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- PDB-6ilc: CRYSTAL STRUCTURE OF BAT MHC CLASS I PTAL-N*01:01 FOR 2.2 ANGSTROM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ilc
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF BAT MHC CLASS I PTAL-N*01:01 FOR 2.2 ANGSTROM
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HEV-1
  • MHC class I antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNOLOGY / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / MHC class I protein complex / peptide antigen binding / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / immune response / external side of plasma membrane ...antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / MHC class I protein complex / peptide antigen binding / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / immune response / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I antigen / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Pteropus alecto (クロオオコウモリ)
Hendra virus (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Qu, Z.H. / Zhang, N.Z. / Xia, C.
引用ジャーナル: J Immunol. / 年: 2019
タイトル: Structure and Peptidome of the Bat MHC Class I Molecule Reveal a Novel Mechanism Leading to High-Affinity Peptide Binding.
著者: Qu, Z. / Li, Z. / Ma, L. / Wei, X. / Zhang, L. / Liang, R. / Meng, G. / Zhang, N. / Xia, C.
履歴
登録2018年10月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: HEV-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7443
ポリマ－44,7443
非ポリマー00
水3,675204
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4160 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area19400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.660, 86.930, 135.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-146-

HOH

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要素

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 32345.482 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-303 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pteropus alecto (クロオオコウモリ)
遺伝子: Ptal-N / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A125R585
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11474.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pteropus alecto (クロオオコウモリ)
遺伝子: PAL_GLEAN10023531 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L5K3Y9*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド HEV-1


分子量: 924.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Hendra virus (ウイルス)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細A NCBI Reference Sequence for Beta-2-microglobulin is XP_006920478.1.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.57 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M Lithium sulfate monohydrate, 0.1M BIS-TRIS ph6.5, 25%(w/v) Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年10月4日
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→135.54 Å / Num. obs: 23392 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.93→1.98 Å / Rmerge(I) obs: 0.248 / Num. unique obs: 2127

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-3000データ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VFN

3vfn


解像度: 2.2→14.9 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.57
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 1110 5.04 %
Rwork0.1844 --
obs0.1867 22020 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→14.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3160 0 0 204 3364
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073258
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9084439
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4441917
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056443
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006595
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.29980.26451530.23542563X-RAY DIFFRACTION100
2.2998-2.42060.26971380.23052593X-RAY DIFFRACTION100
2.4206-2.57150.26111370.2262583X-RAY DIFFRACTION100
2.5715-2.76890.29491260.22992597X-RAY DIFFRACTION100
2.7689-3.04540.26181260.21342620X-RAY DIFFRACTION100
3.0454-3.48110.25261490.18972623X-RAY DIFFRACTION100
3.4811-4.36750.21231310.15242664X-RAY DIFFRACTION100
4.3675-14.90040.18031500.15442655X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.83760.0955-0.4610.8821-0.08963.05270.1086-0.1934-0.07280.1313-0.0382-0.0847-0.14820.4597-0.07510.1879-0.0119-0.00150.23040.00490.25584.368624.917416.3326
21.45150.0760.18882.32810.32961.56910.302-0.12940.49910.02990.0164-0.2429-1.49880.1677-0.08640.9357-0.17770.19230.2687-0.07540.36779.020541.150424.5384
34.56725.8024-1.7597.376-2.19180.8208-0.45740.459-0.341-0.25310.5167-0.00150.395-0.2221-0.10770.2459-0.02080.02190.2398-0.00230.276373.845418.24242.1102
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 1:279)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 1:98)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resseq 1:8)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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