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万見
- PDB-6ird: Complex structure of INADL PDZ89 and PLCb4 C-terminal CC-PBM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ird
タイトルComplex structure of INADL PDZ89 and PLCb4 C-terminal CC-PBM
要素
  • 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase
  • InaD-like protein
キーワードHYDROLASE/PROTEIN BINDING / PDZ supramodule / phospholipase C beta / HYDROLASE-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


PLC beta mediated events / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / tight junction assembly / Tight junction interactions / phosphoinositide phospholipase C / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction / establishment of apical/basal cell polarity / G alpha (q) signalling events / phosphatidylinositol metabolic process / phosphatidylinositol phospholipase C activity ...PLC beta mediated events / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / tight junction assembly / Tight junction interactions / phosphoinositide phospholipase C / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction / establishment of apical/basal cell polarity / G alpha (q) signalling events / phosphatidylinositol metabolic process / phosphatidylinositol phospholipase C activity / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / parallel fiber to Purkinje cell synapse / mitogen-activated protein kinase binding / apical junction complex / negative regulation of potassium ion transport / phosphatidylinositol-mediated signaling / centriolar satellite / bicellular tight junction / smooth endoplasmic reticulum / lipid catabolic process / release of sequestered calcium ion into cytosol / modulation of chemical synaptic transmission / cell junction / apical part of cell / postsynapse / postsynaptic density / intracellular signal transduction / apical plasma membrane / glutamatergic synapse / dendrite / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm / extracellular exosome / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Phospholipase C-beta, C-terminal domain / PLC-beta C terminal / L27-2 / L27_2 / PLC-beta, PH domain / Phospholipase C-beta, C-terminal domain superfamily / : / PH domain / Phosphoinositide phospholipase C beta1-4-like EF-hand domain ...: / Phospholipase C-beta, C-terminal domain / PLC-beta C terminal / L27-2 / L27_2 / PLC-beta, PH domain / Phospholipase C-beta, C-terminal domain superfamily / : / PH domain / Phosphoinositide phospholipase C beta1-4-like EF-hand domain / Phosphatidylinositol-4, 5-bisphosphate phosphodiesterase beta / : / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase Y-box domain profile. / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain Y / domain in receptor targeting proteins Lin-2 and Lin-7 / L27 domain / L27 domain profile. / L27 domain superfamily / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain X / Phosphatidylinositol-specific phospholipase X-box domain profile. / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / PDZ domain / Pdz3 Domain / C2 domain superfamily / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / EF-hand domain pair / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / InaD-like protein / 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.813 Å
データ登録者Ye, F. / Li, J. / Huang, Y. / Liu, W. / Zhang, M.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: An unexpected INAD PDZ tandem-mediated plc beta binding in Drosophila photo receptors.
著者: Ye, F. / Huang, Y. / Li, J. / Ma, Y. / Xie, C. / Liu, Z. / Deng, X. / Wan, J. / Xue, T. / Liu, W. / Zhang, M.
履歴
登録2018年11月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月28日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / struct_conn
Item: _citation.title / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id ..._citation.title / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase
C: InaD-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7727
ポリマ－53,7872
非ポリマー9855
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area24900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.089, 69.089, 200.375
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase


分子量: 31063.723 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal CC-PBM / 変異: K926A,K930A,K933A,K934A,K937A,K944A,K945A,K948A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Plcb4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q91UZ1, phosphoinositide phospholipase C
#2: タンパク質 InaD-like protein / hINADL / Pals1-associated tight junction protein / Protein associated to tight junctions


分子量: 22723.523 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ89 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PATJ, INADL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NI35
#3: 化合物
ChemComp-AU / GOLD ION


分子量: 196.967 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Au

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.86 %
結晶化温度: 289 K / 手法: liquid diffusion / pH: 6.5
詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M BIS-TRIS pH6.5, 20% w/v Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 14070 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.127 / Χ2: 1.676 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 100701
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.8-2.856.90.9387100.9540.3811.0150.59599.6
2.85-2.97.80.826790.9780.3090.8780.556100
2.9-2.967.60.6546950.9810.250.7010.686100
2.96-3.027.60.4936730.9850.1910.530.696100
3.02-3.087.50.4816790.9890.1870.5180.689100
3.08-3.157.40.4496900.9820.1750.4830.675100
3.15-3.237.40.3527050.9890.1380.3790.80599.9
3.23-3.327.20.3236750.9930.1280.3490.79899.9
3.32-3.427.20.2567220.9930.1020.2760.96799.6
3.42-3.536.70.2136650.9860.0880.2311.10899.8
3.53-3.656.10.1696780.9920.0710.1831.29297.8
3.65-3.87.20.167000.9930.0640.1731.3699.4
3.8-3.977.70.1477110.9960.0580.1591.775100
3.97-4.187.70.1096870.9970.0430.1181.783100
4.18-4.447.60.0986990.9980.0390.1062.20199.9
4.44-4.797.40.0917140.9980.0360.0992.596100
4.79-5.277.10.097340.9970.0380.0983.072100
5.27-6.036.90.1027180.9910.0420.113.198100
6.03-7.596.10.0857420.9950.0370.0933.88899.2
7.59-506.20.0677940.9970.0290.0735.14898.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
AutoSol位相決定
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3R0H

3r0h


解像度: 2.813→14.997 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 30.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3022 604 4.86 %
Rwork0.244 --
obs0.2468 12434 88.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 300.44 Å2 / Biso mean: 28.8551 Å2 / Biso min: 2.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.813→14.997 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3189 0 5 0 3194
Biso mean--152.25 --
残基数----434
LS精密化 シェル解像度: 2.8128→3.0936 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3287 106 -
Rwork0.3153 1757 -
obs--54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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