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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6il9
タイトルOne Glycerol complexed Crystal structure of fructuronate-tagaturonate epimerase UxaE from Cohnella laeviribosi
要素Fructuronate-tagaturonate epimerase UxaE from Cohnella laeviribosi in complex with 1 glycerol
キーワードISOMERASE / UxaE / TIM-barrel
生物種Cohnella laeviribosi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72005356106 Å
データ登録者Choi, M.Y. / Kang, L.W. / Ho, T.H. / Nguyen, D.Q. / Lee, I.H. / Lee, J.H. / Park, Y.S. / Park, H.J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of fructuronate-tagaturonate epimerase UxaE from Cohnella laeviribosi
著者: Choi, M.Y. / Kang, L.W. / Ho, T.H. / Nguyen, D.Q. / Lee, I.H. / Lee, J.H. / Park, Y.S. / Park, H.J.
履歴
登録2018年10月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年3月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_sites ...atom_site / atom_sites / atom_type / cell / chem_comp / citation / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / software / struct_conf / struct_conn / struct_ref_seq / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen / symmetry
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _cell.angle_beta / _cell.volume / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _citation.journal_abbrev / _entity.details / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][2] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[2][3] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_ESU_R / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii / _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii / _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_num_residues / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id / _struct_site_gen.label_comp_id / _struct_site_gen.label_seq_id / _struct_site_gen.pdbx_num_res / _struct_site_gen.site_id / _symmetry.space_group_name_Hall
解説: Ligand identity / 詳細: The sulfate ion is changed to phosphate ion. / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fructuronate-tagaturonate epimerase UxaE from Cohnella laeviribosi in complex with 1 glycerol
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5493
ポリマ－55,3911
非ポリマー1582
水8,539474
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area20220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.148, 52.350, 73.997
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.405, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-757-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Fructuronate-tagaturonate epimerase UxaE from Cohnella laeviribosi in complex with 1 glycerol


分子量: 55391.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Ser345
由来: (組換発現) Cohnella laeviribosi (バクテリア)
プラスミド: pET29a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: tagaturonate epimerase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 474 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY
配列の詳細WP_019005805.1 for sequence reference

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.88 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M MgCl2, 15% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M Tris (base)/HCl (pH 8.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→50 Å / Num. obs: 58374 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 22.0750964293 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.114 / Χ2: 3.682 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.72-1.756.70.46928960.9180.1940.5080.58699.5
1.75-1.786.40.40228720.9270.1710.4380.6499.5
1.78-1.826.70.35429180.9410.1470.3840.65299.6
1.82-1.856.80.30129130.9630.1230.3250.73799.7
1.85-1.8970.26428550.9660.1070.2850.7999.7
1.89-1.9470.22729170.9680.0920.2460.87799.8
1.94-1.996.90.19628720.980.080.2120.99899.8
1.99-2.046.80.17229100.9790.0710.1861.14499.8
2.04-2.16.60.15429210.980.0650.1671.27399.9
2.1-2.176.60.13929010.9860.0590.1511.504100
2.17-2.246.70.12529170.9850.0520.1361.554100
2.24-2.337.10.11929050.9890.0480.1292.036100
2.33-2.4470.10929220.9870.0440.1172.089100
2.44-2.576.90.10729070.9810.0440.1163.079100
2.57-2.736.60.10129350.9880.0420.113.518100
2.73-2.946.80.10129100.9750.0420.114.746100
2.94-3.247.20.09529570.9890.0380.1034.552100
3.24-3.716.90.09229480.9880.0380.17.124100
3.71-4.676.60.08629550.9860.0360.0939.53100
4.67-506.80.10330430.9640.0430.11225.022100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PHENIX1.11.1_2575精密化
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ILB

6ilb


解像度: 1.72005356106→35.7847621218 Å / SU ML: 0.188673977159 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.40353220837 / 位相誤差: 21.1901193831
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217545035719 2979 5.11065362841 %RANDOM
Rwork0.181511831401 55311 --
obs0.183340469848 58290 99.6716938545 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.6107222967 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72005356106→35.7847621218 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3900 0 7 474 4381
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005858933812293985
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7763044850165377
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0519684894388577
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00460866270686706
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.075787812592381
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7201-1.74830.2675592196451430.2187661944122624X-RAY DIFFRACTION98.3647351582
1.7483-1.77840.2666692011651330.2075753118712595X-RAY DIFFRACTION99.4531534816
1.7784-1.81070.2545353263271280.2056413049312617X-RAY DIFFRACTION99.6008708273
1.8107-1.84560.2528339948941430.1982754192032591X-RAY DIFFRACTION99.671892089
1.8456-1.88320.2046465278071390.1889964190282630X-RAY DIFFRACTION99.7119193374
1.8832-1.92420.2535195866321490.1925221590852608X-RAY DIFFRACTION99.782844734
1.9242-1.96890.2407962358661460.1932198384142627X-RAY DIFFRACTION99.7482014388
1.9689-2.01820.2502906231531270.1929326132282644X-RAY DIFFRACTION99.8198847262
2.0182-2.07270.2155307923591440.1860527411042619X-RAY DIFFRACTION99.8554391037
2.0727-2.13370.2610778079771470.1849592648272600X-RAY DIFFRACTION99.9636098981
2.1337-2.20260.2486619136581500.1893376912932625X-RAY DIFFRACTION100
2.2026-2.28130.2236017322751440.1843907497732655X-RAY DIFFRACTION100
2.2813-2.37260.2373479699491490.1885092441732637X-RAY DIFFRACTION100
2.3726-2.48060.2208102803041320.1863826569752619X-RAY DIFFRACTION99.9273519797
2.4806-2.61130.2169243972021470.1813454693312643X-RAY DIFFRACTION100
2.6113-2.77490.2125009833861510.1907613340572632X-RAY DIFFRACTION100
2.7749-2.9890.2522228097171520.199111278112640X-RAY DIFFRACTION99.9641962048
2.989-3.28960.1833063797861470.1818166618642660X-RAY DIFFRACTION100
3.2896-3.76520.1977361114041410.1637369825632665X-RAY DIFFRACTION99.9287749288
3.7652-4.7420.198809082961260.1505101912272694X-RAY DIFFRACTION100
4.742-35.78250.1977861654891410.1895516967152686X-RAY DIFFRACTION97.5163849603

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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