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- PDB-6imj: The crystal structure of Se-AsfvLIG:DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6imj
タイトルThe crystal structure of Se-AsfvLIG:DNA complex
要素
  • DNA (5'-D(*C*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*AP*CP*CP*CP*GP*CP*AP*TP*CP*CP*CP*GP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*C*CP*GP*GP*GP*AP*TP*GP*CP*TP*GP*GP*TP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*G)-3')
  • DNA ligase
キーワードLIGASE/DNA / AsfvLIG with C:G complex / LIGASE-DNA complex / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA ligase (ATP) activity / virion component / DNA recombination / DNA replication / DNA repair / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / ATP-dependent DNA ligase signature 2. / ATP-dependent DNA ligase AMP-binding site. / DNA ligase, ATP-dependent, conserved site / ATP-dependent DNA ligase family profile. / DNA ligase, ATP-dependent, central / ATP dependent DNA ligase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / DNA / DNA (> 10) / DNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.554 Å
データ登録者Chen, Y.Q. / Gan, J.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31370728 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structure of the error-prone DNA ligase of African swine fever virus identifies critical active site residues.
著者: Chen, Y. / Liu, H. / Yang, C. / Gao, Y. / Yu, X. / Chen, X. / Cui, R. / Zheng, L. / Li, S. / Li, X. / Ma, J. / Huang, Z. / Li, J. / Gan, J.
履歴
登録2018年10月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA ligase
B: DNA ligase
C: DNA (5'-D(*TP*C*CP*GP*GP*GP*AP*TP*GP*CP*TP*GP*GP*TP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*C*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*AP*CP*CP*CP*GP*CP*AP*TP*CP*CP*CP*GP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,23813
ポリマ－110,5144
非ポリマー1,7249
水1,40578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8610 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area44790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.828, 63.099, 119.265
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.93, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA ligase / NP419L / PNP419L


分子量: 48514.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
遺伝子: NP419L, AFSV47Ss_0152 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0A1E0U0

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*C*CP*GP*GP*GP*AP*TP*GP*CP*TP*GP*GP*TP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*G)-3')


分子量: 6840.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*C*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*AP*CP*CP*CP*GP*CP*AP*TP*CP*CP*CP*GP*GP*A)-3')


分子量: 6643.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 4種, 87分子

#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 15% w/v PEG 100000.1 M Ammonium acetate, 0.1 M Cadmium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→30 Å / Num. obs: 44993 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.576 / Mean I/σ(I) obs: 1.92 / Num. unique obs: 4370 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL2Map位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.554→29.936 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 28.55
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2608 2279 5.07 %
Rwork0.2225 --
obs0.2245 44976 97.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.554→29.936 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6288 818 69 78 7253
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0057423
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76510281
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.8754228
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461153
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051178
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5541-2.60960.40281490.3562431X-RAY DIFFRACTION91
2.6096-2.67030.3551290.34052617X-RAY DIFFRACTION95
2.6703-2.7370.37061480.32422568X-RAY DIFFRACTION95
2.737-2.8110.41051350.32212600X-RAY DIFFRACTION96
2.811-2.89360.32491390.2832623X-RAY DIFFRACTION96
2.8936-2.9870.28021390.2792678X-RAY DIFFRACTION97
2.987-3.09360.30341390.2632614X-RAY DIFFRACTION98
3.0936-3.21730.30051580.24332658X-RAY DIFFRACTION98
3.2173-3.36360.25641220.22242731X-RAY DIFFRACTION98
3.3636-3.54060.23051400.20452695X-RAY DIFFRACTION99
3.5406-3.76210.26541440.20482685X-RAY DIFFRACTION99
3.7621-4.05190.21361540.18852710X-RAY DIFFRACTION99
4.0519-4.45850.2281270.17392741X-RAY DIFFRACTION99
4.4585-5.10090.19641440.1672747X-RAY DIFFRACTION99
5.1009-6.41610.22971610.20152773X-RAY DIFFRACTION100
6.4161-29.93820.24571510.20792826X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 33.8637 Å / Origin y: 2.0453 Å / Origin z: 29.919 Å
111213212223313233
T0.2791 Å20.009 Å2-0.0005 Å2-0.2795 Å2-0.05 Å2--0.2831 Å2
L0.0368 °2-0.0057 °20.0161 °2-0.1561 °2-0.1992 °2--0.1465 °2
S-0.0604 Å °-0.0031 Å °-0.011 Å °0.0024 Å °-0.0123 Å °-0.0056 Å °0.0158 Å °-0.0388 Å °0.0636 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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