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- PDB-6ihr: Crystal structure of bacterial serine phosphatase with His tag -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ihr
タイトルCrystal structure of bacterial serine phosphatase with His tag
要素Phosphorylated protein phosphatase
キーワードHYDROLASE / bacteria / phosphatase / metal binding
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H2AXS140 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity / MAP kinase serine/threonine phosphatase activity / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Protein phosphatase 2C / Sigma factor PP2C-like phosphatases / PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Protein phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.348 Å
データ登録者Yang, C.-G. / yang, T.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
中国
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2019
タイトル: Structural Insight into the Mechanism of Staphylococcus aureus Stp1 Phosphatase.
著者: Yang, T. / Liu, T. / Gan, J. / Yu, K. / Chen, K. / Xue, W. / Lan, L. / Yang, S. / Yang, C.G.
履歴
登録2018年10月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphorylated protein phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3065
ポリマ－30,1381
非ポリマー1684
水5,405300
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area420 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area12240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.468, 86.694, 39.186
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Phosphorylated protein phosphatase / Protein phosphatase / Protein serine/threonine phosphatase PrpC / regulation of stationary phase / ...Protein phosphatase / Protein serine/threonine phosphatase PrpC / regulation of stationary phase / Protein-serine/threonine phosphatase Stp1 / Serine/threonine-protein phosphatase


分子量: 30137.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: prpC, prpC_1, BN1321_240063, BTN44_06615, CSC83_01010, CSC87_08725, EP54_08495, EQ90_08165, ERS072840_01404, NCTC10654_01263, NCTC10702_01924, NCTC11940_01141, NCTC13131_00423, NCTC13196_ ...遺伝子: prpC, prpC_1, BN1321_240063, BTN44_06615, CSC83_01010, CSC87_08725, EP54_08495, EQ90_08165, ERS072840_01404, NCTC10654_01263, NCTC10702_01924, NCTC11940_01141, NCTC13131_00423, NCTC13196_02843, NCTC13812_01250, NCTC9944_01222, RK64_06500, SAMEA1469870_01594, SAMEA1531701_01402
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9RL81, protein-serine/threonine phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.38 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M LiSO4, 0.1 M Tris-HCl (pH=8.0), 30% PEG 3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9735 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9735 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.348→29.1 Å / Num. obs: 59431 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 26.1
反射 シェル解像度: 1.35→1.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.37 / Num. unique obs: 5623

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5F1M

5f1m


解像度: 1.348→29.088 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 15.38
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1807 3119 5.25 %RANDOM
Rwork0.1612 ---
obs0.1622 59379 99.32 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.348→29.088 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2038 0 8 300 2346
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072115
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9772869
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.008784
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.089319
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005381
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3481-1.36920.28511370.2632316X-RAY DIFFRACTION92
1.3692-1.39170.25131480.22582459X-RAY DIFFRACTION98
1.3917-1.41560.26591240.21342498X-RAY DIFFRACTION99
1.4156-1.44140.22441450.18732558X-RAY DIFFRACTION100
1.4414-1.46910.21271360.18012537X-RAY DIFFRACTION100
1.4691-1.49910.17321550.17132513X-RAY DIFFRACTION100
1.4991-1.53170.19461400.16682537X-RAY DIFFRACTION100
1.5317-1.56730.20141320.15142574X-RAY DIFFRACTION100
1.5673-1.60650.18711530.14822522X-RAY DIFFRACTION100
1.6065-1.64990.17491350.15132533X-RAY DIFFRACTION100
1.6499-1.69850.16951530.14712560X-RAY DIFFRACTION100
1.6985-1.75330.18391290.1532558X-RAY DIFFRACTION100
1.7533-1.8160.16861320.15452556X-RAY DIFFRACTION100
1.816-1.88870.15891270.14982577X-RAY DIFFRACTION100
1.8887-1.97460.1821540.14412577X-RAY DIFFRACTION100
1.9746-2.07870.18441370.14892573X-RAY DIFFRACTION100
2.0787-2.20890.17031500.15012577X-RAY DIFFRACTION100
2.2089-2.37930.17671600.14992562X-RAY DIFFRACTION100
2.3793-2.61870.17751330.15742623X-RAY DIFFRACTION100
2.6187-2.99720.17321580.16472605X-RAY DIFFRACTION100
2.9972-3.77490.16721380.1522648X-RAY DIFFRACTION100
3.7749-29.09510.1711430.17112797X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -18.8775 Å / Origin y: 12.3855 Å / Origin z: -10.5982 Å
111213212223313233
T0.0725 Å20.0195 Å20.0091 Å2-0.0737 Å20.0084 Å2--0.0562 Å2
L1.2527 °20.0803 °2-0.1417 °2-0.9925 °20.1006 °2--0.8897 °2
S-0.0211 Å °-0.0974 Å °-0.0199 Å °0.0604 Å °0.0021 Å °-0.0111 Å °0.0645 Å °0.0554 Å °0.0008 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain A and resseq -11:245)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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