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万見
- PDB-6ip4: Crystal structure of Arabidopsis thaliana JMJ13 catalytic domain ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ip4
タイトルCrystal structure of Arabidopsis thaliana JMJ13 catalytic domain in complex with NOG and an H3K27me3 peptide
要素
  • Arabidopsis JMJ13
  • Histone H3.2
キーワードGENE REGULATION / histone modification / flowering / epigenetics
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of short-day photoperiodism, flowering / long-day photoperiodism / negative regulation of long-day photoperiodism, flowering / histone H3K27me2/H3K27me3 demethylase activity / flower development / chromocenter / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / plastid / response to temperature stimulus / negative regulation of gene expression, epigenetic ...negative regulation of short-day photoperiodism, flowering / long-day photoperiodism / negative regulation of long-day photoperiodism, flowering / histone H3K27me2/H3K27me3 demethylase activity / flower development / chromocenter / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / plastid / response to temperature stimulus / negative regulation of gene expression, epigenetic / histone demethylase activity / structural constituent of chromatin / nucleosome / histone binding / protein heterodimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / extracellular region / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, C5HC2-type / C5HC2 zinc finger / JmjN domain / jmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. ...Zinc finger, C5HC2-type / C5HC2 zinc finger / JmjN domain / jmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / N-OXALYLGLYCINE / Lysine-specific demethylase JMJ13 / Histone H3.1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Hu, H. / Du, J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: The Arabidopsis H3K27me3 demethylase JUMONJI 13 is a temperature and photoperiod dependent flowering repressor.
著者: Zheng, S. / Hu, H. / Ren, H. / Yang, Z. / Qiu, Q. / Qi, W. / Liu, X. / Chen, X. / Cui, X. / Li, S. / Zhou, B. / Sun, D. / Cao, X. / Du, J.
履歴
登録2018年11月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arabidopsis JMJ13
B: Histone H3.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,47313
ポリマ－56,4642
非ポリマー1,00911
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area22080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.794, 128.794, 230.642
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-607-

SO4

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Arabidopsis JMJ13


分子量: 55335.070 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 90-578 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
プラスミド: pSumo / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: F4KIX0
#2: タンパク質・ペプチド Histone H3.2 / Histone H3.1


分子量: 1129.311 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-36 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P59226

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非ポリマー , 5種, 68分子

#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン


分子量: 147.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5NO5 / コメント: 阻害剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.85 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M MES, pH 6.5, 8% dioxane, and 1.6M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97776 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97776 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 33189 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rrim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 20.93
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.868 / Mean I/σ(I) obs: 1.97 / Num. unique obs: 3316 / CC1/2: 0.615 / Rrim(I) all: 0.953 / Rsym value: 0.868 / % possible all: 95.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6IP0

6ip0


解像度: 2.6→49.367 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.5
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2465 1681 5.06 %
Rwork0.2128 --
obs0.2146 33189 93.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→49.367 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3787 0 48 57 3892
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013925
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3025323
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.5711422
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083573
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009672
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5983-2.67480.30151370.27962614X-RAY DIFFRACTION95
2.6748-2.76110.29851360.28342613X-RAY DIFFRACTION95
2.7611-2.85980.32031340.27522636X-RAY DIFFRACTION95
2.8598-2.97420.28831400.25272616X-RAY DIFFRACTION95
2.9742-3.10960.26911330.24672613X-RAY DIFFRACTION94
3.1096-3.27350.28251250.23882632X-RAY DIFFRACTION94
3.2735-3.47850.2961390.23052617X-RAY DIFFRACTION94
3.4785-3.7470.30241410.21142611X-RAY DIFFRACTION94
3.747-4.12390.21271600.18872610X-RAY DIFFRACTION93
4.1239-4.72030.21361510.16992610X-RAY DIFFRACTION92
4.7203-5.94550.21971400.1972627X-RAY DIFFRACTION91
5.9455-49.37570.24131450.22282709X-RAY DIFFRACTION88
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7649-0.184-0.4223.9448-0.04683.876-0.2222-0.36620.06760.31490.2098-0.21320.17130.2995-0.00860.75170.40940.00310.4650.00190.738941.626745.0074140.6084
21.9207-1.3661-0.32494.54530.78412.19-0.4377-0.56330.10650.56370.4297-0.40940.11110.114900.76180.3938-0.05230.6095-0.04910.793944.085944.9932142.2435
35.62920.7911-6.92662.0639-0.64448.94041.1792-0.99150.9276-0.2894-0.4121-2.1896-0.56612.1187-0.57821.28910.3888-0.10061.349-0.20821.985464.958349.7549139.7602
42.7655-1.93870.19413.73760.23582.5401-0.0318-0.02250.3592-0.25470.1048-0.6922-0.07990.1988-0.0790.73790.2950.02020.4286-0.00260.870648.534343.2432132.9766
51.9249-1.9063-1.11385.9618-1.10252.1617-0.14030.2573-0.44870.01370.1120.4280.815-0.0110.05010.88640.21540.12960.4168-0.06120.954546.990821.6332125.7246
63.5871-0.78270.97162.36750.14532.9646-0.4253-0.0686-0.1160.10490.0757-0.2678-0.23890.0150.34131.00980.16960.15210.2931-0.00870.861461.144614.1821127.0798
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 93 through 186 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 187 through 333 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 334 through 358 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 359 through 421 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 422 through 453 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 454 through 563 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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