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- PDB-6iru: Crystal structure of Peptidase E from Deinococcus radiodurans in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iru
タイトルCrystal structure of Peptidase E from Deinococcus radiodurans in P6422 space group
要素peptidase DR_1070
キーワードHYDROLASE / S51 peptidase / peptidase E / dimer / active site / esterase
機能・相同性Peptidase S51 / Peptidase family S51 / Class I glutamine amidotransferase-like / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / proteolysis / Uncharacterized peptidase DR_1070
機能・相同性情報
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Yadav, P. / Chandravanshi, K. / Kumar, A. / Makde, R.D.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2019
タイトル: Catalytic triad heterogeneity in S51 peptidase family: Structural basis for functional variability.
著者: Yadav, P. / Goyal, V.D. / Chandravanshi, K. / Kumar, A. / Gokhale, S.M. / Jamdar, S.N. / Makde, R.D.
履歴
登録2018年11月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: peptidase DR_1070
B: peptidase DR_1070
C: peptidase DR_1070


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1893
ポリマ－68,1893
非ポリマー00
水1448
1
A: peptidase DR_1070

A: peptidase DR_1070


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4602
ポリマ－45,4602
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z1
Buried area1910 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area15630 Å2
手法PISA
2
B: peptidase DR_1070
C: peptidase DR_1070


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4602
ポリマ－45,4602
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area15430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)166.745, 166.745, 100.903
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 peptidase DR_1070


分子量: 22729.799 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422
遺伝子: DR_1070 / プラスミド: pet28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: UniProt: Q9RVF9, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / Density meas: 54.32 Mg/m3 / 溶媒含有率: 58.57 % / 解説: hexagonal shape (200-250 micron)
結晶化温度: 294 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M Bis-tris pH 6.5, 25 % PEG3350 / PH範囲: 5.5-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年9月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→48.14 Å / Num. obs: 23227 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.5 % / Biso Wilson estimate: 58.8 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 23.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.83 Å / 冗長度: 14.9 % / Rmerge(I) obs: 1.147 / Num. unique obs: 3029 / CC1/2: 0.909 / Rpim(I) all: 0.297 / Rrim(I) all: 1.186 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
Cootモデル構築
PHASER位相決定
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
MAR345dtbデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6A4T

6a4t


解像度: 2.7→16.026 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.68
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2554 1157 5.02 %random selection
Rwork0.214 ---
obs0.2161 23053 99.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→16.026 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4398 0 0 8 4406
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064481
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.876140
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.0252649
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055751
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007795
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7001-2.82230.33861530.29482673X-RAY DIFFRACTION100
2.8223-2.97030.31841480.27362670X-RAY DIFFRACTION100
2.9703-3.1550.31321210.26522721X-RAY DIFFRACTION100
3.155-3.39650.32111490.2612698X-RAY DIFFRACTION100
3.3965-3.73440.26341390.23682724X-RAY DIFFRACTION100
3.7344-4.26580.24351340.19132744X-RAY DIFFRACTION100
4.2658-5.34120.21851500.17552775X-RAY DIFFRACTION100
5.3412-16.02630.2261630.19472891X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.4828 Å / Origin y: -67.2766 Å / Origin z: 11.1551 Å
111213212223313233
T0.3885 Å2-0.0733 Å2-0.0259 Å2-0.601 Å2-0.0389 Å2--0.4079 Å2
L1.3427 °2-0.438 °20.1413 °2-0.4039 °2-0.149 °2--0.7784 °2
S-0.1605 Å °-0.1169 Å °0.0444 Å °0.0843 Å °0.0713 Å °0.1016 Å °-0.0778 Å °-0.3418 Å °0.0908 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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