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- PDB-6ip9: Crystal Structure of Lanthanum ion (La3+) bound bovine alpha-lact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ip9
タイトルCrystal Structure of Lanthanum ion (La3+) bound bovine alpha-lactalbumin
要素Alpha-lactalbumin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Lanthanum / bovine alpha-lactalbumin / HAMLET / BAMLET
機能・相同性
機能・相同性情報


response to 11-deoxycorticosterone / response to dehydroepiandrosterone / lactose synthase activity / lactose biosynthetic process / response to progesterone / lysozyme activity / response to estradiol / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / calcium ion binding ...response to 11-deoxycorticosterone / response to dehydroepiandrosterone / lactose synthase activity / lactose biosynthetic process / response to progesterone / lysozyme activity / response to estradiol / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / calcium ion binding / extracellular space / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Lactalbumin / Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Lactalbumin / Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
LANTHANUM (III) ION / Alpha-lactalbumin
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Prakash, P. / Yarramala, S.D. / Rao, C.P. / Bhaumik, P.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
BT/RLF/Re-entry/42/2011 インド
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Cytotoxicity of apo bovine alpha-lactalbumin complexed with La3+on cancer cells supported by its high resolution crystal structure.
著者: Yarramala, D.S. / Prakash, P. / Ranade, D.S. / Doshi, S. / Kulkarni, P.P. / Bhaumik, P. / Rao, C.P.
履歴
登録2018年11月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2019年2月20日ID: 5X84
改定 1.02019年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-lactalbumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5294
ポリマ－14,2021
非ポリマー3273
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area6470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.450, 47.450, 89.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-346-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Alpha-lactalbumin / Lactose synthase B protein


分子量: 14202.048 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 20-142 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: LALBA / 発現宿主: Enterobacteria phage L1 (ファージ) / 参照: UniProt: P00711
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-LA / LANTHANUM (III) ION / ランタントリカチオン


分子量: 138.905 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: La
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.17 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1M Tris-HCl at pH 6.0, 2M ammonium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→30 Å / Num. obs: 10499 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 25.6
反射 シェル解像度: 1.85→1.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.48 / Num. unique obs: 1496 / CC1/2: 0.81 / Rrim(I) all: 0.53 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→19.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 8.369 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.132 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21583 524 5 %RANDOM
Rwork0.19662 ---
obs0.19763 9963 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 31.027 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å2-0.02 Å20 Å2
2---0.03 Å2-0 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.85→19.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数967 0 12 62 1041
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0131013
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.017886
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4211.631377
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3091.592082
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7025123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.31726.34652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.72215181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.489151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2131
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021121
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02190
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1911.486483
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.191.483482
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8492.223603
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.8492.226604
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6361.659528
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6361.664529
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.4592.427772
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.80918.0551185
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.77217.8541178
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 38 -
Rwork0.264 737 -
obs--99.87 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.27 Å / Origin y: -14.946 Å / Origin z: -6.394 Å
111213212223313233
T0.0574 Å2-0.0016 Å20.0103 Å2-0.0433 Å20.0032 Å2--0.0204 Å2
L9.146 °23.0712 °2-1.6338 °2-2.2583 °2-0.2488 °2--3.1424 °2
S0.4045 Å °0.1133 Å °-0.0687 Å °0.1807 Å °-0.1879 Å °-0.0542 Å °-0.3064 Å °-0.0646 Å °-0.2166 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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