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万見
- PDB-6ijf: Crystal structure of the type VI effector-immunity complex (Tae4-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ijf
タイトルCrystal structure of the type VI effector-immunity complex (Tae4-Tai4) from Agrobacterium tumefaciens
要素
  • Tae4
  • Tai4
キーワードANTITOXIN / COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) - #80 / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B - #80 / Rap1a immunity protein / Rap1a immunity proteins / Type VI secretion system (T6SS), amidase effector protein 4 / Type VI secretion system (T6SS), amidase effector protein 4 / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / Few Secondary Structures / Irregular ...endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) - #80 / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B - #80 / Rap1a immunity protein / Rap1a immunity proteins / Type VI secretion system (T6SS), amidase effector protein 4 / Type VI secretion system (T6SS), amidase effector protein 4 / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / Few Secondary Structures / Irregular / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Rap1a domain-containing protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Fukuhara, S. / Nakane, T. / Yamashita, K. / Ishii, R. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of the Agrobacterium tumefaciens type VI effector-immunity complex.
著者: Fukuhara, S. / Nakane, T. / Yamashita, K. / Ishii, R. / Ishitani, R. / Nureki, O.
履歴
登録2018年10月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tai4
B: Tai4
C: Tae4
D: Tae4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5416
ポリマ－59,2064
非ポリマー3342
水2,198122
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8030 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area20540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.025, 72.025, 194.348
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUCYSCYSAA2 - 995 - 102
21GLUGLUCYSCYSBB2 - 995 - 102
12METMETSERSERCC1 - 1632 - 164
22METMETSERSERDD1 - 1632 - 164

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Tai4


分子量: 11482.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
遺伝子: SY94_4314 / プラスミド: modified pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) / 参照: UniProt: A0A083ZID3
#2: タンパク質 Tae4


分子量: 18120.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
遺伝子: SY94_4315 / プラスミド: modified pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) / 参照: UniProt: A0A083ZID4
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.96 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 35 % PEG 400, 0.05 M Tris pH 8.5, 0.05 M sodium sulfate, 0.05 M lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月16日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→97.18 Å / Num. obs: 44633 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 15 / Num. measured all: 452487 / Scaling rejects: 117
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.9-1.947.31.43127680.5280.5441.53896.3
9.11-97.189.40.0414180.9990.0140.04397.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232精密化
Aimless0.5.26データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
DIALSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BI8

4bi8


解像度: 1.9→62.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 4.379 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.13 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21252 2278 5.1 %RANDOM
Rwork0.19027 ---
obs0.19142 42275 99.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 47.589 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.95 Å20.47 Å20 Å2
2--0.95 Å2-0 Å2
3----3.08 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→62.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4036 0 21 122 4179
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0134178
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173748
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5721.655687
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.41.5798705
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg20.9795.426551
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.81921.643207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.6615622
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2811528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2548
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025280
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02903
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.4134.8972108
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.4114.8952107
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.6297.3152630
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.637.3182631
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.9085.3312070
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.9065.3312070
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.797.8073054
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.22992.48617414
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.23592.48417358
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.01

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A29840.11
12B29840.11
21C52120.09
22D52120.09
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 140 -
Rwork0.343 3036 -
obs--96.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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