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- PDB-6ipa: C-terminal EMAP II-like domain of p43 refined against twinned data -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ipa
タイトルC-terminal EMAP II-like domain of p43 refined against twinned data
要素aminoacyl-tRNA synthetase-interacting multifunctional protein p43
キーワードRNA BINDING PROTEIN / AIMP1 / EMAPII-LIKE DOMAIN / PLASMODIUM
機能・相同性
機能・相同性情報


ligase activity / tRNA binding
類似検索 - 分子機能
tRNA-binding domain / Putative tRNA binding domain / tRNA-binding domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(malaria parasite P. vivax) hypothetical protein / Methionine-tRNA ligase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.47 Å
データ登録者Manickam, Y. / Harlos, K. / Gupta, S. / Sharma, A.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (India)PR6303 インド
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Crystal structures of the two domains that constitute the Plasmodium vivax p43 protein.
著者: Gupta, S. / Chhibber-Goel, J. / Sharma, M. / Parvez, S. / Harlos, K. / Sharma, A. / Yogavel, M.
履歴
登録2018年11月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: aminoacyl-tRNA synthetase-interacting multifunctional protein p43
B: aminoacyl-tRNA synthetase-interacting multifunctional protein p43
C: aminoacyl-tRNA synthetase-interacting multifunctional protein p43
D: aminoacyl-tRNA synthetase-interacting multifunctional protein p43


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,4894
ポリマ－91,4894
非ポリマー00
水2,594144
1
A: aminoacyl-tRNA synthetase-interacting multifunctional protein p43


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8721
ポリマ－22,8721
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: aminoacyl-tRNA synthetase-interacting multifunctional protein p43


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8721
ポリマ－22,8721
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: aminoacyl-tRNA synthetase-interacting multifunctional protein p43


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8721
ポリマ－22,8721
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: aminoacyl-tRNA synthetase-interacting multifunctional protein p43


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8721
ポリマ－22,8721
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.170, 146.900, 146.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
aminoacyl-tRNA synthetase-interacting multifunctional protein p43 / Methionine-tRNA ligase / putative / tRNA import protein tRIP / putative


分子量: 22872.205 Da / 分子数: 4 / 断片: EMAP II -Like Domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1G4HHT8, UniProt: A5K3Y7*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.02M amino acids, 0.1M MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.646
11-H, L, K20.354
反射解像度: 2.47→40.75 Å / Num. obs: 29903 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.181 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.47→2.51 Å / 冗長度: 11.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1455 / CC1/2: 0.5 / Rrim(I) all: 1.892 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
DIALSデータ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZKG

5zkg


解像度: 2.47→36.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / WRfactor Rfree: 0.2304 / WRfactor Rwork: 0.1788 / FOM work R set: 0.7389 / SU B: 17.217 / SU ML: 0.187 / SU R Cruickshank DPI: 0.0982 / SU Rfree: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2611 1995 6.7 %RANDOM
Rwork0.2017 ---
obs0.2056 27843 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 106.7 Å2 / Biso mean: 50.161 Å2 / Biso min: 21.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--42.59 Å2-0 Å2-0 Å2
2--35.19 Å20 Å2
3---7.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.47→36.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5198 0 0 144 5342
Biso mean---46.78 -
残基数----660
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0195286
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025226
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7831.9897129
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.841312110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4725656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.7725.411231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.723151017
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6061523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2812
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215863
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021080
LS精密化 シェル解像度: 2.47→2.533 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 144 -
Rwork0.263 2001 -
all-2145 -
obs--99.49 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3864-0.02230.43720.8396-0.080.79180.02490.0606-0.0118-0.0193-0.0079-0.01950.02240.0313-0.01690.3154-0.0015-0.01230.2724-0.00920.1054-11.497-15.62620.901
20.0959-0.0839-0.17220.79770.03770.85640.006-0.00030.0024-0.03760.01960.0032-0.072-0.0394-0.02560.32080.00150.0080.26890.00820.1058-6.656-44.40434.132
30.288-0.2118-0.03221.00480.20570.8439-0.0052-0.03680.0180.05550.0338-0.08080.0478-0.0325-0.02860.3127-0.0074-0.01220.27180.01050.0841-2.416-2.49752.441
40.4338-0.1706-0.10231.0048-0.1861.03330.06760.0083-0.0176-0.08690.02990.01460.0675-0.0159-0.09750.3026-0.0061-0.00490.29950.00210.07262.399-15.92881.28
50.1394-0.0253-0.05390.00510.01160.02920.01350.00830.02690.00750.001-0.00580.02480.0234-0.01440.2817-0.0079-0.02240.15030.00120.0075-4.974-14.60948.691
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A241 - 405
2X-RAY DIFFRACTION2B241 - 405
3X-RAY DIFFRACTION3C241 - 405
4X-RAY DIFFRACTION4D241 - 405
5X-RAY DIFFRACTION5A501 - 545
6X-RAY DIFFRACTION5B501 - 518
7X-RAY DIFFRACTION5C501 - 541
8X-RAY DIFFRACTION5D501 - 540

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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