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- PDB-6iqd: Crystal structure of Alcohol dehydrogenase from Geobacillus stear... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iqd
タイトルCrystal structure of Alcohol dehydrogenase from Geobacillus stearothermophilus
要素Alcohol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Alcohol dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase ...Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alcohol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Xue, S. / Feng, Y. / Guo, X. / Zhao, Z.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2019
タイトル: Characterization of the substrate scope of an alcohol dehydrogenase commonly used as methanol dehydrogenase.
著者: Guo, X. / Feng, Y. / Wang, X. / Liu, Y. / Liu, W. / Li, Q. / Wang, J. / Xue, S. / Zhao, Z.K.
履歴
登録2018年11月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alcohol dehydrogenase
B: Alcohol dehydrogenase
C: Alcohol dehydrogenase
D: Alcohol dehydrogenase
E: Alcohol dehydrogenase
F: Alcohol dehydrogenase
G: Alcohol dehydrogenase
H: Alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)291,07024
ポリマ－290,0238
非ポリマー1,04716
水00
1
A: Alcohol dehydrogenase
B: Alcohol dehydrogenase
D: Alcohol dehydrogenase
F: Alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,53512
ポリマ－145,0124
非ポリマー5238
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Alcohol dehydrogenase
E: Alcohol dehydrogenase
G: Alcohol dehydrogenase
H: Alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,53512
ポリマ－145,0124
非ポリマー5238
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Alcohol dehydrogenase
F: Alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,7676
ポリマ－72,5062
非ポリマー2624
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3020 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area27280 Å2
手法PISA
4
B: Alcohol dehydrogenase
D: Alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,7676
ポリマ－72,5062
非ポリマー2624
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3030 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area27450 Å2
手法PISA
5
C: Alcohol dehydrogenase
G: Alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,7676
ポリマ－72,5062
非ポリマー2624
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3020 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area27360 Å2
手法PISA
6
E: Alcohol dehydrogenase
H: Alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,7676
ポリマ－72,5062
非ポリマー2624
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2980 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area27550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.442, 149.186, 269.277
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Alcohol dehydrogenase / ADH


分子量: 36252.914 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: adh / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P42327, alcohol dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.28 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M BIS-TRIS pH 6.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3350
PH範囲: 6.0-8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→49.8 Å / Num. obs: 67992 / % possible obs: 97.68 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 53.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1241 / Net I/σ(I): 11.53
反射 シェル解像度: 2.84→2.94 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.528 / Mean I/σ(I) obs: 2.82 / Num. unique obs: 6314 / % possible all: 93.18

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1rjw

1rjw


解像度: 2.84→49.8 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.85
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2912 3423 5.08 %
Rwork0.2324 --
obs0.2354 67375 97.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.84→49.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20136 0 16 0 20152
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00320496
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67327768
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.22112400
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053200
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043584
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8401-2.88070.37891440.30412457X-RAY DIFFRACTION92
2.8807-2.92370.37571400.30442494X-RAY DIFFRACTION93
2.9237-2.96930.341300.29992594X-RAY DIFFRACTION96
2.9693-3.0180.39291440.30152587X-RAY DIFFRACTION97
3.018-3.070.30681190.29922611X-RAY DIFFRACTION96
3.07-3.12590.39781500.30692609X-RAY DIFFRACTION97
3.1259-3.1860.37961430.30772593X-RAY DIFFRACTION97
3.186-3.2510.35151330.28882637X-RAY DIFFRACTION97
3.251-3.32170.37751360.28712592X-RAY DIFFRACTION97
3.3217-3.39890.32421450.28462642X-RAY DIFFRACTION97
3.3989-3.48390.35391430.28682598X-RAY DIFFRACTION98
3.4839-3.57810.35071550.26872693X-RAY DIFFRACTION98
3.5781-3.68330.35191360.26222656X-RAY DIFFRACTION99
3.6833-3.80220.32441510.25182676X-RAY DIFFRACTION99
3.8022-3.9380.33161540.24842701X-RAY DIFFRACTION99
3.938-4.09560.28251270.2222698X-RAY DIFFRACTION99
4.0956-4.28190.2551500.2062713X-RAY DIFFRACTION99
4.2819-4.50750.23891480.1892724X-RAY DIFFRACTION99
4.5075-4.78970.22471400.17462718X-RAY DIFFRACTION99
4.7897-5.15920.23511510.19342738X-RAY DIFFRACTION100
5.1592-5.67770.25631440.2172748X-RAY DIFFRACTION100
5.6777-6.49780.25341480.20762798X-RAY DIFFRACTION100
6.4978-8.18070.22231460.18612799X-RAY DIFFRACTION100
8.1807-49.98390.23621460.18082876X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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