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万見
- PDB-6ih7: Crystal structure of a standalone versatile EAL protein from Vibr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ih7
タイトルCrystal structure of a standalone versatile EAL protein from Vibrio cholerae O395 - 3',3'-cGAMP bound form
要素cyclic di nucleotide phoshodiesterase
キーワードHYDROLASE / cyclic dinucleotide phosphodiesterase / nucleotide binding
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4BW / EAL domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Yadav, M. / Pal, K. / Sen, U.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2019
タイトル: Structures of c-di-GMP/cGAMP degrading phosphodiesterase VcEAL: identification of a novel conformational switch and its implication.
著者: Yadav, M. / Pal, K. / Sen, U.
履歴
登録2018年9月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: cyclic di nucleotide phoshodiesterase
A: cyclic di nucleotide phoshodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5598
ポリマ－58,0502
非ポリマー1,5096
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area20940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.899, 42.600, 73.330
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.910, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 cyclic di nucleotide phoshodiesterase


分子量: 29025.090 Da / 分子数: 2 / 変異: C15S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395) (コレラ菌)
株: ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395 / 遺伝子: VC0395_A1247 / プラスミド: pET28a+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0H3AJ04, cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase
#2: 化合物 ChemComp-4BW / 2-amino-9-[(2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-9-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecin-2-yl]-1,9-dihydro-6H-purin-6-one / 3',3' cGAMP / c-GMP-AMP / c[G(3',5')pA(3',5')p]


分子量: 674.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O13P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG4000, sodium acetate, tris / PH範囲: 8-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER IMUS MICROFOCUS / 波長: 1.54179 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→55.974 Å / Num. obs: 22200 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 35.63 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.25-2.323.20.16919510.9760.1150.20593.3
9-55.9730.0373780.9950.0250.04592.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.11データスケーリング
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GFX

3gfx


解像度: 2.25→55.974 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.62
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2397 1040 4.7 %
Rwork0.1813 --
obs0.1842 22141 94.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 178.12 Å2 / Biso mean: 64.6215 Å2 / Biso min: 21.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→55.974 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3789 0 94 61 3944
Biso mean--51.58 48.98 -
残基数----474
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013987
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9725384
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052589
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006686
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.7872353
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2501-2.36870.28011290.22792936306592
2.3687-2.51710.26541270.2092941306893
2.5171-2.71140.30711370.20872985312294
2.7114-2.98430.2531490.19272980312995
2.9843-3.41610.24951590.19343043320295
3.4161-4.30360.20681700.16493089325996
4.3036-55.99130.23461690.16463127329695
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5416-0.46772.13092.77640.39943.75550.22370.20350.0843-0.0421-0.05950.6634-0.2962-1.5103-0.18080.45760.23150.01130.83580.08680.377-32.3974-2.269325.8262
29.0999-1.17590.37536.7133.13233.5611-0.1909-0.2192-0.81850.31250.04531.1271.0387-1.1260.10060.4228-0.0890.01760.86470.03190.4527-33.9355-12.36523.2922
36.0914-1.51431.44236.8775-2.140.81830.37050.1287-0.6242-0.0915-0.01290.54361.3016-0.8847-0.2960.6633-0.2625-0.02210.6518-0.07480.3733-29.1833-17.974425.7719
49.2197-1.06650.89117.03721.35431.4622-0.026-0.3845-0.0130.804-0.06220.00091.0307-1.59860.26130.6537-0.05370.04690.35070.03960.2703-23.072-12.749434.5977
52.31040.86370.86823.5868-1.23524.52860.0974-0.03-0.01690.2431-0.2586-0.0204-0.05740.09310.14520.49020.08680.04060.17330.0110.261-13.3298-5.578836.9401
68.24990.53416.68363.47713.08348.1077-0.90880.51781.3357-0.35410.56190.1389-1.53590.04470.27480.78550.1621-0.06950.33930.10210.3776-19.88747.166923.4734
75.0514-0.7298-2.84994.47080.74554.7339-0.3153-0.5288-0.24510.35720.2190.77851.1437-0.66670.13930.5852-0.21660.00840.65760.09820.3342-24.5176-23.103968.6217
85.6753-2.1296-2.636.41081.1511.2298-0.06110.12610.5045-0.4713-0.29721.5838-0.1111-1.41380.53420.4115-0.22-0.20791.86240.06570.8821-40.7707-17.943462.2974
95.25672.51323.33747.80811.89517.6438-0.8796-0.39290.36330.08950.1491.2913-0.5372-1.40820.6810.48370.05450.061.09280.00390.3557-31.4343-14.868972.6602
103.65351.6639-2.4017.88753.57515.1463-0.2275-0.09290.4356-0.62980.33951.361-1.1761-0.92280.14970.46530.1504-0.03880.72150.06640.4504-27.161-9.017766.6018
115.8340.9067-1.77437.0902-1.51851.51060.0663-0.43290.4877-0.2256-0.260.5469-0.7257-1.1669-0.04930.35160.139-0.05790.6131-0.11810.3132-25.446-7.875668.3586
127.81571.3279-5.35056.6509-3.14354.83850.79670.42191.2966-0.1488-0.2844-0.1157-2.4322-1.3896-0.68531.20490.1560.24810.6169-0.05190.4897-22.9181-0.561761.9021
137.47841.6702-2.02113.86983.65675.39940.05990.08520.27070.04710.2425-0.0933-0.5422-1.2848-0.29090.61780.09330.04680.3040.0970.2721-20.917-11.907856.4108
142.3372-0.0319-0.17011.42291.11791.12050.33460.0292-0.044-0.3542-0.31230.06460.5376-0.44320.00040.81160.0065-0.06760.2735-0.01660.2714-16.3987-16.600851.7059
152.6377-0.17690.31696.522-2.83541.27750.2205-0.01810.02050.0089-0.4989-0.00120.83690.5180.34340.6593-0.04930.02170.21540.03550.2778-10.4644-18.158150.7152
164.22130.1482-3.33230.94740.23732.84790.2479-0.5641-0.4709-0.072-0.246-0.01031.28340.5189-0.0190.84090.1618-0.00880.31910.06690.305-9.7111-27.079856.7485
176.16863.6348-4.51162.5836-1.35527.2957-0.3233-0.4644-1.13170.20240.59850.22191.49050.10061.09261.2281-0.214-0.01420.37030.35760.2795-15.7851-31.733768.054
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 21 through 67 )B21 - 67
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 68 through 107 )B68 - 107
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 108 through 151 )B108 - 151
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 152 through 166 )B152 - 166
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 167 through 235 )B167 - 235
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 236 through 257 )B236 - 257
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 21 through 55 )A21 - 55
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 56 through 67 )A56 - 67
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 68 through 86 )A68 - 86
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 87 through 107 )A87 - 107
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 108 through 138 )A108 - 138
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 139 through 151 )A139 - 151
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 152 through 166 )A152 - 166
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 167 through 191 )A167 - 191
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 192 through 219 )A192 - 219
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 220 through 238 )A220 - 238
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 239 through 257 )A239 - 257

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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