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- PDB-1p65: Crystal structure of the nucleocapsid protein of porcine reproduc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p65
タイトルCrystal structure of the nucleocapsid protein of porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV)
要素nucleocapsid protein
キーワードVIRAL PROTEIN / virus / nucleocapsid
機能・相同性
機能・相同性情報


viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #90 / Arterivirus nucleocapsid / Arterivirus nucleocapsid protein / Nucleocapsid protein, C-terminal / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Porcine respiratory and reproductive syndrome virus (ブタ繁殖・呼吸障害症候群ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / S-SAD / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Doan, D.N.P. / Dokland, T.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: Structure of the nucleocapsid protein of porcine reproductive and respiratory syndrome virus.
著者: Doan, D.N.P. / Dokland, T.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Cloning, expression, crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of the structural domain of the nucleocapsid N protein from porcine reproductive and respiratory syndrome virus
著者: Doan, D.N.P. / Dokland, T.
履歴
登録2003年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: nucleocapsid protein
B: nucleocapsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3442
ポリマ－16,3442
非ポリマー00
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3070 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area6460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.657, 44.657, 125.347
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 nucleocapsid protein


分子量: 8172.031 Da / 分子数: 2 / 断片: capsid-forming domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porcine respiratory and reproductive syndrome virus (ブタ繁殖・呼吸障害症候群ウイルス)
属: Arterivirus / 遺伝子: orf7 / プラスミド: PET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9YJI1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.26 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
結晶化
*PLUS
温度: 15 ℃
溶液の組成
*PLUS
濃度: 8 % / 一般名: PEG3350 / 詳細: pH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 1.74 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月27日
放射モノクロメーター: silica / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.74 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→25 Å / Num. all: 4813 / Num. obs: 4813 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 19.9 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 24.6
反射 シェル解像度: 2.6→2.68 Å / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 12 / Num. unique all: 389 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Num. unique obs: 389 / Rmerge(I) obs: 0.22

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: S-SAD / 解像度: 2.6→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / SU B: 11.008 / SU ML: 0.232 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -2 / ESU R: 0.609 / ESU R Free: 0.32 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26659 210 4.5 %RANDOM
Rwork0.20989 ---
all0.2124 4456 --
obs0.2124 4456 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.847 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.81 Å21.4 Å20 Å2
2--2.81 Å20 Å2
3----4.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数894 0 0 24 918
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.021904
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7661.9151228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7045112
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2148
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02676
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2530.2396
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2720.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1860.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1590.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6211.5566
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1762924
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1093338
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.544.5304
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.708 Å / Total num. of bins used: 12 /
Rfactor反射数
Rfree0.278 23
Rwork0.247 493
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.9303-2.92325.65223.4621-2.773814.9435-0.4573-0.3117-0.17550.36040.30110.07990.3873-0.00790.15620.2895-0.08470.04750.05780.02770.21512.776524.939171.3211
25.1378-0.12313.42222.8517-3.764911.6343-0.41650.15110.1427-0.1320.31390.42430.12-0.52870.10260.245-0.1053-0.01170.0455-0.00220.2378-3.24727.215659.6228
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA11 - 6712 - 68
2X-RAY DIFFRACTION2BB11 - 6712 - 68
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 10 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.267 / Rfactor Rwork: 0.21
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.77
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 2.71 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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