PDB-6irj: Crystal structure of lysozyme by fixed-target serial femtosecond ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6irj

タイトル

Crystal structure of lysozyme by fixed-target serial femtosecond crystallography

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / SFX / serial femtosecond crystallography

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Nam, K.H.

資金援助

韓国, 2件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Nylon mesh-based sample holder for fixed-target serial femtosecond crystallography.
著者: Lee, D. / Baek, S. / Park, J. / Lee, K. / Kim, J. / Lee, S.J. / Chung, W.K. / Lee, J.L. / Cho, Y. / Nam, K.H.

履歴

登録	2018年11月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月26日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2019年8月28日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_R_split
改定 1.3	2019年9月18日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.pdbx_R_split
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_related_exp_data_set / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.5	2023年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.6	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6irj.cif.gz	62.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6irj.ent.gz	44.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6irj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6irj_validation.pdf.gz	422.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6irj_full_validation.pdf.gz	423.7 KB	表示
XML形式データ	6irj_validation.xml.gz	7.5 KB	表示
CIF形式データ	6irj_validation.cif.gz	9.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/6irj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/6irj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6irkC 6ig6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5fek-d 6agr-d 6ll3-d 3wun-d 7cdn-d 7cdo-d 6rnc-d 3lym-d 6lt5-d 3wul-d 4gce-d 1lkr-1 7c09-d 6kcb-d 1fly-d 1ir7-d 7cvj-d 3wxu-d 1dpx-d 6jzi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.11577/1511589 / データの種類: diffraction image data
実験データセット #2	データ参照: 10.11577/1511590 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

14.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, This protein has been characterized the oligomeric state by using the gel filtration chromatography

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.220, 78.220, 37.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-327- HOH
2	1	A-342- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme C 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 19-147 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: LYZ / 発現宿主: Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.96 %
結晶化	温度: 293.5 K / 手法: small tubes / pH: 4.5 / 詳細: sodium acetate, PEG 8000, NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 296 K / Ambient temp details: room temperature / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: PAL-XFEL / ビームライン: CSI / 波長: 1.2782 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月29日 / Frequency: 30 / 詳細: KB mirror
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2782 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→80 Å / Num. obs: 29127 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4660.8 % / CC_1/2: 0.985 / R split: 0.1028 / Net I/σ(I): 6.61
反射シェル	解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 962.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.36 / Num. unique obs: 2861 / CC_1/2: 0.37 / R split: 0.7873 / % possible all: 100
Serial crystallography measurement	Collection time total: 1.2 hours / Collimation: Kirkpatrick-Baez mirrors / Focal spot size: 4 µm² / Pulse duration: 20 fsec. / Pulse photon energy: 9700 keV / XFEL pulse repetition rate: 30 Hz
Serial crystallography sample delivery	解説: fixed target / 手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed target	Sample dehydration prevention: seal / Sample holding: mesh / Sample unit size: 30 µm
Serial crystallography data reduction	Frame hits: 118985 / Frames total: 133107 / XFEL pulse events: 10000 / XFEL run numbers: 14

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
CrystFEL		データ削減
CrystFEL		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6IG6

6ig6

解像度: 1.65→55.31 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.26

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2286	2557	9.49 %
R_work	0.2046	-	-
obs	0.2069	26937	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 145.25 Å² / B_iso mean: 44.4569 Å² / B_iso min: 27.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.65→55.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	3	42	1046
B_iso mean	-	-	41.45	45.74	-
残基数	-	-	-	-	129

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 18 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.65-1.6817	0.339	138	0.3176	1340	1478
1.6817-1.7161	0.2924	146	0.2784	1380	1526
1.7161-1.7534	0.2954	140	0.2655	1336	1476
1.7534-1.7942	0.4543	139	0.3832	1350	1489
1.7942-1.839	0.4149	145	0.3197	1361	1506
1.839-1.8888	0.2537	147	0.2465	1374	1521
1.8888-1.9444	0.238	136	0.163	1344	1480
1.9444-2.0071	0.1738	140	0.1598	1357	1497
2.0071-2.0789	0.2339	141	0.1683	1344	1485
2.0789-2.1621	0.2022	141	0.1614	1366	1507
2.1621-2.2605	0.2049	142	0.1692	1345	1487
2.2605-2.3797	0.1436	144	0.1639	1357	1501
2.3797-2.5288	0.2319	144	0.1757	1363	1507
2.5288-2.724	0.1995	146	0.189	1347	1493
2.724-2.9981	0.2378	140	0.2104	1348	1488
2.9981-3.4319	0.2312	145	0.2094	1363	1508
3.4319-4.3236	0.2114	143	0.2171	1355	1498
4.3236-55.341	0.2676	140	0.2291	1350	1490

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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