PDB-6imf: Crystal structure of TOXIN/ANTITOXIN complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6imf

タイトル

Crystal structure of TOXIN/ANTITOXIN complex

要素

Cysteine-rich venom protein triflin
Small serum protein 2

キーワード

TOXIN/ANTITOXIN / COMPLEX / ANTITOXIN / TOXIN-ANTITOXIN COMPLEX / TOXIN

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium channel regulator activity / toxin activity / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Protobothrops flavoviridis (ハブ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Shioi, N. / Tadokoro, T. / Shioi, S. / Hu, Y. / Kurahara, L.H. / Okabe, Y. / Matsubara, H. / Kita, S. / Ose, T. / Kuroki, K. ...

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of the complex between venom toxin and serum inhibitor from Viperidae snake.
著者: Shioi, N. / Tadokoro, T. / Shioi, S. / Okabe, Y. / Matsubara, H. / Kita, S. / Ose, T. / Kuroki, K. / Terada, S. / Maenaka, K.

履歴

登録	2018年10月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年12月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2019年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6imf.cif.gz	135.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6imf.ent.gz	104.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6imf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6imf_validation.pdf.gz	452.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6imf_full_validation.pdf.gz	453.5 KB	表示
XML形式データ	6imf_validation.xml.gz	13.4 KB	表示
CIF形式データ	6imf_validation.cif.gz	17.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/6imf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/6imf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1wvrS 3ix0S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5h63-2 3nh5-d 6oeb-d 6y3o-d 6dus-1 5i1f-d 5h60-d 5tnz-d 5cf8-1 6y1j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cysteine-rich venom protein triflin

B: Small serum protein 2

ヘテロ分子

37.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.166, 48.113, 75.028
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.61, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Cysteine-rich venom protein triflin / CRVP 分子量: 24826.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Protobothrops flavoviridis (ハブ) / 参照: UniProt: Q8JI39
#2: タンパク質	Small serum protein 2 / SSP-2 分子量: 12140.011 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Protobothrops flavoviridis (ハブ) / 参照: UniProt: A7VN14
#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: AMMONIUM SULPHATE, MES, PEG8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.29→50 Å / Num. obs: 17522 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / R_sym value: 0.127 / Net I/σ(I): 11.488
反射シェル	解像度: 2.29→2.33 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.508 / Mean I/σ(I) obs: 2.434 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1WVR AND 3IX0

1wvr

3ix0

解像度: 2.3→39.64 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.69

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.219	884	5.05 %
R_work	0.186	-	-
obs	0.187	17519	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2308	0	30	84	2422

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	2411
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.515	3245
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.445	885
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.021	339
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	420

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2956-2.4394	0.2889	143	0.226	2706	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4394-2.6277	0.2796	171	0.2111	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6277-2.892	0.2345	141	0.205	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
2.892-3.3103	0.2302	134	0.1923	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3103-4.17	0.1846	133	0.1675	2801	X-RAY DIFFRACTION	100
4.17-39.6462	0.1899	162	0.1682	2846	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8592	2.4623	0.8698	4.8114	0.5474	2.3745	-0.0362	0.2547	0.2007	-0.58	-0.0906	0.2683	-0.1737	-0.17	0.0981	0.2652	0.0625	0.0076	0.17	-0.0147	0.1721	17.4657	49.2079	4.6447
2	5.6023	1.111	-5.7331	1.0574	-1.2086	6.1871	-0.5479	0.2059	-0.9419	-0.2154	0.0512	0.1754	1.0261	-0.1466	0.5612	0.2725	-0.0133	0.0121	0.1652	-0.0673	0.3467	14.8005	34.0858	12.499
3	6.4594	0.7378	-3.0554	2.681	-0.138	3.7495	-0.1264	-0.0881	-0.2245	0.1041	-0.0303	0.1341	0.3088	0.0872	0.2027	0.3122	0.0222	0.0006	0.1561	-0.0038	0.2112	20.4617	36.5015	19.2702
4	6.5512	2.1457	-2.2422	2.5774	0.8829	3.4221	0.2607	-0.247	0.1259	0.0115	-0.3371	0.5109	-0.1136	-0.5945	-0.0604	0.163	0.0117	-0.0193	0.291	-0.0446	0.2944	7.4704	46.7204	15.5864
5	1.4894	0.5196	-0.1263	2.0758	-0.2002	2.3777	0.0599	-0.0873	0.0391	-0.0034	-0.1251	0.0077	-0.2583	0.0057	0.057	0.1709	0.0113	0.0143	0.1321	0.0115	0.1896	21.4744	51.3508	13.7586
6	1.4738	-1.4688	-0.2145	6.1534	0.1539	8.4181	0.1129	0.0999	0.3126	0.6036	-0.338	-1.018	0.5128	0.86	0.4711	0.455	0.2252	-0.129	0.7599	0.0262	0.7665	45.5761	37.9741	15.8969
7	1.5077	0.4754	-0.8362	3.4976	1.2538	2.3322	-0.0005	0.2569	0.72	-0.2632	-0.2955	-2.1185	0.6317	1.5353	0.1764	0.3718	0.1592	0.1064	0.6091	0.0563	0.6871	42.8674	43.9206	8.1678
8	7.3719	-5.0671	3.1406	6.6542	-2.9508	6.4161	-0.9084	-1.1149	0.7573	0.8429	0.0446	-0.8382	-0.5318	0.8737	0.8594	0.3159	-0.0441	-0.07	0.525	0.0743	0.3466	31.6033	43.1641	27.6561
9	7.4739	2.3344	0.8618	1.3714	-1.6153	5.6821	-0.6025	-0.3145	0.7262	0.9555	0.3074	0.0411	0.7363	0.1351	0.3095	0.5594	0.0625	0.0007	0.2549	-0.0571	0.3103	29.2744	38.9229	42.4392
10	7.24	-4.7827	4.0748	7.3609	-5.1512	3.7767	-0.1028	-0.0396	-0.039	0.0471	0.2718	0.3191	-0.0423	-0.2458	-0.1964	0.3519	-0.0127	-0.0014	0.2316	0.0126	0.1728	23.9809	39.3125	34.2397
11	9.1601	-4.6274	3.7113	2.7891	-1.4546	4.5111	-0.2392	-0.4182	-0.2543	-0.0267	0.24	0.2631	-0.0428	-0.0557	-0.0392	0.2895	-0.0229	0.0512	0.2047	0.0213	0.2297	15.6697	45.0108	25.1594
12	8.9906	-1.2147	6.5736	7.7251	-1.2532	4.8727	-0.0287	-0.6647	-0.1872	-0.3106	0.0736	0.3361	-0.1977	-0.8652	-0.0306	0.245	0.0121	0.0521	0.3253	-0.0395	0.2006	4.7555	52.859	29.9888
13	3.6973	-2.5608	2.5611	5.3663	-4.6317	5.428	0.1723	-0.6061	-0.3701	0.1253	-0.0154	2.2929	-1.3557	-2.574	-0.0522	0.572	0.2581	0.056	0.9891	-0.1573	0.6783	-5.3273	57.1936	28.5518

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 2 THROUGH 42 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 43 THROUGH 55 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 56 THROUGH 73 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 74 THROUGH 85 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 86 THROUGH 184 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 185 THROUGH 209 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 210 THROUGH 221 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 1 THROUGH 18 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 19 THROUGH 28 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 29 THROUGH 46 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 47 THROUGH 64 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'B' AND (RESID 65 THROUGH 80 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'B' AND (RESID 81 THROUGH 89 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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