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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6iog | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Homoserine O-acetyltransferase from Mycobacterium smegmatis ATCC 19420 | ||||||
![]() | Homoserine O-acetyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / BIOSYNTHETIC PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() homoserine metabolic process / homoserine O-acetyltransferase / homoserine O-acetyltransferase activity / methionine biosynthetic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sagong, H.-Y. / Kim, K.-J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure and biochemical characterization of O-acetylhomoserine acetyltransferase from Mycobacterium smegmatis ATCC 19420. 著者: Sagong, H.Y. / Hong, J. / Kim, K.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 158.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 124.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 447.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 451.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 32 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 48.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39475.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: metX_1, metXA, ERS451418_01697 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A0D6HE46, UniProt: A0QSZ0*PLUS, homoserine O-acetyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-GOL / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.8 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 32 % (v/v) polyethylene glycol (PEG) 400, 0.1 M Sodium acetate/acetic acid pH 5.5, 0.2 M calcium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月10日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 112835 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 5.9 % / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 39.72 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.61 / Num. unique obs: 5476 / Rpim(I) all: 0.152 / % possible all: 95.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3VVM 解像度: 1.55→29.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.288 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.074 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 66.56 Å2 / Biso mean: 18.384 Å2 / Biso min: 9.99 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.55→29.2 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.546→1.586 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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