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万見
- PDB-6ijv: Solution NMR structure of a 14-mer dsDNA complexed with a novel N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ijv
タイトルSolution NMR structure of a 14-mer dsDNA complexed with a novel NIR fluorescent probe QCy-DT
要素DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
キーワードDNA / dsDNA / ligand / QCy-DT
機能・相同性Chem-QCY / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Basu, G. / Ganguly, S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: DNA Minor Groove-Induced cis - trans Isomerization of a Near-Infrared Fluorescent Probe.
著者: Ganguly, S. / Murugan, N.A. / Ghosh, D. / Narayanaswamy, N. / Govindaraju, T. / Basu, G.
履歴
登録2018年10月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月30日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0043
ポリマ－8,5622
非ポリマー4431
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1640 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area5260 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)4 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量: 4280.792 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-QCY / 2,2'-{(4-hydroxy-1,3-phenylene)di[(E)ethene-2,1-diyl]}bis(3-methyl-1,3-benzothiazol-3-ium)


分子量: 442.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H22N2OS2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
121isotropic12D 1H-1H TOCSY
131isotropic12D DQF-COSY
142isotropic12D 1H-1H NOESY
152isotropic12D 1H-1H TOCSY
162isotropic12D DQF-COSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution1300 uM DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'), 300 uM QCY, 90% H2O/10% D2OThe DNA was annealed in a buffer containing 10mM sodium phosphate and 10mM sodium chloride (pH 7.0). The ligand was dissolved in the same buffer. The DNA and ligand was mixed in a 1:1 ratio for the experiments.1H_sample90% H2O/10% D2O
solution2300 uM [U-2H] DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'), 300 uM [U-2H] QCY, 100% D2OThe solution containing 1:1 mixture of dsDNA and ligand was lyophilised and redissolved in 100% D2O solution.D2O_sample100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
300 uMDNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')natural abundance1
300 uMQCYnatural abundance1
300 uMDNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')[U-2H]2
300 uMQCY[U-2H]2
試料状態イオン強度: 10mM NaCl mM / Label: chemical_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospinpeak picking
SparkyGoddardchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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