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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ijf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the type VI effector-immunity complex (Tae4-Tai4) from Agrobacterium tumefaciens | ||||||
要素 |
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キーワード | ANTITOXIN / COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) - #80 / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B - #80 / Rap1a immunity protein / Rap1a immunity proteins / Type VI secretion system (T6SS), amidase effector protein 4 / Type VI secretion system (T6SS), amidase effector protein 4 / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / Few Secondary Structures / Irregular ...endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) - #80 / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B - #80 / Rap1a immunity protein / Rap1a immunity proteins / Type VI secretion system (T6SS), amidase effector protein 4 / Type VI secretion system (T6SS), amidase effector protein 4 / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / Few Secondary Structures / Irregular / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Fukuhara, S. / Nakane, T. / Yamashita, K. / Ishii, R. / Ishitani, R. / Nureki, O. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2018 タイトル: Crystal structure of the Agrobacterium tumefaciens type VI effector-immunity complex. 著者: Fukuhara, S. / Nakane, T. / Yamashita, K. / Ishii, R. / Ishitani, R. / Nureki, O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ijf.cif.gz | 118.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ijf.ent.gz | 89.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ijf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ijf_validation.pdf.gz | 467.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ijf_full_validation.pdf.gz | 472.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6ijf_validation.xml.gz | 21.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ijf_validation.cif.gz | 29.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/6ijf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/6ijf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6ijeC 4bi8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: 10.5281/zenodo.1453302 / データの種類: diffraction image data |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Refine code: _
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11482.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性) 遺伝子: SY94_4314 / プラスミド: modified pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) / 参照: UniProt: A0A083ZID3 #2: タンパク質 | 分子量: 18120.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性) 遺伝子: SY94_4315 / プラスミド: modified pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) / 参照: UniProt: A0A083ZID4 #3: 化合物 | ChemComp-1PE / | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.96 % / Mosaicity: 0 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 35 % PEG 400, 0.05 M Tris pH 8.5, 0.05 M sodium sulfate, 0.05 M lithium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月16日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.9→97.18 Å / Num. obs: 44633 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 15 / Num. measured all: 452487 / Scaling rejects: 117 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4BI8 解像度: 1.9→62.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 4.379 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.13 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.589 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.9→62.38 Å
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拘束条件 |
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