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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ihv | ||||||
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タイトル | Crystal structure of bacterial serine phosphatase bearing R161E mutation | ||||||
![]() | Phosphorylated protein phosphatase | ||||||
![]() | HYDROLASE / bacteria / phosphatase / metal binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of stress-activated MAPK cascade / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yang, C.-G. / yang, T. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Insight into the Mechanism of Staphylococcus aureus Stp1 Phosphatase. 著者: Yang, T. / Liu, T. / Gan, J. / Yu, K. / Chen, K. / Xue, W. / Lan, L. / Yang, S. / Yang, C.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 65.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 44.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 429.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 431.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30109.582 Da / 分子数: 1 / 変異: R161E / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: prpC, prpC_1, BN1321_240063, BTN44_06615, CSC83_01010, CSC87_08725, EP54_08495, EQ90_08165, ERS072840_01404, NCTC11940_01141, NCTC13131_00423, NCTC13196_02843, NCTC9944_01222, RK64_06500, ...遺伝子: prpC, prpC_1, BN1321_240063, BTN44_06615, CSC83_01010, CSC87_08725, EP54_08495, EQ90_08165, ERS072840_01404, NCTC11940_01141, NCTC13131_00423, NCTC13196_02843, NCTC9944_01222, RK64_06500, SAMEA1469870_01594, SAMEA1531701_01402 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9RL81, protein-serine/threonine phosphatase | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.67 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES (pH=7.5), 25% PEG 3350. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9735 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 17003 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2.01 Å / Rmerge(I) obs: 0.241 / Num. unique obs: 1510 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5F1M 解像度: 1.9→29.604 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.62 / 位相誤差: 20.93
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.604 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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