz | 14.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/6isk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/6isk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17205.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces xiamenensis 318 (バクテリア) 遺伝子: ximE / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: U5Q2N8, 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.32 % / 解説: Starked layers of thin slices. |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 0.2M malonic acid, 22% PEG 3350, pH 4.0 / PH範囲: 3.8-4.5 / Temp details: 293 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100 / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9778 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9778 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.77→59 Å / Num. obs: 25607 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 15.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.77→1.8 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.438 / % possible all: 83 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.77→58.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 2.763 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.122 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 74.7 Å2 / Biso mean: 23.098 Å2 / Biso min: 9.31 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.77→58.82 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.766→1.812 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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