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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6imj | ||||||
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タイトル | The crystal structure of Se-AsfvLIG:DNA complex | ||||||
要素 |
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キーワード | LIGASE/DNA / AsfvLIG with C:G complex / LIGASE-DNA complex / DNA BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA ligase (ATP) activity / virion component / DNA recombination / DNA replication / DNA repair / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.554 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, Y.Q. / Gan, J.H. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Structure of the error-prone DNA ligase of African swine fever virus identifies critical active site residues. 著者: Chen, Y. / Liu, H. / Yang, C. / Gao, Y. / Yu, X. / Chen, X. / Cui, R. / Zheng, L. / Li, S. / Li, X. / Ma, J. / Huang, Z. / Li, J. / Gan, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6imj.cif.gz | 369 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6imj.ent.gz | 306.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6imj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6imj_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6imj_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6imj_validation.xml.gz | 32.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6imj_validation.cif.gz | 44.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/6imj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/6imj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 48514.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス) 遺伝子: NP419L, AFSV47Ss_0152 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0A1E0U0 |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 CD
#2: DNA鎖 | 分子量: 6840.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 6643.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 4種, 87分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CD / #6: 化合物 | ChemComp-CL / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.9 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 15% w/v PEG 100000.1 M Ammonium acetate, 0.1 M Cadmium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→30 Å / Num. obs: 44993 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 13.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.64 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.576 / Mean I/σ(I) obs: 1.92 / Num. unique obs: 4370 / % possible all: 95 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.554→29.936 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 28.55
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.554→29.936 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 33.8637 Å / Origin y: 2.0453 Å / Origin z: 29.919 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |