PDB-6inb: Crystal structure of an acetolactate decarboxylase from Klebsiell...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6inb

タイトル

Crystal structure of an acetolactate decarboxylase from Klebsiella pneumoniae

要素

Alpha-acetolactate decarboxylase

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Acetolactate decarboxylase

機能・相同性

機能・相同性情報

acetolactate decarboxylase / acetoin biosynthetic process / acetolactate decarboxylase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Wu, W. / Zhang, Q. / Bartlam, M.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2019
タイトル: Structural characterization of an acetolactate decarboxylase from Klebsiella pneumoniae
著者: Wu, W. / Zhao, Q. / Che, S. / Jia, H. / Liang, H. / Zhang, H. / Liu, R. / Zhang, Q. / Bartlam, M.

履歴

登録	2018年10月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6inb.cif.gz	107.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6inb.ent.gz	80.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6inb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6inb_validation.pdf.gz	426 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6inb_full_validation.pdf.gz	426.9 KB	表示
XML形式データ	6inb_validation.xml.gz	12.3 KB	表示
CIF形式データ	6inb_validation.cif.gz	17.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/6inb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/6inb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6incC 4bt2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6inc-1 7jmb-d 3tmk-4 1iw1-4 4lim-d 4xt7-1 4z2y-d 3e8x-1 3brw-1 3npv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-acetolactate decarboxylase

ヘテロ分子

29.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alpha-acetolactate decarboxylase

ヘテロ分子

A: Alpha-acetolactate decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
58.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.279, 55.279, 119.532
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-595- HOH
2	1	A-597- HOH

#1: タンパク質	Alpha-acetolactate decarboxylase / BudA 分子量: 29226.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: budA, BN49_3166 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: W9BHF3, acetolactate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% (w/v) PEG-3000, 0.1M citrate, pH 5.5 and 12% w/v Polyethylene glycol 3,350, 0.1M sodium malonate, pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 20250 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19 % / R_pim(I) all: 0.021 / Net I/σ(I): 27.8
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 15 % / Mean I/σ(I) obs: 9.5 / Num. unique obs: 999 / R_pim(I) all: 0.09 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4BT2

4bt2

解像度: 1.8→47.87 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 4.644 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21914	1006	5 %	RANDOM
R_work	0.17272	-	-	-
obs	0.17497	19193	99.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.88 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.05 Å²	-0.03 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.8→47.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1750	0	2	197	1949

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	1799
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1595
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.563	1.643	2442
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.388	1.573	3700
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.926	5	220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.553	22.11	109
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.034	15	287
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.776	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	226
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2054
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	401
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.717	1.125	877
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.713	1.124	876
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.168	1.683	1095
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.168	1.685	1096
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.126	1.273	922
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.125	1.274	923
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.774	1.861	1347
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.3	14.958	1992
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.158	14.211	1948
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.802→1.849 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.234	67	-
R_work	0.175	1393	-
obs	-	-	99.12 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -7.049 Å / Origin y: 17.131 Å / Origin z: 45.132 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.008 Å²	-0.0062 Å²	-0.0048 Å²	-	0.0306 Å²	-0.0082 Å²	-	-	0.0151 Å²
L	1.3803 °²	-0.5881 °²	-0.2187 °²	-	1.6757 °²	-0.1356 °²	-	-	1.8691 °²
S	0.0004 Å °	0.0397 Å °	-0.0328 Å °	-0.0168 Å °	0.0024 Å °	0.0987 Å °	0.1029 Å °	-0.1445 Å °	-0.0028 Å °

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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