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- PDB-6irl: Crystal structure of 8-mer peptide from avian influenza H5N1 viru... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6irl
タイトルCrystal structure of 8-mer peptide from avian influenza H5N1 virus in complex with BF2*1501
要素
  • ARG-ARG-GLU-VAL-HIS-THR-TYR-TYR
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I molecule
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC class I / Chicken / Avian influenza virus / H5N1 / epitope / 8-mer
機能・相同性
機能・相同性情報


ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib ...ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / protein homotetramerization / endonuclease activity / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / learning or memory / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / viral RNA genome replication / signaling receptor binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular space / extracellular region / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like ...Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / : / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / Polymerase acidic protein / MHC class I
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Xiao, L. / Zhang, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31572493 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structures of the MHC-I molecule BF2*1501 disclose the preferred presentation of an H5N1 virus-derived epitope.
著者: Li, X. / Zhang, L. / Liu, Y. / Ma, L. / Zhang, N. / Xia, C.
履歴
登録2018年11月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I molecule
B: Beta-2-microglobulin
C: ARG-ARG-GLU-VAL-HIS-THR-TYR-TYR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6613
ポリマ－43,6613
非ポリマー00
水7,134396
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5070 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area18370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.103, 75.009, 101.896
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 MHC class I molecule


分子量: 31065.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: BF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9GIP6
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11469.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21611
#3: タンパク質・ペプチド ARG-ARG-GLU-VAL-HIS-THR-TYR-TYR / RNA-directed RNA polymerase subunit P2


分子量: 1126.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: Q809J3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.33 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M BIS-TRIS pH6.5, 0.2M Sodium chloride, 1.5M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: Nonius Kappa CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.6 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 20.072
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.343 / Mean I/σ(I) obs: 6.477 / Num. unique obs: 165438 / Rsym value: 0.343 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.5_2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4E0R

4e0r


解像度: 2.1→25.176 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.13 / 位相誤差: 18.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2171 1079 5.08 %random
Rwork0.1865 ---
obs0.188 21224 97.62 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.281 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.8532 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.9852 Å20 Å2
3----0.868 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→25.176 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3053 0 0 396 3449
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0143143
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2344271
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.291115
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.109434
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005565
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1002-2.19570.24051260.19612392X-RAY DIFFRACTION94
2.1957-2.31140.22811360.19882446X-RAY DIFFRACTION97
2.3114-2.45610.2561340.20122468X-RAY DIFFRACTION97
2.4561-2.64550.20071440.2052471X-RAY DIFFRACTION98
2.6455-2.91140.27211130.20622525X-RAY DIFFRACTION98
2.9114-3.33190.2071520.19012534X-RAY DIFFRACTION99
3.3319-4.19460.19021440.15292591X-RAY DIFFRACTION99
4.1946-25.17740.20691300.1822718X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -14.5976 Å / Origin y: 1.8761 Å / Origin z: -3.6307 Å
111213212223313233
T0.0097 Å20.001 Å20.0034 Å2-0.0025 Å20.0021 Å2--0.018 Å2
L0.2189 °2-0.0132 °20.1123 °2-0.1446 °2-0.0138 °2--0.3831 °2
S0.0005 Å °0.0038 Å °-0.0072 Å °0.0061 Å °-0.0141 Å °0.0083 Å °0.008 Å °-0.0075 Å °0.0116 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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