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- PDB-6ii9: Crystal structure of H7 hemagglutinin from A/Anhui/1/2013 in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ii9
タイトルCrystal structure of H7 hemagglutinin from A/Anhui/1/2013 in complex with a human neutralizing antibody L3A-44
要素
  • (Hemagglutinin) x 2
  • Heavy chain of L3A-44 Fab
  • Light chain of L3A-44 Fab
キーワードIMMUNE SYSTEM / H7 haemagglutinin / receptor binding site / neutralizing antibody / protection in vivo
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Jiang, H.H. / Shi, Y. / Qi, J. / Gao, G.F.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China81621091 中国
National Natural Science Foundation of China81622031 中国
Chinese Academy of SciencesXDB29010000 中国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019
タイトル: Structure-function analysis of neutralizing antibodies to H7N9 influenza from naturally infected humans.
著者: Huang, K.A. / Rijal, P. / Jiang, H. / Wang, B. / Schimanski, L. / Dong, T. / Liu, Y.M. / Chang, P. / Iqbal, M. / Wang, M.C. / Chen, Z. / Song, R. / Huang, C.C. / Yang, J.H. / Qi, J. / Lin, T. ...著者: Huang, K.A. / Rijal, P. / Jiang, H. / Wang, B. / Schimanski, L. / Dong, T. / Liu, Y.M. / Chang, P. / Iqbal, M. / Wang, M.C. / Chen, Z. / Song, R. / Huang, C.C. / Yang, J.H. / Qi, J. / Lin, T.Y. / Li, A. / Powell, T.J. / Jan, J.T. / Ma, C. / Gao, G.F. / Shi, Y. / Townsend, A.R.
履歴
登録2018年10月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年2月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
H: Heavy chain of L3A-44 Fab
L: Light chain of L3A-44 Fab
M: Heavy chain of L3A-44 Fab
N: Light chain of L3A-44 Fab
P: Heavy chain of L3A-44 Fab
Q: Light chain of L3A-44 Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)299,91715
ポリマ－299,25312
非ポリマー6643
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area47400 Å2
ΔGint-223 kcal/mol
Surface area109580 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)178.457, 184.906, 188.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.47, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin / H7 Hemagglutinin


分子量: 34553.016 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A024CX39
#2: タンパク質 Hemagglutinin / H7 Hemagglutinin


分子量: 19647.502 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A0K1LUI9
#3: 抗体 Heavy chain of L3A-44 Fab


分子量: 23412.020 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#4: 抗体 Light chain of L3A-44 Fab


分子量: 22138.480 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.39 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M HEPES pH 7.5, 22% w/v poly (acrylic acid sodium salt) 5100

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 73039 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 77.9 Å2 / CC1/2: 0.977 / Rpim(I) all: 0.111 / Rsym value: 0.199 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 3.5→3.63 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 3.5→43.841 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.64
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2338 3688 5.06 %
Rwork0.2007 --
obs0.2024 72894 96.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→43.841 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20897 0 42 0 20939
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00621431
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99429116
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4317792
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0523204
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063791
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4814-3.52720.3908970.32861990X-RAY DIFFRACTION73
3.5272-3.57550.35611370.32112745X-RAY DIFFRACTION99
3.5755-3.62660.29841460.3062699X-RAY DIFFRACTION99
3.6266-3.68070.34981380.30032698X-RAY DIFFRACTION99
3.6807-3.73810.33591620.29042670X-RAY DIFFRACTION99
3.7381-3.79940.3161590.27812688X-RAY DIFFRACTION99
3.7994-3.86490.40761420.27652690X-RAY DIFFRACTION98
3.8649-3.93510.29921360.2722724X-RAY DIFFRACTION99
3.9351-4.01070.30361540.24982716X-RAY DIFFRACTION99
4.0107-4.09250.27541360.23752656X-RAY DIFFRACTION99
4.0925-4.18150.26271580.22122693X-RAY DIFFRACTION99
4.1815-4.27870.24831310.19892746X-RAY DIFFRACTION99
4.2787-4.38560.2311570.19162657X-RAY DIFFRACTION98
4.3856-4.5040.2061400.18012701X-RAY DIFFRACTION98
4.504-4.63640.21081470.1752693X-RAY DIFFRACTION98
4.6364-4.78590.18921550.16282691X-RAY DIFFRACTION98
4.7859-4.95670.17621330.16052717X-RAY DIFFRACTION98
4.9567-5.15490.21440.15832682X-RAY DIFFRACTION98
5.1549-5.38910.19171270.16332708X-RAY DIFFRACTION98
5.3891-5.67270.23081470.17732669X-RAY DIFFRACTION98
5.6727-6.02720.24661560.17512678X-RAY DIFFRACTION98
6.0272-6.49120.19041200.18332694X-RAY DIFFRACTION97
6.4912-7.1420.21391390.18682715X-RAY DIFFRACTION97
7.142-8.16960.20061470.16672624X-RAY DIFFRACTION96
8.1696-10.2710.14881310.13632700X-RAY DIFFRACTION97
10.271-43.84480.18731490.18562562X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.63580.12510.23920.01590.06460.26280.12970.23220.03720.0838-0.03140.02640.09720.0923-00.60260.0110.02190.60670.01540.606510.8084-65.426831.4965
20.1173-0.03130.12150.26250.29470.3905-0.10990.19380.13650.0207-0.0041-0.0537-0.0059-0.1643-00.3957-0.06930.00550.81890.05340.4252-34.8478-66.25546.821
30.32690.08130.2258-0.0556-0.03130.53680.2202-0.0819-0.1952-0.0128-0.0562-0.07510.262-0.2204-0.02570.5364-0.06770.02420.4030.00990.4247-6.141-83.363452.4191
40.57510.48430.05490.58650.2990.2570.2236-0.0257-0.04540.1905-0.0280.07630.2702-0.46220.19680.3319-0.1440.05670.93260.06930.4248-46.9515-74.041122.6737
50.61620.06650.4690.1780.12620.5466-0.07450.01680.13850.0334-0.04260.0558-0.0852-0.145800.56120.01930.04860.47840.00120.5487-5.9447-50.537355.5748
60.20050.1478-0.04860.1633-0.03370.0512-0.004-0.07020.2082-0.0294-0.05350.0357-0.1411-0.369300.510.1735-0.07860.9069-0.00610.5999-44.2338-52.951920.5692
70.25810.0042-0.06730.1481-0.12760.11520.22980.4039-0.06460.1508-0.2297-0.07420.02410.2057-0.00020.46580.1346-0.01960.8876-0.11050.499157.136-76.055538.9721
80.3636-0.0299-0.07350.0718-0.10050.16360.23981.0323-0.48170.27520.2084-0.2640.18190.36210.0170.86590.2834-0.22641.0299-0.29311.209282.7646-106.133748.7953
90.15770.0168-0.13820.261-0.15980.19680.26950.2715-0.42150.095-0.12810.39820.1108-0.1834-00.72120.1251-0.0960.8414-0.28250.950744.6563-94.734742.4293
100.26310.0368-0.15410.1526-0.13040.17760.2808-0.0088-0.30270.3798-0.20650.0873-0.17420.067300.89570.0756-0.13610.8891-0.14721.136668.7061-103.657257.2298
110.2509-0.0407-0.02880.1344-0.22270.39120.1459-0.0479-0.1297-0.2574-0.0095-0.00410.3263-0.055600.6867-0.0407-0.03610.440.10150.69318.9868-98.454190.5396
120.1731-0.1287-0.05670.2185-0.02510.160.2747-0.7964-0.5207-0.079-0.0577-0.0149-0.0082-0.41380.00950.7694-0.09510.02531.4290.13840.678823.7498-92.185130.2106
130.2360.00360.00530.43580.07470.3677-0.0091-0.06130.2153-0.1608-0.0374-0.1452-0.276-0.2243-00.5639-0.01060.03210.63930.06350.61885.9452-80.772296.02
140.06980.0258-0.10340.1919-0.04850.1450.4029-0.44420.2606-0.044-0.4126-0.0901-0.1739-0.2884-00.8466-0.07070.09021.16030.00310.963423.8439-78.4138120.5839
150.26390.27250.01030.27350.07810.4276-0.1498-0.16420.25540.0095-0.0070.15760.0066-0.0274-00.69050.0349-0.04660.3889-0.04610.690626.7657-28.412982.3675
160.33870.1070.17230.25240.05470.3581-0.6279-0.04550.82050.33470.0382-0.1865-0.202-0.1347-0.06430.763-0.2356-0.2050.76910.18461.026360.2514-5.898979.1366
170.35770.0879-0.17960.2031-0.12230.2445-0.31680.38080.0859-0.17310.10280.1272-0.10340.0795-0.00280.778-0.1484-0.07910.3770.11230.602431.8439-27.076960.3709
180.15280.1135-0.02760.14190.05740.1097-0.40510.2630.39910.0964-0.045-0.17020.24140.474500.9519-0.118-0.03940.79660.16010.814758.8156-19.996970.5047
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:317 )A1 - 317
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 1:170 )B1 - 170
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 1:317 )C1 - 317
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND RESID 1:170 )D1 - 170
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN E AND RESID 1:316 )E1 - 316
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN F AND RESID 1:170 )F1 - 170
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN H AND RESID 2:127 )H2 - 127
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN H AND RESID 128:222 )H128 - 222
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN L AND RESID 3:118 )L3 - 118
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN L AND RESID 119:214 )L119 - 214
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN M AND RESID 2:127 )M2 - 127
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN M AND RESID 128:222 )M128 - 222
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN N AND RESID 3:118 )N3 - 118
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN N AND RESID 119:214 )N119 - 214
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN P AND RESID 2:127 )P2 - 127
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN P AND RESID 128:222 )P128 - 222
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN Q AND RESID 3:118 )Q3 - 118
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN Q AND RESID 119:214 )Q119 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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