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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6iir | ||||||
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タイトル | Complex structure of the HRP3 PWWP domain with a 10-bp GC-rich DNA | ||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN/DNA / growth factor / PWWP domain / Hepatoma-derived growth factor-related protein 3 / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of microtubule depolymerization / microtubule polymerization / tubulin binding / growth factor activity / neuron projection development / microtubule binding / chromatin remodeling / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, Z. / Tian, W. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Complex structure of the HRP3 PWWP domain with a 10-bp GC-rich DNA 著者: Wang, Z. / Tian, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 118.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 91.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 447.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 451 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6iipS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11578.261 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: DNA鎖 | 分子量: 3046.981 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.07 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M Tris, pH 8.0, 0.1 M sodium malonate, pH 8.0, and 26% polyethylene glycol 1000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97853 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 12832 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 35.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.975 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 700 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6IIP 解像度: 2.2→29.059 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.05 / 位相誤差: 37.72
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.059 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 56.163 Å / Origin y: -28.7894 Å / Origin z: -229.7076 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |