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- PDB-6ire: Complex structure of INAD PDZ45 and NORPA CC-PBM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ire
タイトルComplex structure of INAD PDZ45 and NORPA CC-PBM
要素
  • 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase
  • Inactivation-no-after-potential D protein
キーワードHYDROLASE/PROTEIN BINDING / drosophila / visual signaling / PDZ supramodule / phosphlipase C beta / HYDROLASE-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


PLC beta mediated events / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / phospholipase C-activating opsin-mediated signaling pathway / G alpha (q) signalling events / myosin III binding / detection of light stimulus involved in sensory perception / inaD signaling complex / negative regulation of compound eye retinal cell programmed cell death / diacylglycerol biosynthetic process / negative regulation of opsin-mediated signaling pathway ...PLC beta mediated events / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / phospholipase C-activating opsin-mediated signaling pathway / G alpha (q) signalling events / myosin III binding / detection of light stimulus involved in sensory perception / inaD signaling complex / negative regulation of compound eye retinal cell programmed cell death / diacylglycerol biosynthetic process / negative regulation of opsin-mediated signaling pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / rhabdomere / positive regulation of clathrin-dependent endocytosis / mucosal immune response / phosphoinositide phospholipase C / cellular response to light stimulus / phosphatidylinositol metabolic process / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / entrainment of circadian clock / thermotaxis / phospholipid biosynthetic process / phospholipase C activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity / photoreceptor cell maintenance / phosphatidylinositol-mediated signaling / entrainment of circadian clock by photoperiod / myosin binding / photoreceptor activity / phototransduction / lipid catabolic process / phospholipid metabolic process / release of sequestered calcium ion into cytosol / visual perception / GTPase activator activity / adult locomotory behavior / calcium-mediated signaling / sensory perception of sound / circadian rhythm / intracellular protein localization / signaling receptor complex adaptor activity / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / calmodulin binding / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Phospholipase C Beta; Chain: A / Phospholipase C beta, distal C-terminal domain / : / PLC-beta, PH domain / Phospholipase C-beta, C-terminal domain superfamily / : / PH domain / Phosphoinositide phospholipase C beta1-4-like EF-hand domain / Phosphatidylinositol-4, 5-bisphosphate phosphodiesterase beta / : ...Phospholipase C Beta; Chain: A / Phospholipase C beta, distal C-terminal domain / : / PLC-beta, PH domain / Phospholipase C-beta, C-terminal domain superfamily / : / PH domain / Phosphoinositide phospholipase C beta1-4-like EF-hand domain / Phosphatidylinositol-4, 5-bisphosphate phosphodiesterase beta / : / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase Y-box domain profile. / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain Y / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain X / Phosphatidylinositol-specific phospholipase X-box domain profile. / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / PDZ domain / Pdz3 Domain / C2 domain superfamily / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / EF-hand domain pair / Roll / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase / Inactivation-no-after-potential D protein
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Ye, F. / Li, J. / Deng, X. / Liu, W. / Zhang, M.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: An unexpected INAD PDZ tandem-mediated plc beta binding in Drosophila photo receptors.
著者: Ye, F. / Huang, Y. / Li, J. / Ma, Y. / Xie, C. / Liu, Z. / Deng, X. / Wan, J. / Xue, T. / Liu, W. / Zhang, M.
履歴
登録2018年11月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase
B: Inactivation-no-after-potential D protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3902
ポリマ－48,3902
非ポリマー00
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area21430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.946, 157.213, 60.986
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase / 1-phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate phosphodiesterase beta / No receptor potential A protein ...1-phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate phosphodiesterase beta / No receptor potential A protein / Phosphoinositide phospholipase C / Phosphoinositide phospholipase C-beta


分子量: 27058.801 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal CC-PBM / 変異: K880A,K884A,K887A,K888A,K891A,K898A,K899A,K902A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: norpA, PLC-beta, CG3620 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P13217, phosphoinositide phospholipase C
#2: タンパク質 Inactivation-no-after-potential D protein


分子量: 21330.846 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ45 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: inaD, CG3504 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q24008
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化温度: 289 K / 手法: liquid diffusion
詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M TRIS pH 6.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→50 Å / Num. obs: 9527 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 1.478 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 56563
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.25-3.315.90.8544750.6220.3810.9371.458100
3.31-3.375.90.7014740.6780.3140.7691.503100
3.37-3.4360.5124850.7510.2280.5611.492100
3.43-3.55.90.4384430.830.1960.4811.574100
3.5-3.585.80.3884740.8770.1750.4271.546100
3.58-3.665.80.3244720.9190.1470.3571.5399.8
3.66-3.755.70.2984630.9180.1360.3291.78599.8
3.75-3.855.40.2454780.9630.1160.2721.59499.6
3.85-3.975.90.2254560.9770.1010.2481.53599.6
3.97-4.096.20.1884790.9830.0830.2061.461100
4.09-4.246.10.1514560.990.0660.1651.515100
4.24-4.416.10.1134880.9940.0490.1231.62199.8
4.41-4.616.10.0934630.9940.0410.1021.5299.8
4.61-4.856.10.0924840.9970.040.1011.506100
4.85-5.166.20.0784800.9970.0340.0851.448100
5.16-5.566.10.0794840.9960.0350.0871.484100
5.56-6.1160.0734860.9970.0320.081.353100
6.11-76.10.0534790.9980.0230.0581.25899.8
7-8.815.90.0345000.9990.0150.0371.23999.6
8.81-505.30.0245080.9990.0110.0261.18994.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化解像度: 3.25→32.705 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2752 474 5.14 %
Rwork0.2252 --
obs0.2278 9219 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 245.95 Å2 / Biso mean: 119.1529 Å2 / Biso min: 41.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.25→32.705 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2981 0 0 1 2982
Biso mean---74.93 -
残基数----416
LS精密化 シェル解像度: 3.2502→3.72 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3566 168 -
Rwork0.2584 2857 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7456-3.077-2.04374.12752.14540.9465-0.5925-1.13690.76440.89240.99040.28110.01270.5086-0.33931.3290.26110.19131.3577-0.30250.8387-18.845516.870828.8192
24.0399-2.5792-2.15394.19932.34873.7030.1978-0.3150.36120.18540.21790.0629-0.2802-0.0496-0.30560.60170.00110.12180.6722-0.01160.363-10.40653.32915.5192
35.13020.6195-0.27590.0779-0.03410.00321.13570.83422.4434-0.14980.193-0.027-0.85160.4371-1.38692.26851.3065-0.1085-0.3033-0.63371.69266.2779-54.5705-6.977
42.5672-0.3994-1.54472.0917-0.87442.38740.23370.1907-0.1664-0.8743-0.04770.729-0.4377-0.1439-0.12850.56630.0986-0.10590.7792-0.10420.4398-14.3559-0.64447.1148
51.8177-1.81652.34721.8737-1.92225.27490.95170.5166-0.3169-0.35830.44860.587-0.289-0.7994-0.95211.46580.6682-0.13811.3411-0.43172.4877-46.663413.19125.0511
62.991.21071.12733.1572-0.23715.32170.16310.3534-0.915-0.4251-0.12980.96960.0379-0.3333-0.05171.07690.3525-0.16740.802-0.17281.4471-35.688313.829913.4083
72.85181.31984.71848.20242.7588.79441.0162-0.5903-0.12281.3669-0.06431.29450.9038-0.9426-0.93751.45790.25950.63631.07520.07041.4016-39.530118.456133.4182
86.1832-2.2844-2.91613.00650.87492.0966-0.49-0.0203-0.35430.9139-0.57531.1987-0.0706-1.64570.64591.6783-0.14580.59160.865-0.08571.3046-41.17999.766829.1614
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 862 through 933 )A862 - 933
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 934 through 1013 )A934 - 1013
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1014 through 1023 )A1014 - 1023
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1024 through 1095 )A1024 - 1095
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 478 through 493 )B478 - 493
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 494 through 574 )B494 - 574
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 575 through 651 )B575 - 651
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 652 through 671 )B652 - 671

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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