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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ijv | ||||||||||||||||||||
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タイトル | Solution NMR structure of a 14-mer dsDNA complexed with a novel NIR fluorescent probe QCy-DT | ||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / dsDNA / ligand / QCy-DT | 機能・相同性 | Chem-QCY / DNA / DNA (> 10) | ![]() 生物種 | ![]() 手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ![]() Basu, G. / Ganguly, S. | ![]() ![]() タイトル: DNA Minor Groove-Induced cis - trans Isomerization of a Near-Infrared Fluorescent Probe. 著者: Ganguly, S. / Murugan, N.A. / Ghosh, D. / Narayanaswamy, N. / Govindaraju, T. / Basu, G. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 92.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 63.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5zldC ![]() 6ijwC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 4280.792 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() #2: 化合物 | ChemComp-QCY / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 10mM NaCl mM / Label: chemical_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 700 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 4 | ||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 4 |