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- PDB-6ijq: Solution structure of BCL-XL bound to P73-TAD peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ijq
タイトルSolution structure of BCL-XL bound to P73-TAD peptide
要素
  • Bcl-2-like protein 1,Bcl-2-like protein 1
  • Tumor protein p73
キーワードAPOPTOSIS / complex structure
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of lung ciliated cell differentiation / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage ...positive regulation of lung ciliated cell differentiation / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / apoptotic process in bone marrow cell / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of execution phase of apoptosis / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / fertilization / regulation of growth / regulation of mitochondrial membrane permeability / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / Bcl-2 family protein complex / : / BH domain binding / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / response to cycloheximide / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / cellular response to alkaloid / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / hepatocyte apoptotic process / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / BH3 domain binding / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / germ cell development / apoptotic mitochondrial changes / negative regulation of anoikis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of neuron differentiation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / ectopic germ cell programmed cell death / mismatch repair / negative regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / ovarian follicle development / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / MDM2/MDM4 family protein binding / regulation of mitotic cell cycle / negative regulation of autophagy / release of cytochrome c from mitochondria / transcription corepressor binding / regulation of cytokinesis / epithelial cell proliferation / response to cytokine / regulation of mitochondrial membrane potential / kidney development / protein tetramerization / cellular response to amino acid stimulus / cellular response to gamma radiation / synaptic vesicle membrane / endocytosis / RAS processing / male gonad development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / p53 binding / cell junction / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / regulation of gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / spermatogenesis / nuclear membrane / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / DNA-binding transcription factor binding / defense response to virus / neuron apoptotic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / in utero embryonic development / negative regulation of neuron apoptotic process / mitochondrial outer membrane / positive regulation of MAPK cascade / mitochondrial inner membrane / transcription cis-regulatory region binding / regulation of cell cycle / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / mitochondrial matrix / positive regulation of apoptotic process / response to xenobiotic stimulus / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / DNA damage response / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding
類似検索 - 分子機能
Tumour protein p73, SAM domain / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / p53 family signature. ...Tumour protein p73, SAM domain / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / SAM domain (Sterile alpha motif) / p53-like transcription factor, DNA-binding / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor protein p73 / Bcl-2-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Yoon, M.-K. / Ha, J.-H. / Lee, M.-S. / Chi, S.-W.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Cytoplasmic pro-apoptotic function of the tumor suppressor p73 is mediated through a modified mode of recognition of the anti-apoptotic regulator Bcl-XL.
著者: Yoon, M.-K. / Kim, B.-Y. / Lee, J.-Y. / Ha, J.-H. / Kim, S.A. / Lee, D.-H. / Lee, M.-S. / Lee, M.-K. / Choi, J.S. / Cho, J.H. / Kim, J.-H. / Kim, S. / Song, J. / Park, S.G. / Park, B.C. / ...著者: Yoon, M.-K. / Kim, B.-Y. / Lee, J.-Y. / Ha, J.-H. / Kim, S.A. / Lee, D.-H. / Lee, M.-S. / Lee, M.-K. / Choi, J.S. / Cho, J.H. / Kim, J.-H. / Kim, S. / Song, J. / Park, S.G. / Park, B.C. / Bae, K.-H. / Choi, S.U. / Chi, S.-W.
履歴
登録2018年10月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年1月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor protein p73
B: Bcl-2-like protein 1,Bcl-2-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5972
ポリマ－22,5972
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1090 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area11060 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Tumor protein p73 / p53-like transcription factor / p53-related protein


分子量: 1791.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15350
#2: タンパク質 Bcl-2-like protein 1,Bcl-2-like protein 1 / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X


分子量: 20804.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: This construct is 40 residue-deleted mutant (aa 45-84) with the additional first 4 residues and the last 8 residues from expression vector.,This construct is 40 residue-deleted mutant (aa 45- ...詳細: This construct is 40 residue-deleted mutant (aa 45-84) with the additional first 4 residues and the last 8 residues from expression vector.,This construct is 40 residue-deleted mutant (aa 45-84) with the additional first 4 residues and the last 8 residues from expression vector.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2L1, BCL2L, BCLX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07817

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D HN(CA)CB
131isotropic13D CBCA(CO)NH
141isotropic13D (H)CCH-TOCSY
151isotropic13D 13C/15N-edited NOESY-HSQC
171isotropic115N/13C-edited, 15N/13C-filtered 3D NOESY
162isotropic12D transferred NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution11 mM [U-13C; U-15[U-13C; U-15N]N] Bcl-xL, 2 mM p73 peptide, 90% H2O/10% D2OU-13C, 15N-labeled Bcl-xL in complex with unlabeled p73 peptide13C, 15N-unlabeled90% H2O/10% D2O
solution20.1 mM Bcl-XL, 1 mM p73 peptide, 90% H2O/10% D2Op73 peptide bound to Bcl-xL at a molar ratio of 10:1none90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMBcl-xL[U-13C; U-15[U-13C; U-15N]N]1
2 mMp73 peptidenone1
0.1 mMBcl-XLnone2
1 mMp73 peptidenone2
試料状態詳細: 20 mM sodium phosphate, pH 6.5. 150 mM NaCl, 2 mM dithiothreitol (DTT), and 10 % (v/v) D2O
イオン強度: 150 mM / Label: condition1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE II / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE II / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
精密化
手法ソフトェア番号
simulated annealing1
simulated annealing2
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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