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万見
- PDB-6iic: CryoEM structure of Mud Crab Dicistrovirus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iic
タイトルCryoEM structure of Mud Crab Dicistrovirus
要素
  • VP1 of Mud crab dicistrovirus
  • VP2 of Mud crab dicistrovirus
  • VP3 of Mud crab dicistrovirus
  • VP4 of Mud crab dicistrovirus
キーワードVIRUS / Dicistrovirus
機能・相同性Dicistrovirus, capsid-polyprotein, C-terminal / CRPV capsid protein like / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Structural polyprotein
機能・相同性情報
生物種Mud crab virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Zhang, Q. / Gao, Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31570736 中国
National Natural Science Foundation of China31672677 中国
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2019
タイトル: Cryo-electron Microscopy Structures of Novel Viruses from Mud Crab with Multiple Infections.
著者: Yuanzhu Gao / Shanshan Liu / Jiamiao Huang / Qianqian Wang / Kunpeng Li / Jian He / Jianguo He / Shaoping Weng / Qinfen Zhang /
要旨: Viruses associated with sleeping disease (SD) in crabs cause great economic losses to aquaculture, and no effective measures are available for their prevention. In this study, to help develop novel ...Viruses associated with sleeping disease (SD) in crabs cause great economic losses to aquaculture, and no effective measures are available for their prevention. In this study, to help develop novel antiviral strategies, single-particle cryo-electron microscopy was applied to investigate viruses associated with SD. The results not only revealed the structure of mud crab dicistrovirus (MCDV) but also identified a novel mud crab tombus-like virus (MCTV) not previously detected using molecular biology methods. The structure of MCDV at a 3.5-Å resolution reveals three major capsid proteins (VP1 to VP3) organized into a pseudo-T=3 icosahedral capsid, and affirms the existence of VP4. Unusually, MCDV VP3 contains a long C-terminal region and forms a novel protrusion that has not been observed in other dicistrovirus. Our results also reveal that MCDV can release its genome via conformation changes of the protrusions when viral mixtures are heated. The structure of MCTV at a 3.3-Å resolution reveals a T= 3 icosahedral capsid with common features of both tombusviruses and nodaviruses. Furthermore, MCTV has a novel hydrophobic tunnel beneath the 5-fold vertex and 30 dimeric protrusions composed of the P-domains of the capsid protein at the 2-fold axes that are exposed on the virion surface. The structural features of MCTV are consistent with a novel type of virus. Pathogen identification is vital for unknown infectious outbreaks, especially for dual or multiple infections. Sleeping disease (SD) in crabs causes great economic losses to aquaculture worldwide. Here we report the discovery and identification of a novel virus in mud crabs with multiple infections that was not previously detected by molecular, immune, or traditional electron microscopy (EM) methods. High-resolution structures of pathogenic viruses are essential for a molecular understanding and developing new disease prevention methods. The three-dimensional (3D) structure of the mud crab tombus-like virus (MCTV) and mud crab dicistrovirus (MCDV) determined in this study could assist the development of antiviral inhibitors. The identification of a novel virus in multiple infections previously missed using other methods demonstrates the usefulness of this strategy for investigating multiple infectious outbreaks, even in humans and other animals.
履歴
登録2018年10月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年4月3日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / em_entity_assembly_naturalsource
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _em_entity_assembly_naturalsource.organism
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-9673
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9673
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP1 of Mud crab dicistrovirus
B: VP2 of Mud crab dicistrovirus
C: VP3 of Mud crab dicistrovirus
D: VP4 of Mud crab dicistrovirus


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,8084
ポリマ－102,8084
非ポリマー00
水00
1
A: VP1 of Mud crab dicistrovirus
B: VP2 of Mud crab dicistrovirus
C: VP3 of Mud crab dicistrovirus
D: VP4 of Mud crab dicistrovirus
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,168,475240
ポリマ－6,168,475240
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: VP1 of Mud crab dicistrovirus
B: VP2 of Mud crab dicistrovirus
C: VP3 of Mud crab dicistrovirus
D: VP4 of Mud crab dicistrovirus
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 514 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)514,04020
ポリマ－514,04020
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: VP1 of Mud crab dicistrovirus
B: VP2 of Mud crab dicistrovirus
C: VP3 of Mud crab dicistrovirus
D: VP4 of Mud crab dicistrovirus
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 617 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)616,84824
ポリマ－616,84824
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 VP1 of Mud crab dicistrovirus


分子量: 20691.158 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 760-950 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mud crab virus (ウイルス) / 参照: UniProt: E5G7H9
#2: タンパク質 VP2 of Mud crab dicistrovirus


分子量: 28074.658 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-253 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mud crab virus (ウイルス) / 参照: UniProt: E5G7H9
#3: タンパク質 VP3 of Mud crab dicistrovirus


分子量: 48249.680 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 312-759 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mud crab virus (ウイルス) / 参照: UniProt: E5G7H9
#4: タンパク質 VP4 of Mud crab dicistrovirus


分子量: 5792.425 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 254-311 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mud crab virus (ウイルス) / 参照: UniProt: E5G7H9
配列の詳細Authors state that these conflicts are due to error in database.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mud crab dicistrovirus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Mud crab virus (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Scylla paramamosain
緩衝液pH: 7.2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 96000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 100 K / 最低温度: 80 K
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 20 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 3
画像スキャンサンプリングサイズ: 15 µm / 横: 4096 / 縦: 4096

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
13jspr３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 31801 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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